军府制下的参赞大臣体制与驻藏大臣体制之间的互动，呈现出一系列阶段性的表现。第一个阶段，跨越了17世纪中期至18世纪初，这一时期，清朝与迅速崛起的准噶尔蒙古频繁交锋。回疆地区依旧实行传统的领主分封制度，而西藏则由和硕特蒙古与甘丹颇章政权联合治理，权力格局呈现出多重分割的特征。

18世纪20年代，随着清军入藏并平定准噶尔势力后，西宁设立了办事大臣（1725年），西藏方面则通过定期派出的钦差大臣行使办事大臣职能。至1729年，驻藏大臣的常设衙门建立，三年一换班的制度也在1732年得到明确规定，使驻藏大臣体系逐渐走向规范化和固定化。

在准噶尔蒙古的噶尔丹·博硕克图统治时期，17世纪70年代，天山北部实现统一之后，1680年开始向塔里木盆地进军，并通过察合台家族代表或准噶尔统治者征收贡赋。1680—1690年代，清朝尚未直接与准噶尔统治下的新疆突厥伊斯兰社会接触。准噶尔蒙古向西侵扰哈萨克与吉尔吉斯人，向东则在1688年趁喀尔喀左右两翼冲突之机，击败土谢图汗率领的喀尔喀左翼军。土谢图汗与哲布尊丹巴随后逃往内蒙古寻求清帝庇护。经历乌兰布通与昭莫多两次大战后，噶尔丹战败身亡，哈密维吾尔领主归附清廷。僧格之子策妄阿拉布坦继位后，曾先后侵扰哈密和西藏，但最终被清军挫败。

1720年，清军反击成功，吐鲁番的额敏和卓归附清廷。至噶尔丹策零统治时期，准噶尔蒙古与清军保持时战时和的状态；西藏方面，和硕特蒙古与贵族噶伦共同治理，清廷则采取派遣钦差大臣并扶持西藏僧俗贵族的策略，使得大臣职责在初期表现出非固定性与临时性。驻藏大臣在设置初期多处于协理或辅助状态，直至1727年卫藏战争后三年，常驻性衙门建立。郡王颇罗鼐在位期间强化西藏与中央的联系，但由于准噶尔蒙古的威胁仍存，驻藏大臣权力重心主要集中在军事事务上，未能完全拓展有效行政统治。

第二阶段，发生在18世纪中后期。随着清军消灭达瓦齐、阿睦尔撒纳叛乱，并在平定回疆回部叛乱中率先实行将军—参赞大臣—办事大臣的军府制设置，伯克制下的政教分离与土官改流官改革逐步展开。驻藏大臣的军事职能在平定西藏贵族叛乱后恢复，而他们尝试控制政教势力，为回疆伯克制改革提供了重要的反向经验。

18世纪80至90年代，清廷倾向派遣具有伊犁经验的伊犁领队大臣、参赞大臣及将军赴藏，官员来源包括三旗为主，以及满洲八旗和蒙古八旗，比例几乎为1:1。廓尔喀战役后，驻藏大臣掌握了政教事务大权，参赞大臣体制成为改革驻藏大臣制度的最佳参考。

1745年噶尔丹策零去世，达瓦齐上台，但因内部斗争频繁，导致准噶尔达什达瓦部、杜尔伯特部、辉特部相继归附清廷。喀什噶尔统治者玉素甫联合叶尔羌伯克发动起义，占领叶尔羌与喀什噶尔。清军于1755年击败达瓦齐，阿睦尔撒纳及大小和卓随之发动叛乱，清军于1756年及1759年平定天山南北之乱。清廷在善后阶段意识到，采用扎萨克制或保甲制度不适合回疆，因此沿用准噶尔任命伯克的间接统治策略，同时设立伊犁将军等驻防大臣，禁止伯克世袭以防地方势力坐大。经济上，推行大规模屯田与筑城，以确保军事与地方控制。驻藏大臣体系同样用于约束僧俗权力，《藏内善后章程十三条》（1751年）首次确立驻藏大臣与宗教僧主共同处理政务的制度，1788年清廷由监护转为直接管理西藏内部事务。

清廷入藏平定准噶尔势力的军事行动，间接催生了西宁办事大臣和赴藏办事大臣体系。由于准噶尔威胁持续，不定期派遣的钦差体制无法应对突发事件，驻藏大臣体制因此逐步固定，包括任期、衙门与正副大臣的设定。将军—参赞大臣—办事大臣的体系被再次应用于平定达瓦齐、阿睦尔撒纳及大小和卓叛乱，并在1759年下半年尝试固定化驻防回疆叶尔羌等地。1765年乌什回民起义后，乾隆帝设乌什为总汇回疆事务之地，并增设参赞大臣，同时加强对驻防大臣与伯克勾结的管理，但地方官员对民众剥削仍屡禁不止。 在西藏，乾隆帝自1789年后对驻藏大臣与高级僧俗贵族的勾结保持高度警惕，强调公正办事，不容徇私。如乾隆五十四年，驻藏大臣巴忠、舒濂和普福在处理宗教僧主兄弟事务时，被要求严格约束，不得滥用职权；嘉庆帝时期，针对番民匿名控告驻藏大臣贿赂任命子嗣的案件，即使证明为诬告，涉案大臣仍因其他原因受到惩处。 乾隆、嘉庆二帝对驻藏大臣与藏地僧俗贵族的谨慎管理与严厉处罚，既体现了维护皇权公正与威严的意图，也源于回疆驻防大臣与伯克勾结引发起义的历史记忆，以及对藏传佛教权威可能丧失的担忧。廓尔喀战役后，面对参赞大臣政军合一的管理经验和西藏驻藏大臣事权不统一的现实，如何在政教结合中掌控军政大权，成为驻藏大臣改革的核心参考。