二战结束后，曾经辉煌的大英帝国逐渐衰落。随着全球反殖民化和民主化浪潮的兴起，英国在非洲的殖民统治变得越来越脆弱，面临着前所未有的挑战。

到了20世纪60年代，越来越多的殖民地国家选择独立或脱离英联邦，像索马里、南罗德西亚、南非等国家相继宣布脱离。而尼日利亚也在1960年10月1日宣布独立，并且不久后将国名改为尼日利亚联邦共和国。然而，独立后的尼日利亚并没有迎来和平与安定。殖民时期，英国政府根据自己的意图划定了国界和势力范围，但并未充分考虑各个部族的实际分布，结果导致不同部族之间被强行聚集在同一片土地上，或者将一个部族分割到多个地区。这种人为的划分不仅加剧了部族之间的矛盾，也为尼日利亚的未来埋下了隐患。在独立前，虽然各部族之间存在矛盾，但由于共同追求独立以及殖民政府的强大控制力，局势保持相对平稳，矛盾并未激化。

然而，随着尼日利亚的独立，殖民政府的控制力不复存在，部族之间积累已久的矛盾开始显现。类似于其他刚刚独立的非洲国家，尼日利亚面临的最大问题就是各部族的封闭性以及激烈的利益争夺。虽然黑人政府获得了权力，但缺乏足够的执政经验，使得处理部族间的矛盾变得更加复杂。最终，种种矛盾爆发成了暴力冲突。1966年1月，尼日利亚发生了第一次血腥的政变，由伊博族领导的军事政变推翻了第一届文官政府，取而代之的是由伊龙西将军领导的军政府。

在这次政变中，伊博族的军官几乎没有遭受任何伤亡，反倒是豪萨族成员成为主要的受害者，这引发了豪萨族对伊博族的强烈仇恨。不久后，豪萨族发动了第二次军事政变，推翻了伊龙西的政权，伊龙西被杀，伊博族遭到了广泛屠杀，甚至连约鲁巴族也被卷入了这场冲突中。

根据统计，从1966年9月到10月中旬，超过一万名伊博族人被杀害，数千人因种族清洗受伤，近200万人流离失所。在这段时间里，伊博族的呼声几乎没有得到戈翁政府的回应，政府对伊博族人的苦难漠不关心。这一冷漠态度，正是长期以来部族矛盾积累的表现。尼日利亚政府的忽视让伊博族的领导人认为，只有在东部地区他们的安全才能得到保障。于是，1967年5月，伊博族所在的东部地区的军人领袖奥朱古上校宣布东区脱离联邦，宣告成立比亚法拉共和国，并接管了尼日利亚东部的所有资产。

比亚法拉共和国的名字源自其南部临近大西洋的比亚法拉海湾，首都设在埃努古。显然，戈翁政府不会允许一个分裂的国家存在，于是采取了经济封锁，并在7月开始动用军队进行讨伐，尼日利亚内战正式爆发。

在战争初期，比亚法拉军准备较为充分，且表现不凡。然而，随着时间的推移，双方的实力差距逐渐显现。尽管尼日利亚军进攻较为缓慢，但依靠稳扎稳打的策略，他们渐渐占据了优势，迫使比亚法拉军不断后撤。比亚法拉的首都也相继迁移到阿巴、乌穆阿希亚和奥韦里。最终，奥朱古上校流亡科特迪瓦，比亚法拉共和国被尼日利亚重新吞并，标志着这场持续了31个月的内战宣告结束。

这场内战不仅造成了大量的人员伤亡，还让伊博族的一代人失去了亲人。即便战争结束多年，伊博族人仍然几乎没有机会在尼日利亚政府或军队中担任重要职务。更为悲剧的是，从1969年下半年开始，比亚法拉地区爆发了大规模的饥荒，再加上经济崩溃和军事困境，地区陷入了严重的人道主义灾难。

事实上，战争初期，尼日利亚海军实施了海上封锁，切断了比亚法拉与外界的联系，阻止外界向比亚法拉提供食物、医疗物资和武器支持。到1969年6月30日，尼日利亚政府甚至完全禁止了红十字会的救援食品运输，进一步加剧了比亚法拉的困境。每天都有成千上万的人因饥饿和疾病死去。

根据统计，饥饿和疫病导致的死亡人数接近一百万，远远超过了战斗中的直接伤亡。虽然尼日利亚政府最终赢得了战争，但也付出了巨大的代价。尼日利亚经济遭受重创，国内生产总值下降了近20%，社会创伤深刻地影响了整个国家。战后的尼日利亚并没有得到真正的安宁，政变频发，分别发生在1975年、1976年、1983年和1985年，军政府长期掌控政权。直到1998年，军政府领导人阿布巴卡尔才决定将政权交还给民选政府。