首先，当时的北方形势几乎是无法守住的。如果将崇祯换成朱元璋，他肯定会在最短时间内撤退南方，稳住根据地。而事实上，即便满清军队突破了山海关，占领了北京，他们面对广阔的中原，也并没有必然能够征服的底气。多尔衮自己都曾直言：得一尺则为一尺，得一寸则为一寸，这样的表述中，隐含着他对统一中原的谨慎与不确定。真正让他下定决心的，是大顺与南明的一系列操作，尤其是南明的乱象，才让多尔衮对中原的掌控信心十足。李自成溃败的速度之快，甚至连多尔衮也没有预料到——一片石便击败了李自成，不到一个月，他便急忙撤回西安的大本营。

李自成在北方的失败，很大程度上源于他之前对明朝官吏的肆意迫害。当他溃退后，这些投降的明朝官员纷纷造反，自立门户或转投清军，使李自成无暇顾及沿途的军事布防，从而在面对清军精锐时迅速溃败。最终，李自成命丧黄泉，国家灭亡。而南明的表现，更是令人哭笑不得。清军进京后，南明竟提出联虏平寇，史可法甚至主动送粮送钱给清军，几乎只差送上女子，还写信给多尔衮表示感谢，说清军是为崇祯报仇，并愿意与清联手剿灭李自成。然而，多尔衮对此毫不理会，礼物收下，扣留了使节团长，还回信威胁南明，将来必发兵南讨。

然而南明对此依然无动于衷。实际上，当时完全可以趁清军忙于剿灭李自成、无暇顾及他顾的时候，趁机发兵收复山东、河南等地。即便不敢正面攻击清军，也足以在失地中壮大势力。然而，他们却迟疑不前。多尔衮也因此料定南明不会行动，于是放心调集八旗主力，全力剿灭李自成，而京畿地区仅留少量兵力。南明只能眼睁睁看着李自成被清军消灭，而下一轮危险随时可能轮到自己。如果当时是朱元璋掌控南方，他绝不会错失这样的绝佳机会。

在清军剿灭李自成之时，南明江北四镇仍握有几十万兵力，但他们却陷入立鲁王还是唐王的争执，内斗不断，甚至兵戎相见。由于野猪皮事件和残酷剃发令，民心本已动摇，但仍有不少人心向明朝。李定国，这位天纵奇才，自云南出兵，先是迅速攻破贵州、川南，随后利用孔有德用兵失误，将其困于桂林，逼得孔有德自焚身亡。李定国继而挺进湖南，收复大片失地，迫使清军派遣当时最能征善战的尼堪亲王迎战。

李定国以巧妙的诱敌策略，将尼堪斩成两半，令满清十五万精锐军心大乱，惨遭重创。这一战名震天下，激励各地反清志士纷纷起兵响应。即便清军入关已逾十年，仍有不少百姓心系明朝。然而，清廷因精锐损失惨重，无力再派援兵，甚至顺治帝感叹满清非中国之主，萌生退回关外之意。

然而好景不长，孙可望因嫉妒李定国的功绩，担心自身地位不保，开始与李定国内斗。北方全被清军控制，南方大半沦陷，内讧之下，孙可望自然不是李定国的对手，他的部下也不支持，于是投降满清，成为新一代大汉奸，被顺治封为义王，并迅速泄露南明内部军事部署。清军遂调五路大军进攻李定国，虽李定国天纵奇才，但也难以抵挡。即便在磨盘山设伏吴三桂，他几乎成功，但最终仍因汉奸泄密而功败垂成。南明势力由此彻底崩溃，明朝从历史舞台退场。

因此，如果当时崇祯换作朱元璋，明朝很可能不会如此迅速灭亡。即便南方为根据地，也能隔江而治，并在时机成熟时北伐收复中原。明末历史绝非清朝天命所归，满清不过是一个剃发易服、施行残酷屠杀的异族政权。当时仍有大量民众反清、支持明朝。如果当时有一个强有力的政权整合力量，击败清朝、延续明朝完全可行，而朱元璋无疑是最适合完成这一切的人选。因此，将崇祯替换为朱元璋，明朝极有可能延续国祚，再造辉煌。