1626年十月，皇太极派遣代善、阿敏、德格类、济尔哈朗、岳汘、硕汘、萨哈廉、豪格等出兵万人讨伐扎鲁特部，令派遣副将楞额礼带兵进入巴林牧地，火烧草原。此战后，扎鲁特部瓦解。

1627年，后金势力渗透到察哈尔内部。察哈尔部内部一共有八个小部落，分别是乌珠穆沁、浩齐特、克木齐古特、苏尼特、阿喇克绰特、克什克腾、敖汉、奈曼。其中敖汉部和奈曼部不希望林丹汗和皇太极开战，他们希望和平。1627年，他们派遣使者前往沈阳和皇太极进行议和。林丹汗得知后，认为是两部归顺了后金，大怒，直接要讨伐二部，二部不堪无奈之下只好归附后金。

至此，左翼蒙古中的科尔沁部早已和后金结盟，内喀尔喀部也大部分投靠后金，就连察哈尔部内部也有部分部落被后金笼络。林丹汗甚至西辽河流域已经没有了立身之地。为避后金锋芒，林丹汗带领察哈尔部西迁。也只有西迁，林丹汗才能征服右翼蒙古各部，实现蒙古的统一。他说“南朝止有一大皇帝，北朝止我一人，何得处处称汗？我当先主内，后主外。”此话也反映了林丹汗试图统一的野心。

除此之外，获取市赏，进行互市也是西迁的主要原因。广宁之战后，由于广宁沦陷，林丹汗也失去了和明朝进行互市的口岸。而当时右翼蒙古土默特部可以获得市场11万白银，喀喇沁部可以获得市赏18万白银，这常常让林丹汗打抱不平。林丹汗认为自己才是蒙古大汗，岂能让他人分割。如果能兼并右翼各部，那就能够独占市赏，并通过宣府、 大同、 张家口和明朝进行互市。通过垄断市赏和互市，林丹汗就可以实现对蒙古各部号令。

林丹汗

1627年七月，林丹汗开始西迁，于是林丹汗和右翼蒙古的战争爆发了。林丹汗首先对喀喇沁部发动了进攻。“喀喇沁”的含义是“守卫者”，他们原本是守卫陵寝、提供马乳制品的军队。16世纪初期，他们迁入河北塞外之地，融合了这里的朵颜和部分土默特部落，形成了“喀喇沁部”，属于永谢布万户的部落之一。喀喇沁部常以朵颜三卫的名义和明朝进行互市，获利颇丰。十月， 林丹汗到达喀喇沁部的牧场，对喀喇沁发动了猛烈的进攻。虽然，喀喇沁部早知林丹汗西迁的消息，但还是被这突如其来的进攻给击溃，其牧民四处逃散，有的投靠后金，有的西窜土默特，还有的避难于明朝。

1628年初，林丹汗向西挺进，占领了归化城（呼和浩特）。土默特部博硕克图汗汇集右翼三部的军队迎战林丹汗。此战又称“昭城之战”，因为归化城内部有大昭寺而得名。此战的胜负在史料记载中有冲突，莫衷一是。从整体来看，右翼蒙古大军初期应该击败了林丹汗的四万大军，但后来林丹汗反攻，一举夺取了归化城。喀喇沁诸台吉和塔布囊曾给皇太极写信，宣称联军击溃了4万察哈尔军队，希望皇太极赶紧派兵来助。皇太极收到信件后立即派人前往土默特进行联络，但使者均被察哈尔多罗特部的截杀。

归化城

归化之战后，林丹汗向东扫荡，试图追击右翼各部的抵抗力量。九月，林丹汗在艾不哈击溃了土默特部和喀喇沁部联军，并获得了传国玉玺。此战后，右翼蒙古三部基本被林丹汗征服，“东起辽东， 西至洮河， 皆受此虏约束矣”。

从表面来看，林丹汗似乎扩张了领土，转移了重心，实现了新生。但实际上，西迁后的林丹汗处境更为窘迫。首先，林丹汗的本部瓦解。林丹汗西迁，只是其中一部分迁走了，还有许多牧民留在西辽河。林丹汗西迁后，群龙无首，各自寻找出路，阿喇克卓特部选择投靠了后金，浩齐特、乌珠穆沁、苏尼特三部选择北上投靠了车臣汗。

第二，明蒙同盟瓦解。1628年，林丹汗西迁山西塞外时，派遣大臣贵英恰到明朝的宣府新平堡索取赏赐，结果被明朝将领所杀，林丹汗因之出兵劫掠大同。自此，明朝停止了对林丹汗的银两赏赐。没有了这每年8万两的赏赐，加之明朝拒绝互市，林丹汗部的生活陷入了僵局。他们缺少粮食、布匹，窘迫不堪，明朝大同巡抚张宗衡汇报说林大汗“东西驰驱，劳顿已甚。驻牧处草根皆空，马瘦如柴，暴骨成莽”，其部“疲甚、饿甚、穷甚”。

第三，更加孤立。为了获取粮食，林丹汗只能四处劫掠。1629年，林丹汗出兵漠北，对和托辉特部发动了劫掠性质的战争，一度引起了漠北的恐慌。林丹汗四处劫掠，不仅没有解决饥荒问题，反而让自己四面树敌。因为缺粮，察哈尔内部的矛盾也激化了，部落有崩溃的迹象。

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