后蜀士兵归降宋朝之后，原本以为迎来的会是新生，没想到等待他们的却是另一种屈辱。 按照宋军的规定，投降后的后蜀士兵每人本应得到十贯钱作为治装费，用于安置生活、购买衣物装备。然而，这笔钱却被无故克扣。更严重的是，以王全斌等人为首的宋军将领不仅没有善待这些降兵，反而纵容部下侵挠之。 所谓侵挠，实际上就是对降军进行掠夺。他们抢夺后蜀士兵随身携带的财物，将这些曾经的敌人视作战利品，而不是需要安抚的降卒。 这种赤裸裸的区别对待，让后蜀士兵深刻感受到了作为失败者、被征服者的屈辱。原本因为战争结束而放下武器的他们，心中逐渐积累起愤怒和不满，最终到了愤怨，人人思乱的地步。 乾德三年二月，后蜀降军按照安排前往京城，途中抵达绵州（今四川绵阳）时，发现一个特殊情况：守卫城池的宋军竟然只有百余人，而城中绝大部分士兵都是原来的后蜀降兵。 这一发现，让压抑已久的不满迅速爆发。 后蜀士兵夺取库存武器，发动叛乱。 此时，原后蜀文州刺史全师雄也正带着家属前往京城。他过去曾是后蜀重要将领，在军中拥有很高威望。叛乱士兵得知他的身份后，便将他推举为首领，为乱兵所获，推为主帅。 全师雄就这样从一名降将，成为了反宋起义的领导者。 全师雄起兵之后，宋军立即派朱光绪（一作米光绪）前往招抚，希望平息叛乱。然而，朱光绪的做法却彻底断绝了和平解决的可能。

朱光绪在搜捕全师雄家属后，不仅没有善待他们，反而将其家产据为己有，还霸占了全师雄的爱女作为妾室，并将其他家人全部杀害。 这一行为让全师雄彻底失去了归降的念头。 他明白，即便自己投降，等待他的也不会是宽恕，而可能是更大的羞辱和灾难。于是，他率军进攻绵州。 不过，这次进攻被宋军刘福、田绍斌所部击败。全师雄随后转攻彭州（今四川彭州）。 彭州守军遭遇猛烈攻击，宋军彭州都监李德荣战死，刺史王继涛身中八枪，只能骑马逃回成都。 全师雄成功占领彭州后，成都附近十个州县的军民纷纷响应，起义队伍迅速扩大，人数达到十万之众。 此时的全师雄已经不再只是普通叛军首领，而是建立起一套政权体系，自称兴蜀大王，设置官属，并派兵驻守灌口（今四川都江堰市）、导江（今四川都江堰市东）、青城（今四川都江堰市南）、郫县（今四川郫县）、新繁（今四川郫县东北）等重要地区。 宋军开始意识到，这场叛乱已经发展成严重威胁。 宋军副帅、侍卫步军都指挥使崔彦进，率领北路军先锋都指挥使高彦晖、都监田钦祚等部进攻导江。 然而，宋军轻敌冒进，被全师雄提前布置的伏兵击败。

高彦晖认为应当暂时收兵，整理队伍后第二天再战。但田钦祚担心撤退会受到追击，又不愿承担责任，于是诬称高彦晖畏战。 在这种压力下，高彦晖被迫率领残兵再次迎战，而田钦祚却趁机逃跑。 高彦晖作为宋军北路军先锋，是一员久经战阵的老将。在攻灭后蜀的战争中，他此前从未遭遇失败。然而面对全师雄军队，他最终几乎全军覆没，自己也战死沙场。 王全斌随后派出东路军主将、侍卫马军都指挥使张廷翰，以及步军都监张煦，再次率兵进攻全师雄。 结果，这支宋军同样战败，被迫撤退。 全师雄乘胜分兵，占领绵州、汉州（今四川广汉）。随后，从成都附近各州一直到东部渝州（今重庆市）等十七个州，都有人响应起兵。 叛军甚至切断剑阁通道，使宋军交通和军情传递受到严重影响，王全斌等宋军主将只能被困在成都。 当时成都城内，还有两万七千名已经投降宋朝的后蜀士兵。 面对这种局面，王全斌担心这些降兵也会响应全师雄，于是产生了将他们全部杀掉的想法。 北路军马军都监康延泽曾提出较为缓和的方案：释放七千名年老、幼弱和患病士兵，其余两万人则派兵护送，乘船沿江前往开封。如果途中发现他们有叛乱意图，再进行处置。

但这个建议遭到了王全斌等人的拒绝。 东路军都监曹彬虽然也反对屠杀降兵，却没有像此前讨伐荆湖时的都监李处耘那样，敢于公开与主帅抗争。他只是不肯着字，也就是拒绝签字表示同意杀降。 最终，两万七千名已经投降宋朝的后蜀将士，还是遭到了残酷屠杀。 这一事件，也成为宋军征蜀过程中最严重的污点之一。 与此同时，全师雄继续发动进攻。 他派兵攻打剑州，企图控制川北门户，但被剑州通判董枢率军击败。 进攻眉州（今四川眉山）的全师雄军，也被眉州通判段思恭击败于彭山（今四川彭山）。 随后，全师雄率军进入新繁，又遭遇宋东路军刘光义、曹彬部猛烈攻击，大败，被俘一万多人。 全师雄只能带领残部退守郫县。 然而，在这里，他又遭到宋北路军王全斌、王仁赡部击败，只能继续退往灌口。

为了稳定尚未叛乱的后蜀士兵情绪，乾德三年四月，王全斌上奏请求，将原后蜀军中的感化、耀武等军改编为虎捷军。 虎捷军是宋禁军中地位最高的四军之一，属于上四军，后来改称神卫军，是侍卫步军司的重要主力。 王全斌这样做，显然希望向后蜀将士传递一个信号：他们虽然曾经是失败者，但如今已经成为宋军的一部分，与原来的宋军士兵地位平等。 然而，制度上的改变，并不能真正消除心理上的隔阂。 征服者与被征服者之间的矛盾依旧存在。 同年夏秋之际，驻守嘉州（今四川乐山）的虎捷指挥使吕翰，就因为怨其帅不礼，认为自己受到不公平待遇，于是率部叛变。 他杀死知州武怀节、都监刘汉卿，并与全师雄部将刘泽联合，聚众五万人，进攻普州（今四川安岳）。 普州刺史刘楚信逃跑，通判刘沂被杀。 驻守果州（今四川南充）的虎捷指挥使冯绍文，也与军官宋德威一起发动叛乱，杀死知州王永图、都监郑元弼、通判刘涣等人。 遂州（今四川遂宁）的军官王可僚同样起兵，带领当地百姓反抗宋朝。

四川各地的反抗仍在持续。 宋将曹翰、王仁赡率军进攻嘉州，吕翰败退，退守雅州（今四川雅安）。 新任普州刺史康延泽赴任途中，在简州（今四川简阳）召集散兵游勇千余人，加以训练整编。 随后，他又一路招降收编，兵力增加到三四千人，并击败全师雄部将刘泽，于十一月初占领普州，刘泽投降。 乾德四年初，叛军首领杜承褒率军围攻渝州。 渝州刺史、通判等人投降，杜承褒成功占领渝州。 此时，后蜀进士、留任判官的下震因伤在家休养。他劝说投降杜承褒的军官陈章（一作东章）重新归宋。 陈章接受建议，率伏兵突袭杜承褒，宋军最终收复渝州。 乾德四年六月，王全斌率军攻破全师雄在灌口的根据地。 全师雄带领残部撤往金堂（今四川金堂西）。

闰八月初，王全斌再次率军攻占雅州，吕翰带领余部逃往黎州（今四川汉源西北），后来被部下杀死。 十二月，全师雄病死于金堂。 但他的余部并未立即消散，仍由谢行本继续抵抗，另一支余党罗七君则占据铜山（今四川中堂西南）。 宋将康延泽率军击败谢行本，又攻破铜山山寨，俘获罗七君。 至此，全师雄余部被逐步平定。 乾德五年初，参与征蜀的宋军将领陆续被召回京城。 正月下旬，北路军主帅王全斌、都监王仁赡、副帅崔彦进，虽然最初取得灭亡后蜀的首功，后来又成功平定全师雄叛乱，但最终仍因严重罪行受到处罚。 宋朝指责他们专杀降兵，擅开公帑，豪夺妇女，广纳货财，敛万民之怨嗟，致群盗之充斥。 其中，王全斌和崔彦进被由节度使降为节度观察留后。 虽然表面上只是降一级，但实际上他们失去了军权，只成为闲职。

宋太祖亲信王仁赡，则被罢免枢密副使这一执政大臣职位，改任没有实际权力的环卫官右卫大将军。 据宋真宗时期宰相丁谓所说，这三人的主要罪行，就是杀戮降兵，即成都屠杀两万七千后蜀降兵一事。 北路军其他将领也受到不同程度处罚。 例如北路军马军都监康延泽，被贬为地位较低的唐州教练使。 王全斌、王仁赡、崔彦进三人，在被贬近十年后的开宝九年（976年）二月，才重新获得起用机会。但王全斌仅仅数月后便去世。 而就在处罚北路军将领之后不久，宋廷却对东路军将领进行了大规模奖励。 乾德五年正月，在责罚王全斌等人的几天后，东路军将领纷纷获得升迁。 东路军主帅刘光义（后来改名刘廷让）因为秋毫无犯，以平蜀功劳，由宁江军节度改领镇安军节度。 都监曹彬则由五品内客省使升为三品节度使。 东路军马、步军主将张廷翰和李进卿，也因为从刘光义平蜀，且军政不扰，分别升任侍卫司马军、步军都虞候，成为马、步两司的重要副手。

更值得注意的是，两人都从原本五品的团练使，连续越过防御使、观察使、节度观察留后三个等级，直接升为节度使。 这种鲜明对比，充分体现了宋朝对于不同军队在征蜀过程中的评价差异。 北路军因为屠杀降兵、掠夺财物而遭惩处，而东路军因为纪律相对严明、没有扰民，则获得重赏。 这场后蜀降兵叛乱，不仅是一场军事冲突，更揭示了一个重要问题：战争结束并不意味着矛盾消失。对于被征服者而言，真正决定他们是否接受新统治的，不只是胜负本身，更取决于胜利者如何对待失败者。