根据非洲起源说，距今30万年前，非洲的直立人逐渐进化成了智人（即现代人）。约6万年前，智人开始走出非洲，传播到世界各地。大约4.5万年前，智人开始定居欧洲。1.5万到1.6万年前，一些西伯利亚地区的智人由于某种原因，跨越了当时海平面较低的白令海峡（当时冰路或陆路连接着美洲和亚洲），进入美洲，成为美洲大陆上的第一批古人类。然而，现代的考古发现表明，美洲的古人类痕迹远早于1.6万年前，甚至可以追溯到10万年前。根据非洲起源说，1.6万年前美洲应当是一片荒无人烟的地方，但考古证据却揭示了更加古老的痕迹，这到底是为什么呢？

首先，2017年，《自然》杂志发表了一篇论文，介绍了在美国加州南部圣迭戈地区发现的古人类遗址，距今已高达13.07万年。上世纪90年代，考古学家在圣迭戈发现了大量古生物化石，包括已经灭绝的恐狼、地獭、乳齿象、猛犸象等。当时，大家并没有将这些化石与人类联系起来，只认为这些是古生物的化石遗址。然而，后来一具特别的骨骼引起了研究人员的注意。科学家发现，乳齿象的腿部骨骼表面有典型的螺旋型骨折，这种断裂形态表明，这只乳齿象在死亡前或者刚死时曾受到强烈的打击。更重要的是，在这些有损伤的骨骼附近，考古学家还发现了具有明显使用痕迹的石锤和石砧。密歇根州立大学的古生物学家丹尼尔·费舍尔认为，这些痕迹很可能表明，早在13万年前，古人类就已经出现在美洲。为了验证这一猜测，研究人员仿照古人类使用石器的方式，进行了一些石器打击实验，结果发现，打击后的痕迹与乳齿象化石上发现的痕迹高度相似。因此，科学家推测，13万至20万年前的冰期，海平面下降，白令海峡变成了陆路或冰路，古人类很可能在这一段时间内穿越白令海峡，来到了美洲，开始在加州圣迭戈地区狩猎。

如果13万年前就有古人类进入美洲，这无疑会对传统的非洲起源说提出挑战。根据非洲起源说，智人应该是在约6至7万年前才开始向外扩散，而13万年前的古人类在美洲的出现，很可能意味着美洲的古人类并非完全源自非洲，或者说，现代人类的起源并非单一的非洲起源，而是多地区起源。不过，由于目前没有发现确凿的古人类骨骸，只有石器和动物骨骼等间接证据，这一理论依然存在争议。 其次，2009年，考古学家在美国新墨西哥州的白沙国家公园发现了大量人类脚印，这些脚印与动物的足迹混杂在一起，经过科学研究，脚印的年代被确认是在大约21130年至22800年前，距离现在约2.1万年。这些脚印中包括了一些较小的脚印，推测可能是当时儿童和青少年留下的。由此，研究人员认为人类至少在3万年前就已经抵达美洲。虽然这一发现仍有争议，但现有证据表明，2.1万年前美洲就有人类活动的痕迹。如果这一发现属实，那么非洲智人向各大洲迁移的时间就需要被重新审视和改写。

第三，墨西哥也发现了距今超过2.5万年的古人类遗址。位于墨西哥阿斯蒂耶罗山脉的奇基维特洞中，考古学家发现了近2000件石器，其中239件被埋在砂石层中，且没有发现古人类的骨骸。学者推测，奇基维特洞可能在严冬时节被当作避难所使用。碳十四测定结果表明，这些石器的年代大致在2.5万至3.2万年前。换句话说，这些石器的出现时间比此前普遍认为的美洲古人类到达时间要早1.5万年左右。通过研究，学者们提出，古人类可能是通过白令海峡进入美洲后，绕过冰层或乘船沿太平洋海岸向美国加州、墨西哥等地迁徙。

除了上述发现，近年来还陆续发现了许多新的考古证据，表明早在3万年前，美洲就已有人类活动。最早的痕迹甚至可追溯到13万年前。根据这些新的考古发现，过去关于人类抵达美洲的时间的传统认知，必须被重新审视，这可能会对非洲起源说产生深远的影响。因为，非洲智人一般认为是在约6万年前才开始走出非洲，4.5万年前才扩散到邻近的欧洲，那么，如何解释3万年前或更早的古人类如何穿越冰原抵达美洲呢？另外，如果圣迭戈遗址的古人类是智人所为，那么非洲起源说也将面临更加严峻的挑战。