在湘军顺利拿下安庆之后不久，咸丰皇帝便驾崩了。 辛酉政变后，恭亲王奕和慈禧掌握了实权。奕成为了清朝这盘大棋的真正操盘手。他年仅三十，却已是头脑清晰的老政客，明智地认定镇压太平天国起义，是当务之急，必须优先解决的关键问题。 起初，他对曾国藩百般支持。曾国藩被任命为两江总督后，他管辖的江苏、安徽、江西、浙江四省的重要官员，全都换成了自己的亲信。更广泛地说，全国封疆大吏的任用先决条件之一，就是能否积极为湘军筹饷。

奕拍着曾国藩的肩膀，语气中满是信任：放心，兄弟，好好干，我全力支持你。与咸丰时代相比，这份信任显得更为高明、稳重。奕等人的安排，让曾国藩心里暖洋洋的，感受到前所未有的政治庇护，自然把慈禧和奕视作明主，心甘情愿地投入到镇压太平军的战役中。 天京之战，是太平天国的最后一战，也是最关键的一场。经过长达十二年的鏖战，这场胜利的到来，让朝廷的态度翻脸比川剧变脸还快。让人不禁感叹，官场之上，并非苦心孤诣、业绩卓越，就能获得应有回报。曾国藩的处世之道颇为聪明，懂得避免兔死狗烹，值得细细揣摩。 曾国荃

在攻打天京之事上，曾国藩难免带着私心。他总想让别人充当配角，把头功留给弟弟曾国荃。以安庆之战为例，曾国荃负责围城，而旗人将领多隆阿主攻外围，战功本应更大，但得到的封赏却微乎其微。胡林翼在世时，懂得笼络人心，多隆阿也愿意配合。胡林翼去世后，多隆阿对曾国荃的跋扈行径颇为不满，借口西北战事离开，再也未与曾氏兄弟合作。 曾国藩在安排天京战役时，也曾希望以类似策略行事，但多隆阿不愿总为他人抬轿。于是，曾国藩稳妥起见，分派四路兵攻打天京：曾国荃直插南京，占据头功；西路多隆阿、东路鲍超、北路李旭宜分别为援军。殊不知，曾国荃一路深入时，其他三路未能及时跟上，他几乎成为孤军深入。 沅弟是兄弟中最能干的，曾国藩愿意提携，但两人性格不合，曾国荃求功心切，常不听劝告。围南京时，他丈量城墙、计算壕沟长度，才发现南京城之宏伟：城墙宽达三十米，高十四至二十一米，规模之庞大，令他震惊。面对如此庞大工程，他不得不硬着头皮驻扎营地，等待其他部队支援。

然而，天京方面并不坐以待毙，李秀成率十余万太平军发起反击。湘军仅两万人，加上世界第三、四次霍乱大流行波及，物资感染导致士兵大量减员，人数上处于绝对劣势。曾国荃若一个月无人支援，必然全军覆没。这时，他才向兄长曾国藩求助，但各路兵力都难以调动，最终只得派出亲兵四百人壮胆。雨花台之战持续四十六天，是曾氏兄弟最煎熬的时光。 幸而曾国藩有战略眼光，他推算李秀成军粮消耗，利用长江控制断粮，终于让敌军撑不住。更棘手的是军饷被江西巡抚沈葆桢停拨，湘军陷入极度困境。 沈葆桢 沈葆桢宣布停止供给曾国藩四万两漕折，导致军饷断绝，武器弹药难以供应。这一举措让曾国藩震惊，毕竟沈葆桢是自己保举的知府，后来升为江西巡抚，本应感激涕零。沈葆桢出于政治理念，优先考虑地方军事和财政，自行组建江勇，无暇顾及湘军利益，因此干脆不打招呼。 曾国藩初时愤怒，但权衡之下，选择忍让。他深知兵力有限，战争尚未收尾，不宜因个人恩怨影响全局。攻南京的计划历时三年，曾国荃尝试夜袭城墙、挖地道，但都未奏效，只能以断粮待敌。与此同时，李鸿章建立淮军，左宗棠收复金华、杭州等地，湘军战功虽丰，但手段原始。随着局势变化，沈葆桢再次上奏，江西厘金一分不拨，使军饷每月再减少二十万两，曾国藩被迫四处求援。 南京（天京）

全国战事渐平，唯南京久攻不下。曾国荃为独占头功，不愿淮军插手，李鸿章只得私下催促。曾国荃压力巨大，精神濒临崩溃，整日挖掘地道。李秀成机敏，频繁破坏地道，但最终有一条地道侥幸成功，数万斤火药炸塌城墙。1864年六月十六日，天京陷落，曾国荃几日未眠，写信报捷后才稍作休息。 曾国藩收到消息，悲喜交加。十二年来，他失去了两名亲弟弟，送数万湘籍乡亲赴死，经历三次自杀，才换来胜利。然而朝廷并未如期嘉奖，反而连发严厉上谕，指责曾国荃未乘胜追击、追问南京财宝下落。这背后的原因有二：一是清廷猜忌，曾国藩声望登顶即潜在威胁；二是曾国荃贪婪，南京抢掠恶名昭彰。 曾国藩由此萌生功成身退之念，奏请曾国荃辞职还乡，并主动裁撤湘军。最终，曾国荃以身体原因告辞，湘军被裁，朝廷不再追问财宝下落，曾国藩继续担任两江总督，稳住了局势，也保全了自己。