洪武二十一年（公元1388年），明太祖朱元璋以大明帝国开国名将冯胜为总指挥，新锐将领蓝玉为副总指挥，统帅20余万精锐的大明军队发起了对盘踞辽东地区的北元军队的进攻，在明军摧枯拉朽般的攻击下，北元辽东地区的最高统帅太尉纳哈出被迫接受名军的招抚，带领10余万部众投降明军，明军得以控制辽东这一战略要地。之后，朱元璋从内地迁移大量汉人到辽东屯垦，并建立许多卫所，招降东北女真各部，至此，东北正式纳入大明帝国的版图。

同时，朱元璋还将投降大明的纳哈出部众进行安置，一部分被安置在辽东故地，另一部分则被安置在长城以北科尔沁草原一带，并设置了朵颜、泰宁、福余三卫，是为朵颜三卫又称兀良哈三卫。之后，朱元璋又在此地划入宁王辖区，朵颜三卫由是归宁王朱权节制。朱权就藩后，在朵颜三卫中简拔精锐者3000人，组建了一支剽悍的骑兵部队，朱权为这些人提供最精良的装备和最丰厚的待遇，在物质和精神双重保障下，宁王手里的这支部队，成为了大明最精锐的骑兵部队，他们跟随朱权多次击败自己的“同胞”北元骑兵，成为大明忠诚的守边人。

1399年，朱元璋去世，他的长孙朱允炆即位，是为建文帝。朱允炆上台后第一件事就是对自己的叔叔们、拥兵自重的藩王开刀（削藩）。当时天下最强的藩王莫过于燕王朱棣和宁王朱权。因为朱权处于对北元的第一线，朝廷暂时没有动朱权的打算，而是把所有的火力都对准了朱棣。朱允炆先后以老将耿炳文和“功二代”将领李景隆为帅，累计出动50万大军征讨朱棣。虽然朱棣能征善战，但满打满算也不过10万人，实在是实力悬殊至极，为了打破僵局，朱棣把目光盯上了自己的好兄弟朱权。

在一个月黑风高的夜晚，朱棣带着几百名亲信和大量装满金银珠宝的箱子出发，很快就抵达了宁王府，朱棣对朱权许诺，将来得了天下，要和朱权平分天下。朱权自然不信朱棣的鬼话，但也不想和自己的哥哥撕破脸，只是强颜欢笑招待朱棣，只想着早点把这个瘟神送走。就在朱权和朱棣喝酒吃饭的时候，朱棣让自己的亲信在后面搞小动作，他们用带来的金银珠宝收买了朱权手里最精锐的那支3000人的精锐骑兵。第二天，他们主动反水，并包围了宁王府邸，朱权被迫解除兵权，其麾下的8万精锐全部被朱棣接管，朱棣的实力顿时增加了一大截。朱棣将朱权手里的3000人骑兵改编为三千营，并让自己最信任也是麾下最能打的将领张玉为指挥官。

得到了三千营和宁王所部八万生力军的补充后，朱棣回师进攻李景隆所部的朝廷军队，在北平（今北京）城下大败李景隆，李景隆丧师10余万，仓惶撤退欲退往真定防守，朱棣亲率三千营追击李景隆，死死咬住李景隆不使其顺利南撤，在郑家坝，李景隆大军被朱棣主力追上，最终全军覆没，朱棣一战夺取靖难之役的战争主动权。

郑家坝战役后，朝廷在黄河以北再无成建制的主力兵团，只得困守济南、真定等几个坚城，只因为济南出现了铁铉、平安等名将才勉强守住，之后凭借济南的城高墙坚与朱棣周旋2年之久，双方都突破不了僵局。但形势却对朱棣越来越不利，因为朱棣再怎么说也是在造反，是以一隅抗天下，时间一长，他的“清君侧”就会失去合法性，况且朝廷还有源源不断的大军，时间明显是在朱允炆这一边。

1402年，朱棣兵行险招，他决定不再纠结于一城一地的得失，他要来一次大冒险。朱棣除留下为数不多的人留守老巢北平外，集中所有的主力10万人，以三千营打头阵，绕过真定、济南的朝廷军队的据点，渡过黄河，朱棣还焚烧了渡河用的船只，以示置之死地而后生的决心。过河后，朱棣一路不恋战，发挥其部队骑兵多、机动性强的优势，接连突破朝廷军队的防线，兵锋直逼长江，又渡过长江，兵临南京城下。待朱棣到达南京时，朱允炆才恍然大悟，但已是为时已晚，铁铉和平安的主力部队还在长江以北，朝廷有战斗力的部队也多在江北，南京城内虽说有20万大军，那都是些没见过血的新兵蛋子，哪里是身经百战的燕军的对手。朱棣遂轻易攻入南京城内，作为先头部队的三千营自然也成为最早入城的部队。

朱棣称帝后，又大大扩充了三千营的员额，人数远远不止3000人，只不过沿袭之前的叫法，仍叫三千营。此后三千营参与了朱棣五次北征的所有战事，他们在蒙古草原上打败了鞑靼骑兵、瓦剌骑兵，为大明确立了东亚的霸主地位。