洪武帝在14世纪80年代逐渐表现出对身边高级追随者的不满，特别是他们在纪律方面的问题。经过十余年的权力整合，他采取了极其严厉的手段，毫不留情地清除了那些令他不满意的人。其中最引人注目的一位人物便是他的外甥李文忠（1339—1384年）。李文忠早在1370年便被封为公爵，享受极为优厚的待遇，年俸高达三千担禄米，远远超过常规标准。到了1383年，他更被任命为国子监祭酒，这一任命带有特殊意义——洪武帝希望通过他来整顿学校的风纪，因为皇帝已经得出结论，认为当时学府内部的纪律极度松弛。李文忠虽是至亲中唯一具备一定学识的人，他曾在1358年至1362年间师从浙江金华著名学者胡翰（1307—1381年）与范祖干，但他对舅父的忠诚从很早就显得摇摆不定。然而，洪武帝仍将他安置在重要岗位上，寄予厚望。

1383年，当李文忠被要求兼任国子监祭酒时，他已身居大都督之职。然而在这一年年底，他的态度开始发生微妙变化，逐渐表现出对皇帝的批评情绪，甚至吸引了一批人追随，认为他或许有成为皇帝的潜质。这种迹象在当时的政治氛围下极为危险。与此同时，刑部尚书开济因被捕入狱，其部属也在1384年1月遭到处决，这一事件无疑给李文忠敲响了警钟。开济原本是1381年明经科的中选之人，他才干卓著，善于理财和司法事务，并擅长主持大型公共工程。洪武帝曾对他极为信任，1382年在南京举行的特科考试，其规程正是出自开济之手。然而到1383年秋，他却因滥用刑罚打击政敌而遭弹劾，随后又被御史指控篡改臣下奏章以误导皇帝，这一系列指责导致其迅速垮台。

紧接着，李文忠在1384年也失去了皇帝的信任，并最终在神秘的情况下去世。据正史记载，他之所以遭遇厄运，很可能与他公开批评洪武帝过度依赖宦官、以及在官员处决问题上手段过于苛刻有关。虽然他的谏言比起以往学者们的激烈批评显得温和，但仍触动了皇帝的敏感神经。史料甚至暗示，李文忠的随从也可能因此惨遭杀戮，因为他在京师府第中已经聚集了相当规模的党羽。

值得注意的是，李文忠的批评并非空穴来风。洪武帝后来也意识到宦官权势膨胀的隐患。1384年7月，他下令严禁宦官干预政务。然而，宦官在实际操作中仍不可或缺，他们在处理文书和日常事务中逐渐占据重要地位。尽管皇帝一再强调要恪守正统、秉公行事，但其过于粗暴的作风依旧引来学者指责。江西泰和学者萧岐（1325—1396年）在1384年向皇帝上奏，陈述治国十要，直言皇帝刑罚过重，要求按照法典定罪量刑，终止随意施刑。次年，江西新淦的练子宁也在殿试时指出帝国人才有限，不应因琐碎罪名而大批处死官员，这番话几乎直指皇帝当下的行为。令人意外的是，两人因敢言直谏并未受到立即惩罚。

然而，这种短暂的宽容很快被更严酷的整肃所取代。1385年，户部侍郎郭桓因被控贪污七百万担谷子而遭处死，牵连人数以百计，其中包括多位高级官员。到了当年11月，皇帝更声称郭桓实际贪污数额高达二千四百万担，只因担心无人相信才先公布了较小的数字。他在《大诰》中严厉斥责仓库吏员的腐败，认为正是他们助长了此等巨案。随着时间推移，洪武帝在1387年颁布的《大诰三编》中更坦承，自己曾动用过断指、刖足、髡首、黥面等残酷刑罚，且有“无数之人”因此丧命。

由此可见，洪武帝在这一时期的统治呈现出极端矛盾的面貌：一方面，他力求整顿纲纪，铲除腐败与不忠；另一方面，他依靠极端残酷的刑罚维持权威，甚至不惜牺牲亲信与亲属。这种治国方式既彰显了他维护皇权的强烈意志，也折射出他统治下弥漫的恐惧与血腥气息。