17世纪的伦敦处在一个由中世纪向近代转型的特殊时期。

此时的伦敦已经成为一座拥有35万人口的城市，约有7的英国人口居住在伦敦。

1665年黑死病席卷欧洲大陆，伦敦十万人因此而丧生，同时英国又在和法国荷兰的第二次英荷战争中失利，屋漏偏逢连夜雨，在此背景下1666年9月伦敦布丁巷的一家店铺着火。

罗马墙内一半以上的城市在大火中被损毁，给伦敦造成了巨大的损失。

成为此次大火的第一个受害者。

邻居们闻讯后赶来一起灭火。在近一个小时之后教区警员赶到，并在现场勘查后提出对其邻居的房子进行拆除的建议，以防大火的进一步蔓延。但是却受到了个体住户们的普遍抗议。市长托马斯沃尔沃思因为有“凌驾于民众意志之上”的权力被请到了现场。

而市长到达火灾现场时大火吞噬着相邻的房子，正在朝着纸仓库和附近易燃的商品店蔓延。拥有经验的消防队员再一次向市长劝说对火灾临近的房屋进行拆除，

市长予以拒绝，因为他对形势的估计过于乐观，他认为“一个女人也能把火给扑灭”，且当时多数房子属出租房所以很难找到房屋真正的主人。之后他便离开了现场。

现在一般认为，托马斯沃尔沃思虽然担任市长之职位，但却无与之相应的工作能力，因而在面对大火时的表现显得有些不尽人意。后来塞缪尔佩皮斯在日记中写到：

人们把所有的期望放在托马斯沃尔沃思身上，却又不得不为市长的简单和愚蠢而哭。

火灾向北蔓延到了这座城市的金融中心，朗伯德街银行家们的房子从周一下午开始燃烧。迫使人们在金币被火“吞噬”前赶紧转移到另一个安全的地方，这些财富对这座城市和国家都相当重要。

一些当时的目击者称，第二天的伦敦人民已经产生了绝望感无助感，甚至已经放弃了对皇家交易所联合交易所购物中心以及在齐普赛街附近的奢侈品商店等富有的街区的挽救。其中皇家交易所在下午的晚些时候着火，几个小时就变成了一个冒烟的空壳。

约翰伊夫林描述了燃烧了一天之后的景象，

从河对面看整个城市都处于大火之中，整个桥附近的房屋泰晤士街到齐普赛街到三鹤区，都笼罩于火灾之中。

约翰伊夫林说，整个泰晤士河的河道塞满了船，上面也满挤着人和货物，大量的车辆和人通过拥挤的城门，逃向东部和北部开阔的原野。到处都是散落在地的各种可动产还有用来遮蔽人和货物的帐篷，悲惨的灾难景象触目惊心。

居民们迫切的希望把城里的货物运走。上流社会的人想把城里的东西搬走，所以一些身体强壮的穷人有了另一种收入的来源，贫困的人以搬运工的身份被雇用，拥有小推车和船的人也变得更加“有利可图”，在周六火灾发生前，雇佣一辆手推车需要几先令，但是到了9月3日周一火灾时，涨到40英镑相当于2005年的4000英镑。

看起来各地的船和车都在涌向伦敦，与门口出逃的居民发生拥堵。门口混乱的程度，致使地方法官下达了愚蠢的命令，于周一关闭了一下午的大门，他希望将居民的注意力从保护自己的财产转移到与火灾的斗争上来认为当人们没有办法去救走任何东西的时候，人们会更努力的扑灭火灾，但显然这一措施是草率且失败的，第二天这项措施接着被取消了。尽管街道的秩序崩溃，特别是在城门和火势肆虐的地区。

但9月3日也是大规模有组织救火行动的开始。市长托马斯沃尔沃思虽然主要负责消防的协调工作，但是他显然已经离开了灾区，甚至在9月3日的任何报道中他的名字都没有出现。

在这个紧急情况下国王再一次下令，要求他的兄弟詹姆斯约克公爵负责救灾行动。詹姆斯约克公爵在火场周围设立了指挥所，把街上发现的一些贫穷男士强征，且有偿加入消防队伍，并给与了他们高薪和充足的食物，王室这种明显的有组织的官方行为，消除了一些公民的焦虑。

整个9月3日詹姆斯约克和他带领的救生员在街上巡游，解救在暴徒手中的外国人天主教徒，努力的去维持秩序，詹姆斯约克日夜不停的持续灭火行动赢得了民心。并且也有报道说国王曾亲自参加动手，用水灭火和帮助拆除建筑建立防火道。

到了9月4号，也是火灾破坏最大的日子，火灾继续向西前进到白厅，约克公爵把指挥所设在斯特兰德与舰队街的交界处坦普尔巴他期望舰队河。能起到一个天然防火道的作用，他与消防队员一起建立起从舰队大桥到泰晤士河的防线。但是星期二的清晨在强烈的东风的影响下，

大火越过了舰队区包围了他们，迫使他们离开。

大火依然继续向西扩展，面对无法平息的大火，人们感到惊慌失措。直到下午晚些时候，大火燃烧到了齐普赛街地区。伦敦人都认为圣保罗大教堂是一个安全的避难所，它厚厚的石墙和宽阔的广场会形成一道天然的防火墙。教堂里面堆满了被救出的货物，地下室里也挤满了打印设备和书籍。但因前段时日大教堂正在进行一些修复工作，教堂外层包围了一层木质支架，不幸的是周二晚上这个支架着火了。

白天火直顶着当时盛行的东风，从普丁巷附近向东移动，向佩皮斯在斯森巷的家和伦敦塔的火药库走去。塔上的驻军在请求詹姆斯的救火队赶过来救援，但是由于詹姆斯忙于西部火灾无暇顾及，等待无果之后驻军只能选择自己动手。

风从9月4日晚上开始有所减弱驻军创造的一些防火道从9月5日开始发挥了作用塞缪尔佩皮斯走过燃烧过的城市脚能感到明显的灼热他爬上巴金教堂的顶端看到这个被摧毁的城市“这是我见到过最荒凉的景象”虽然仍有许多大火在分区单独燃烧但是大火已经基本结束

塞缪尔佩皮斯走访了紧邻城市北部的一个大型公园穆尔菲尔兹在那里他看到了一大片无家可归者的难民营地贫苦的穷人在搬运他们的货物把所有的货物堆放在自己身边公园附近的面包价格翻了一倍伊夫林也描绘了穆尔菲尔兹这里是无家可归者的主要聚集地受难人群之多令人感到震惊有的人住在帐篷下面有的人在临时搭建的棚屋里许多人没有必要的器具布品床板......使人们变得极端的痛苦与贫困

这些贫困和饥饿的人们却没有哀求救济这些令人心疼又骄傲的伦敦人给伊夫林留下了深刻的印象灾情引起人们情绪气氛非常不稳定此时粮食的生产和分配已经中断到不存在的地步查理二世担心会因此引发全面的叛乱而推翻君主制政体查理二世对人们宣布将会每天把面包带入城市并在周边设置安全市场这些市场用于满足人们的日常购买和销售也布置了一些紧急援助方面的临时措施

最终大火在第三天晚上熄灭因为风终于停了下来再加上人们持续不断毫不留情地炸毁房屋把大火分割成小块但是很多地下室里都有小火苗闷烧在接下来的几个月中不时再次爆发火灾从9月2日到9月5日大火席卷了伦敦的中部地区烧毁了古罗马城墙内百分之八十五的中世纪的伦敦城大火被扑灭主要被认为是有两个因素强劲的东风平息了下来伦敦塔驻队用火药创造的防火道有效阻止了火灾的东扩

这一次火灾激化了宗教矛盾，须放在英国宗教改革和英国历史中新教徒反天主教情绪的发展中去理解。在1660年查理二世复辟之后，由前王党分子为主的议会通过了大量迫害清教徒的法案，而反天主教法案虽然没有被废除，但当局在客观上放松了对天主教徒的迫害。

查理本人主张宗教信仰自由，不但法国籍母后亨利埃塔玛丽亚是天主教徒，他还在1662年迎娶了天主教国家葡萄牙公主布拉干萨的凯瑟琳为王后，大批外国天主教徒以随员的身份来到伦敦，王弟詹姆士也已皈依天主教。

再加上查理流亡期间有不少天主教徒特别是爱尔兰人追随，复辟之后他们成了官场势力的重要力量。

一时之间，伦敦的宫廷议会军队到处都有天主教徒的身影，威尼斯驻英大使在1661年给总督和元老院的报告中写道：“一旦这个政权稳定下来，天主教信仰将获得很大发展，而且英王的卫队中很多人已经是天主教徒了。”

然而，这场1666年的伦敦大火重新点燃了英格兰社会的反天主教情绪对英格兰民众而言，天主教不仅是专制主义的制造者，而且与“火”也有着密切的联系。16世纪中叶天主教徒“血腥玛丽”在位时期，近300名新教神职人员和普通信徒被以“异端罪”处以火刑。

西班牙宗教法庭在欧洲大陆竖立火刑柱迫害新教徒。相比之下，伊丽莎白一世之后的英格兰当局对天主教徒和新教不从国教者只是以“拒不参加国教礼拜”处以罚金，对于谋反者也是以“叛国罪”处以斩首或绞刑。

而天主教徒的颠覆活动也常常与“火”有关在1605年著名的“火药阴谋”中，天主教徒盖伊福克斯等人试图在威斯敏斯特宫引爆炸药，炸死国王詹姆士一世与大多数政要。这次的伦敦大火也不例外，其中火灾区产生的风的乱流，带着火花和燃烧的碎片，飘落到远距离的茅草屋，导致一些看起来远离火源地毫不相干的房屋着火，使得许多不清楚真相的群众再一次相信了天主教故意纵火的传言。