1946年7月,军统正式完成改组,转型为国防部保密局。从名义上看,它被纳入国防部体系之内,似乎成为国家军事机器的一部分,但在实际运作中,却迅速演变为一个高度独立、封闭且直接服务于最高权力的特务系统。保密局局长的核心汇报对象只有蒋介石一人,无需也几乎不可能按照常规军政体系,向国防部长或参谋总长进行周期性汇报。三者之间仅维持有限的事务性接触,并不存在真正意义上的上下级指挥链。 从整个制度架构来看,战后国防部实行的是军政与军令的二元分离结构。国防部长负责军政事务,包括行政管理与预算统筹;参谋总长则统领全军作战指挥与正规军事情报系统,二者分属不同体系,各自运转。保密局虽然挂靠国防部名义,但既不归参谋本部序列,也与负责正规军事情报的国防部二厅完全切割。二厅隶属于参谋总长,主要承担战场情报搜集与分析任务,而保密局的职能则完全不同,它更偏向党政监控、地下渗透、暗杀策反以及防共肃奸,本质上是一套直接服务于蒋介石个人意志的秘密特务机关。其人事任免、行动决策以及绝密情报流转,全部绕开国防部正常行政流程,形成一条独立运行的隐秘链条。
在日常运作中,保密局局长始终只对蒋介石单线负责。无论是郑介民还是毛人凤担任局长时期,所有重大行动计划、全国范围的潜伏部署、高层监控名单以及机密审讯材料,都会以独立密报的形式直接呈送蒋介石批阅。这种专属的信息通道,使得保密局在情报体系中形成了一个封闭而垂直的核心节点。国防部长在这一体系中权限极为有限,仅能处理保密局的年度经费拨付与人员编制审批等行政事务,无法调阅核心情报,也不能对外勤站点进行任何实质性指挥。而参谋总长则仅负责前线作战相关情报的整合与调度,对保密局所掌控的地下特务网络完全无权介入。即便在特殊情况下,例如曾有郑介民同时兼任二厅厅长的阶段,二厅的军事情报体系与保密局的特务系统依然各自独立上报,彼此之间并不构成隶属关系。只有在某些特殊协同任务中,保密局才会与国防部或参谋体系进行有限沟通。例如前线联合搜捕行动、对军政高层的监控安排,以及城市维稳等跨系统任务,保密局会以简报形式抄送相关部门备案。但这种通知性质的信息传递,并不构成正式汇报,对方既无权批复,也无法对行动方案进行任何修改。到了毛人凤时期,甚至多次出现参谋总长要求调取潜伏情报被直接拒绝,国防部长对抓捕行动提出质询却遭到冷处理的情况,这种局面本质上正是保密局长期游离于正规军事体系之外所造成的结果。 从更深层的权力结构来看,蒋介石刻意将情报体系拆分重组,其核心目的在于通过保密局对军方高层形成制衡,防止国防部长或参谋总长掌握独立的特务力量。因此,无论从制度设计还是历史事实来看,保密局局长都不存在向国防部长或参谋总长进行定期汇报的制度性要求,其唯一的直接责任对象,始终只有最高领袖蒋介石本人。