1941年1月皖南事变以后,当月20日中央以华中新四军八路军指挥部重建了新四军军部,任命陈毅为新四军代理军长,刘少奇为政治委员,张云逸为副军长,赖传珠为参谋长,邓子恢为政治部主任。
重建的新四军重新改编为7个师加一个独立旅,不仅没如敌人想象那般覆灭,反而还壮大了不少。重新组建的7个师,平均每个师的兵力差不多都在一万人左右,但也有部分人数比较少了,抛开梁兴初为主的独立旅(该旅下辖6000多人,前身是八路军115师教导第五旅)外,新四军第6师、第7师兵力都不满万人。 其中新四军第7师组建之初只有5000多人,下辖一个旅一个挺进团,可在后来发展的过程中,第7师展现出了超强的韧性,不仅挫败了日伪军的多次阴谋,以第7师为主建立的皖江抗日根据地,更是发展成为我军敌后最富裕的抗日根据地,不仅自身补给充裕,新四军第7师在财政、物资,还要负担对全军的供给。而第7师发展到抗战末期,麾下拥兵已经达到了3万。 相比于其他各个主力师,第7师的发展也有比较多的原因,如所辖地区无大规模的战事,客观上也促进了该部的发展,而新四军各师中,发展遭遇困窘局面的,也就只有新四军第6师。第6师建立之初下辖两个旅,总兵力接近6000多人,相较于其他各师来看,人数要少一半还多,第6师的组建原本是以新四军江南指挥部下辖各个游击队组建而成的,由于所负责的江南地区的游击作战,该地区属于深入敌后,更兼当地物阜民丰,时常遭遇日伪军的扫荡,作战比较困难。
新四军第6师16旅组建后在旅长罗忠毅的率领下转战苏南地区,罗忠毅是新四军之中一员干将,1927年12月参加宁都起义,后任福建军区作战科科长,身经百战,红军主力长征以后,罗忠毅率领闽西抗日游击队抵抗国民党军军队,抗战全面爆发后,罗忠毅调任新四军第二支队参谋长,江南指挥部参谋长,身经百战。 转战苏南地区以后,罗忠毅不仅要与日伪军作战,还面临国民党军顽军的侵袭。1941年4月罗忠毅率领16旅在黄金山遭遇国民党军第40师几个团的围攻,罗忠毅沉着指挥部队,4天内歼敌四个营,缴获武器弹药无数,极大的壮大了部队,可惜的是由于面临压力过大,这一年11月,18旅在苏南地区遭遇日伪军4000余人围攻,罗忠毅不慎中弹壮烈牺牲。而第6师下辖的第18旅,在苏南地区历经艰苦的斗争后,1941年10月转移到江北地区开辟根据地,同进入高邮、宝应的第一师所部会和,后来18旅就直接划归了第一师下辖,在划归第一师以后,18旅兼第一军分区,考虑到作战的需要,上级下令要求第一师、第六师指挥机关合并,有粟裕统一指挥,只是对外仍号称是新四军两个师。
事实上从这一时期开始,16、18两个旅都划入了第一师下辖,只是16旅仍在苏南地区坚持斗争,1941年12月底,新四军第一师第2旅南渡长江,同江南的第16旅合并,对外号称第16旅,原本第2旅兼苏中军区第二军分区,第2旅南渡长江后,留在军分区的第2旅部分人员重新组建了军区指挥机构。1944年12月,为了执行发展东南的战略任务,粟裕率领苏中军区,也就原属第一师的部分部队南下,同江南的第16旅会和,共同建立了苏浙军区,粟裕任苏浙军区司令员,而留在苏中军区的第一师部队则继续兼苏中军区,叶飞调任苏中军区司令员,苏浙军区建立以后,设立了两个军分区,并改编为4个纵队,其中16旅改编为第一纵队,该部后来和苏浙军区第4纵队、苏中军区教导旅合编为新四军第一纵队,后改称华中野战军第6纵队。