太平洋战争爆发前，日本的决策层陷入了前所未有的挣扎之中。军方与内阁、陆军与海军、乃至陆海军内部的各派系之间的争斗愈演愈烈，错综复杂得令人眼花缭乱。如果把视角拉长，超越二战那段历史，回望整个日本近代史，会发现这样的局面实属罕见。面对巨大的战略诱惑和挑战，日本显得手足无措，仿佛空洞的脑海里没有清晰的方向。该怎么办？谁也没有一个明确的答案。 关于是否侵华的问题，日本国内的意见出奇地一致，甚至连海军也没有例外。真正存在争议的，是时机和具体策略的把握。山本五十六支持侵华，他推动研发远程轰炸机的初衷，正是为了在中国战场上应用。然而，他对陆军的反感让他反对全面侵华。七七事变爆发后，山本调整了态度，主张增兵，以尽快结束战事。

在北进问题上，山本和部分海军将领持谨慎态度，其中不乏亲德派的力量。他们设想日本在远东采取军事行动的同时，希望德国在欧洲进攻苏联，或者至少对苏联保持高压态势。然而，日本人的天真昭然若揭，他们的设想倒正好迎合了英美的利益——先对付红色的斯拉夫人。然而，德国与日本的诉求从未完全一致。1939年8月，当日本关东军在中蒙边境的诺门罕惨遭苏军打击后，德国与苏联却签署了《互不侵犯条约》，令亲德派包括山本五十六感到尴尬不已。两年后，希特勒要求日本配合德军发动巴巴罗萨行动，但日本仍选择袖手旁观。 在南进问题上，山本与大多数海军将领存在明显分歧。日本高度依赖英美荷法掌控的东南亚殖民地提供石油和钢铁。一旦采取军事行动，对方便可通过断供手段制约日本；而开战则意味着与世界上最强大的海军对抗。山本虽非亲美派，却是知美派。30年代中期，美国经济总量是日本的八倍，其在太平洋的海军部署虽然弱于日本，但整体实力远超日本。一旦战争爆发，日本失去战略物资供应，本土也将首当其冲受到打击。

海军内部还存在技术分歧——未来海上是大炮巨舰的时代，还是航空巨舰的时代？当时世界主流观点偏向前者，战列舰依然是各强国海军的核心。山本是航空兵的坚定倡导者，但内心并未完全笃定。更让他苦恼的是，在日本，哪怕是正常的技术争论，也可能引发杀身之祸。 1935年初，山本参加完第二次伦敦裁军会议后，经德国、苏联返回日本，已是中将军衔，海军内部地位逐渐稳固。同年底，他被任命为海军航空部部长。海军内部对航空兵的发展愈加重视，即便是坚守大炮巨舰理念的人，也不得不承认航空兵的重要性。山本上任后，便把工作重心放在提升飞行装备上。此时日本飞机制造业与德国保持紧密合作，爱知航空与亨克尔公司合作，三菱与容克公司协作，川崎与道尼尔公司联手，技术交流频繁而深入。1936年，三菱在德国专家协助下推出96式中程陆基轰炸机，迅速投入量产。这款飞机航程达4000公里，最大时速350公里，可携带800公斤炸弹，并配备机炮和多挺机枪，技术性能在当时可谓先进。

然而，要在浩瀚太平洋上作战，仅靠陆基飞机远远不够，舰载机研发成为日本海军发展的重中之重。德国无航母，自然没有舰载机，日本在技术上处于领先地位。得到日本技术支持后，德国一度尝试建造航母，但最终放弃。日本从中学到不少经验，三菱继96式后，又研制零式舰载战斗机和99式俯冲轰炸机，推动了航空兵现代化进程。 1936年2月26日，一批少壮派军官发动政变，试图推翻文人政府。血雨腥风之后，广田弘毅被迫组阁，永野修身和寺内寿一分别担任海军、陆军大臣，联合施压推动《帝国外交方针》和《国策基准》通过，北上和南进政策正式确立。陆军计划扩充至50个师团，海军确定建造12艘战列舰和12艘航母，包括巨舰大和号和武藏号，满载排水量达7.2万吨，日本的野心显露无遗。山本五十六明确反对建造这两艘战列舰，从技术角度理由充分：装甲厚度需求、钢铁制造设备不足等问题都难以解决。然而永野巧妙将山本引入海军部次官职，期望他协助解决难题。山本巧妙应对，最终于1936年12月1日就任海军部次官。

1937年初，广田内阁因政党势力反扑陷入危机，陆军大臣寺内寿一被迫切腹谢罪，永野修身选择退居联合舰队司令，山本则留在海军部，与新任海军大臣米内光政配合紧密，二人联手参谋长井上成美，形成海军内部三驾马车，主张重视航母发展。米内年长山本四岁，以谦和著称，人缘极佳，对山本完全信任，大小事务都依赖山本处理。山本亦尊敬米内，在公开场合极力维护其声望，而私下则随意许多，甚至直呼其名。 七七事变后，山本主张增兵，而米内主张陆军作战范围不应超过永定河和保定一线。联合舰队司令永野修身下达第1号作战令，第1舰队主力驶往上海，第3舰队运输海军陆战队，撤回侨民。山本虽未亲临前线，但在东京调动航空兵支援陆军作战，表现积极。

全面侵华开始后，海军作战任务不重，山本和米内的主要精力仍在发展海军。期间，日本飞机研发取得长足进步：三菱推出八试特种侦察机、九试战斗机（96式舰载战斗机）、十试鱼雷攻击机（97式鱼雷攻击机）；爱知推出99式俯冲轰炸机；中岛推出彩云侦察机、96式远程轰炸机；三菱改造零式战斗机系列，其高爬升率、小转弯半径、极速、远航程，使其在同期美军战机中无可匹敌。零式轻量机体结构坚固，可安装多门20毫米机关炮而不影响飞行性能，成为日本海军手中王牌战机。与此同时，日本航母凤翔龙凤赤城加贺飞龙苍龙等相继下水，与美军航母数量持平，但在关键技术如弹射器上仍落后。 日本内阁则更为混乱，自1931年九一八事变至战败投降，15届内阁轮换，首相与大臣如走马灯般更迭。1939年8月，米内组阁，山本被任命为联合舰队司令。9月1日德国入侵波兰当天，山本抵达舰队驻地，他对年轻中尉伸手搀扶时露出少有的微笑：我还没老，我自己来。登上快艇，驶向旗舰长门号，展现出坚毅与自信。

9月5日，山本首次向联合舰队全体官兵发表讲话，强调责任重大，欧洲风云突变，帝国海军任重道远，号召官兵同心协力，昼夜兼练，保持联合舰队最高威力，守护国家不负天皇所望。山本汇集海军各方势力，吸纳南云忠一、大西泷治郎、福留繁等精英，致力整合各派系，形成高效指挥体系。 1940年初，山本指挥舰队进行夜间海上作战演练，打破传统信号灯与无线电使用方式，提升夜战能力。他亲自监督演练，确保各舰保持合理间距和准确方位。两个月后，他又组织航空兵攻击演练，模拟战斗中舰载机与战列舰的交互，亲自参与指挥，并兴奋地询问指挥官名字，还幽默提议：能不能用飞机去炸夏威夷？

在北上侵华南进三项战略中，最难决策的是南进。向东南亚扩张必然威胁美英利益，战争不可避免，日本难以与美国抗衡。山本能做的，是密切关注国际军事技术发展，希望找到提升海军实力的途径。日本原寄望快速结束对华战争，以巩固后方，缩小与美国差距，但战争持久化使资源紧张问题加剧。陆军倾向与德国、意大利联合，山本对此与陆军冲突不断。他忧心忡忡：照这样下去，日本势必卷入更大战争，且以美国为敌。 1940年5月，德国闪击西欧，法国、荷兰战败，英国受威胁。日本认为机会成熟。8月，近卫内阁发布《基本国策纲要》，提出大东亚共荣圈，涵盖日本、朝鲜、中国、法属越南、荷属东印度、英属印度、英属马来亚及南太平洋国防圈，形成以日本为主导的经济与资源网络，名义上是经济共同体，实质并非平等。随后，日本将澳大利亚、新西兰纳入其版图范围。

法国担忧法属印度命运，警告日本此举仅是更大计划的开端；英国提醒日本入侵英属文莱、马来亚将引发远东冲突；美国驻日大使指出，日本占据战略据点后，进攻范围将扩展至美国、法国、英国或荷兰领土。日本国内各方争论激烈，陆军参谋长杉山元扬言三个月可解决南太平洋问题，裕仁反驳：中国广阔内地行动无法如期完成，太平洋更无边，三个月如何完成？杉山元无言以对。 山本主张与美英和谈，反对与德国、意大利结盟。他提出三点理由：一、日本与美国国力差距过大；二、若导向德国，美英会切断能源供应；三、美国海军实力占优，日本几无胜算。此种消极言论让极端分子将目光盯向山本，甚至威胁其生命。他为此早写遗书，出行携带防护器，以备不测。1940年9月23日，日本出兵法属越南；9月27日，日本与德、意签署《三国同盟条约》，轴心国正式形成。美英立即反应：英国恢复滇缅公路，美国禁止向日出口钢铁与石油。战与和，日本必须做出最终决策。