陈独秀主编的《新青年》是新文化运动的重要阵地，它宣传民主与科学，提倡新文学，1917年之后又宣传马克思主义，为马克思主义在中国的早期传播立下汗马功劳，很多近现代风云人物，都是在《新青年》影响下成长起来的。在中国近代社会转型中，《新青年》扮演着重要的角色。

1915年9月15日，陈独秀在上海创办了《青年杂志》，揭开了新文化运动的序幕。但是当时陈独秀家境不好，无法独自承担《青年杂志》的印刷、出版、发行等事项。在朋友汪孟郊帮助下，找到“群益书社”的陈子佩、陈子寿兄弟，陈氏兄弟是安徽籍，和陈独秀是老乡，他们慷慨答应了印刷、出版和发行事宜。

1916年，因为种种原因，《青年杂志》改名《新青年》，陈独秀一直担任杂志主编，各期的重要稿件均由陈独秀亲自撰写。

陈独秀在《敬告青年》一文中，提出了他心中的具有“自觉心”的国民性的标准：“自主的而非奴隶的；进步的而非保守的；进取的而非退隐的；世界的而非锁国的；实利的而非虚文的；科学的而非想象的。”他还指出，这六条标准是基本精神就是“科学”与“民主”。

新文化运动一开始，陈独秀提倡的民主，侧重于人权，即争取个人的民主自由权利；后来把民主扩大到政治、经济、文化和学术等各个领域。陈独秀认为，科学与民主又如两个轮子，推动近代欧洲的进步，使欧洲优越于其它民族。

在《新青年》搬迁到北京之前，主要把矛头对准几千年的封建文化糟粕，如君为臣纲、父为子纲、夫为妻纲、老庄与佛教的隐退思想和迷信观念，以及为这些学说、思想、观念服务的旧思想、旧文学等等。

早期的《新青年》，其影响力不是很大，虽然陈独秀观点犀利，但是没有形成真正意义上的全国性“运动”。《新青年》迁往北京，是使新文化运动推向全国的重要转折点。促使《新青年》迁往北京的关键性人物是北大新任校长蔡元培。

蔡元培之前的北大，乌烟瘴气，蔡元培决心大刀阔斧进行改革，打算从文科开始改革。以推崇宋儒理学的桐城派、文选派为代表的顽固守旧教员占多数。所以蔡元培认为需要引入具有新思想的、有影响力的人来主持工作。

蔡元培对于文科学长的选拔，非常慎重。有一天北京医学专门学校教员沈尹默偶遇来北京筹款的陈独秀，沈问了其旅馆，并告诉了汤尔和，蔡元培正找汤尔和推荐文科学长人选。于是汤和沈分别向蔡推荐了陈独秀，并给蔡元培看《新青年》。

蔡元培和陈独秀本来有过交往，他们曾经都信仰无政府主义，1904年陈独秀在上海加入暗杀团，和蔡元培共事过一段时间。蔡元培本来就对陈独秀印象较好，尤其钦佩其早期大力宣传民主思想很是钦佩。所以蔡元培在看了《新青年》之后，决心聘请陈独秀北大为文科学长。

陈独秀一开始不答应，一则自己没有在大学教过书，二则没有什么头衔，不一定能胜任文科学长一职，还担心《新青年》的编辑出版问题。

但是蔡元培很有诚意，建议《新青年》带到北京来办，没有头衔也没有关系，因为不高论资排辈，只求真才实学。陈独秀终于被说服，答应试干三个月。

1917年1月，北洋政府教育部聘请陈独秀为北京大学文科学长。蔡元培换文科学长的举措，很快让学生们明白，北大要焕然一新了，逐渐兴起研究学问的风气。

陈独秀到北大之后，因为提倡新文化遭到保守势力的围攻。他们逼迫蔡元培辞退陈独秀，但是蔡元培顶住压力，继续支持陈独秀、胡适等新派教员。

《新青年》到北大之后，编辑部的队伍逐渐扩大，包括钱玄同、刘半农、沈尹默、陶孟和李大钊、高一涵、胡适、鲁迅以及周作人等。新文化运动轰轰烈烈地开展起来，北京大学和《新青年》成为新文化运动的主阵地，陈独秀成为新文化运动的总司令。

陈独秀还1917年1月1日出版的《新青年》上，以“记者”笔名，发表了两篇蔡元培反对把孔教作为国教的演说。而这期主打文章是陈独秀的《再论孔教问题》，二人观点一致。蔡元培对此反应非常积极。从此，蔡元培也与《新青年》发生密切关系，不仅在精神上支持，而且在行动上也予以支持。在1917—1920年蔡元培在《新青年》上共撰写文章15篇，题词1份。

可见，蔡元培不遗余力地支持《新青年》和新文化运动，如果没有他的支持，新文化运动不会这么快就席卷全国，并催生了五四运动，培养和锻炼了一大批革命人才。