在明清对外关系史中，华侨移民到菲律宾的活动规模巨大，且对两国关系产生了深远影响。明朝隆庆年间，华侨移民问题引发了三大重要事件：林凤事件、潘和五事件以及1603年西班牙惨杀华侨事件，这些事件集中反映了明朝当局如何应对菲律宾的排华现象。

林凤事件是明朝与西班牙殖民当局之间的重要冲突之一。林凤，原名林阿凤，来自潮州饶平，是明朝隆庆和万历年间活跃于广东、福建和台湾沿海的海盗头目。万历二年十月，林凤被明朝官兵击败后逃到了澎湖。西班牙传教士胡安·冈萨雷斯·德·门多萨记载称，林凤在澎湖时抓获了两艘从马尼拉返航的中国商船，得知菲律宾的西班牙殖民者刚刚占领马尼拉，且西班牙人数极少，防御措施几乎没有。得知这一消息后，1574年11月底，林凤率领一支由62艘战船、4000名水手与步兵和1500名妇女组成的舰队，对马尼拉发起进攻。

然而，林凤的进攻遭到了西班牙人的强烈抵抗。在两次猛烈进攻马尼拉时，林凤付出了200名士兵的代价，而西班牙人的伤亡却极小，仅一名城市警官和一位天主教老信徒丧命。尽管如此，林凤并未继续进攻，他决定停止对马尼拉的攻击。1575年3月，林凤率队北上，来到了距离马尼拉约220公里的林加延湾邦阿西楠地区，并在那里建立了一个临时的基地。林凤自立为当地的君王，并向周围的居民索取贡品，同时进行海盗式的掠夺。他甚至宣称自己已占领了菲律宾群岛。

在林凤刚安营扎寨时，西班牙殖民当局联合当地土著对他展开了反击。1575年3月，西班牙兵力约250人，并借助土著力量发起了进攻。在这场战斗中，西班牙人付出了五名士兵和三十名土著的代价，击败了林凤的部队，俘获了70名妇女。尽管西班牙人取得了胜利，林凤并未完全被打败。在长达三个月的围困中，林凤通过三十艘小船趁西班牙人不备，成功逃离。

1575年4月，当西班牙人在邦阿西楠围困林凤时，福建的总王望高奉命前往菲律宾调查林凤的情况。王望高在邦阿西楠与西班牙人会面，了解了林凤的困境后，前往马尼拉与菲律宾总督达成了协议。根据协议，西班牙人承诺，如果林凤被击败，他们将送林凤到中国，或者将海盗送到一个安全的地方，等待中国人接手。王望高同意带上一些教士和士兵返回中国，同时确保西班牙使节能够获得应有的待遇。西班牙人对此感到十分高兴，因为向中国传教一直是他们的目标。

西班牙殖民者为了进一步争取中国的好感，精心挑选了四位使节，其中包括传教士马丁·德·拉达和哲罗尼莫·马林。为了讨好中国官员，西班牙还送给王望高和他的上司一些精美的礼物，其中包括一条金链和一件华丽的深红色华袍。当西班牙使节抵达中国后，他们受到了中国官员的热情接待，但也被告知必须遵守中国的礼仪。例如，他们被要求在进入总督府时下跪，并要一直跪到总督允许他们起身。

尽管西班牙使节受到了热情的接待，但他们很快发现，中国官员对于西班牙的传教意图避而不谈，而更多关心的是林凤的情况。西班牙使节试图与福建巡抚交涉，但巡抚总是打断他们的话，并对传教问题避而不谈。西班牙人还发现王望高回国后夸大了自己在围捕林凤中的功绩，以期获得更多的奖赏和酬劳。

这段时间，西班牙使节在福建受到了严格的限制，不能离开住所，也无法与外界接触。西班牙人对此非常失望，并且开始怀疑自己此行的目的是否被中国官员误解。最终，西班牙使节在失望中返回菲律宾，并且这次接触成为了中西两国首次的正式交往。尽管西班牙人试图通过林凤事件向中国传教，但中国官员却通过朝贡的方式回避了西班牙的真正意图，并将此次接触视为西方国家受中国德化的表现。

然而，西班牙殖民当局并未放弃对中国的计划。在马尼拉，西班牙人正在酝酿着侵略中国的计划。与此同时，明朝政府则通过积极的措施保护在菲律宾的华侨，并与西班牙在贸易方面进行了抗衡。与西班牙的接触表明，西方对中国的认知和态度有很大的差异，而这也为后来的排华事件和冲突埋下了伏笔。