明朝中后期，东南沿海地区倭寇泛滥，他们人数不多，破坏力却很强，经常把滨海各省搞得乌烟瘴气、民不聊生。据正史记载，1555年有一支不足百人的小股倭寇从江浙一带登陆，他们一路上烧杀抢掠，逼近芜湖，沿途杀伤四千多人，这类战损比令人咋舌的倭乱，在当时并不少见。

此时的戚继光面临着军备废弛，将怯兵弱的局面。单从兵力来说，有明一代在东南沿海的驻军也不算少，仅在南京周边就有12万之多，但偏偏总是出现几十个倭寇追杀成千上百明军的尴尬场面。

为了扭转局势，戚继光只能从零开始，编练新军。在兵源选择、军饷配额、组织机构、武器配置以及排兵布阵等各个方面，戚继光都亲力亲为，他创造出来的鸳鸯阵法，通过不同兵器（有狼筅、腰刀、长枪以及藤盾等）不同人员的搭配，专门针对分散行动的倭寇。经过一年的训练，达到了百战百胜的境地，甚至还能打出零战损的成绩。

对倭寇来说，戚继光就是神一样的存在，遇上他基本就没有活路了。与同时代其他军队不一样，戚继光带出来的兵，纪律性极强，而且很有信仰。为了塑造军队的纪律观念，相传戚继光曾亲手斩了战场不听指挥、擅自出击的儿子。也正是这种带兵手段，造就了极其顽强的戚家军。

不过，戚家军虽然完败了倭寇，其光芒也只维持了极短的时间，不久之后就消失在历史的长河里了。究其原因，其实也与戚继光的性格相关，纵观戚继光的一生，他为人处世以务实为准绳，大多数时候都能在妥协中找到最优的解决办法，能适应朝野大环境。用现在的话来说，就是戚继光比较现实。

他深谙当朝制度，重文轻武，武官再厉害也会难免弹劾。在这种情况下，戚继光为了有所作为，与当时的首辅张居正走得特别近，当然张居正也很欣赏戚继光的才能。戚继光剿灭倭寇后，被调到北方抵御蒙古，在这个时候，张居正曾打算给戚继光前所未有的武将官衔——总理蓟州军务，这个职位很特殊，明朝的“总兵”武将中的最高官职，而总理蓟州军务的级别明显在总兵之上，这个职位虽然名义上没有落实，但张居正的确给了戚继光实权，因为他把蓟州辖区内的高级将领全部调到他处任职了。

不仅如此，张居正还想方设法，借年幼的万历皇帝之口，阻止言官、监察对戚继光辖区工作的弹劾，实行“一年一次巡视”。除此之外，仍旧不听话的言官，也会被张居正用各种理由陆续迁调他处。

也正是张居正的支持，戚继光得以南剿倭寇，北御蒙古，功绩卓著。不过，这种打破成例的做法，明显不能长久，张居正在位时，戚继光可能无限制地施展抱负，一旦张居正失去权势，戚继光也必然会受到牵连。

张居正死后，没过多久就受到了言官的集体弹劾，在这场风波中，张居正被抄家，所有荣誉都被剥夺，其后代子女要么流放、要么饿死，下场并不好。与之休戚相关的戚继光，也没有躲过去，他很快就被调离蓟州，前往广东上任，远离了中心舞台，不就之后，戚继光便告老还乡，回到登州（今山东蓬莱），至死也再没有得到重用了。