清朝初年，北京有个大恶霸名叫李应试，别名由于在家排行老三，又有一身肥膘，外号“黄膘李三”。

李家世代在明朝中央各部当“书办”，崇祯年间李应试也做过这个差事。明亡之际，天下大乱，那些当官的都各自逃命，李应试趁无人问事之际将政府的案卷文书全部偷回家中，因为他知道这些文书卷宗以后一定会值钱的。

古代由于受到技术条件的限制，加上法律不完善，许多案件处理都是需要借鉴以前的案例。满清刚入关，这方面没有经验，明朝的案例卷宗又被李三偷回家了，所以刑部那些官员们都很苦恼，很多案件不知道如何处理，如何定性，如何判决。

这个时候，“黄膘李三”出现了。他面见刑部的官员，声称自己是法律方面专家，有着十几年的工作经验，熟悉法律，特别是对判决这一块特别熟悉。刑部试用了他两个月，发现“黄膘李三”果真是无所不精，不所不能，什么样的案件都难不倒他，而且审理起来头头是道，有据可循，就把他当成宝贝，十分倚重。

“黄膘李三”就靠这个，掌握了案件判决定性的权力，他把这个权力当成了摇钱树，从中渔利。案犯的生、死、徒、流，官吏的升、降、奖、惩，钱粮的征、拨、减、免，都由他片言决断。许多人为了减轻处罚，纷纷上门馈送金银，只想他手下留情。李应试的名头越来越响，各部书办都纷纷拜他为师。

李应试大肆收受贿赂，日益骄横，在京城大兴土木，建造豪华住宅，其宅可与王府媲美。而且他家是按朝廷六部的样式建造的，里面公然悬挂“户部”、“刑部”的匾额，当做办公室，哪个部的官员来讨教，就到挂着哪个部的匾额的办公室商谈，仿佛他家就是内阁，就是军机处。

“黄膘李三”为了办事方便，居然伪造的公章，朝廷的重要文件，每每被他暗中改换。他广招耳目，遍置眼线，朝中大臣的一举一动，都瞒不过他。由于他的势力太大，北京城附近的土匪、盗贼都向他进贡，奉他为首领，，又为人催收债务，只要有人出钱什么都敢干。他还仗势，收取北京南城店铺的“保护费”（保护费），敢不给的轻则店铺被砸，重则性命不保。

“黄膘李三”找了兵科给事中李运长做为自己的“保护伞”，两人结拜为兄弟，李三每年贿赂李运长白银万两，李运长则为李三提供保护，北京的老百姓对李三是又怕又恨，可是又无可奈何。

史书记载李三：“交通官吏，打点衙门，包揽不公不法之事，任意兴灭，甚至文武官员多与投刺会饮（投递名帖，一起饮酒），道路侧目，莫敢谁何。”

顺治九年六月，都察院左都御史洪承畴向顺治皇帝举报李应试等人的罪行，顺治帝十分震怒，命御史与顺天府尹联合查办李三一案。由于李三与朝中不少大臣交好，平时钱也没少送，所以三个月过去，案件毫无进展。

顺治帝见此案久攻不下，便换了人选，命郑亲王济尔哈朗督办此案。郑亲王先派人在京城里明察暗访，收集李三等人的罪证，半个月后，将李三、潘文学等人抓捕归案，交刑部审理。李运长一见李三被抓了，连忙走关系，想把他保出来，然而还没等他行动，就被抓获。

刑部开庭审理时，参与会审的高官“皆默无一言，恐李三不死，必受其害”。只有郑亲王一人唱独角戏。济尔哈朗铁面无私，利用半个月，将李三的不法行为查得一清二楚。顺治九年十二月，顺治下诏将李三、潘文学以及“保护伞”的兵科给事中李运长等“巨恶”斩首于菜市口，民众自发燃鞭庆祝，拍手称快。

《清代秘闻录》记载：顺治十年正月十四日，顺治帝召见几位大臣于太和殿，询问众臣：“黄膘李三，一小民耳，廷臣畏惮不敢举发，其何故也？”陈之遴等回奏：“如皇上将其正法，诚善。如果免其死，则讦奏之人必隐受其害，是以畏而不敢言耳。”顺治帝怒斥道：“身为大臣，见此巨恶不以奏闻，乃瞻顾利害，岂忠臣耶！”群臣羞愧不敢多言。

“黄膘李三”被处死后，还查出与李三同流合污的官员30多人。这些官员大多经审理后被革职，清初的官场风气为之一正。

这就是有清初“京师涉黑第一案”之称的“顺治帝枭斩黄膘李三案”，《清世祖实录》等均有记载。