公元1640年，崇祯皇帝朱由检采纳大学生、兵部尚书洪承畴的建议，设置五省督师，统一指挥陕西、山西、山东、河南、湖北等地的明军剿灭李自成的起义军，并以洪承畴为五省总督，节制上述5省所有的明军。在洪承畴的指挥下，明军像换了个人一样，战斗力飙升，连续歼灭李自成的主力部队，最终将李自成的残部合围在商洛山中。

本着宜将剩勇追穷寇，不可沽名学霸王的决心，洪承畴亲自到商洛山前线督阵，誓要将李自成一网打尽，明军在洪承畴的督促下，工作格外卖力，废话，洪承畴可不是一般人，那杀气人来眼睛都不眨一下的主。随着明军包围圈越来越小，商洛山中李自成的部下纷纷开始向明军投降。洪承畴将投降的李自成部下逐一甄别，凡事投降2以上的就地格杀，初次投降的编入明军战斗序列，主要作战任务就是当炮灰，彻底杜绝此前起义军降而复叛的弊端。

洪承畴的一系列操作下来，李自成身边只剩下18人，要知道半年前，李自成麾下还有40万大军啊，似乎李闯王的生命就要终结在商洛山中了。

然而，幸运的天平再一次眷顾了这位陕北大汉，北京城的崇祯下诏洪承畴班师回京。原来满清的皇太极也在密切关注中原局势，皇太极深知，如果明朝彻底解决李自成的起义军，之后就可以集中所有的力量来对抗清军，这是皇太极无论如何也不乐见的。所以皇太极在洪承畴绞杀李自成时，再一次从喜峰口攻破长城，兵临北京城下，崇祯只得命令洪承畴率主力回京救驾。随着洪承畴的离去，李自成以诈降计策逃出重围，之后杀入中原的勋阳一带建立新的根据地，并联合当时活动在湖北的张献忠继续与明军抗衡，洪承畴的努力再一次功亏一篑。

而当洪承畴抵达北京时，皇太极则在抢掠一番后主动撤离，洪承畴又一次扑了一个空。当李自成在中原坐大的消息传到北京时，洪承畴再一次请命趁李自成立足未稳之际率军征讨，崇祯也让洪承畴做前期准备工作。但辽东形势的恶化最终打乱了崇祯和洪承畴的全部计划。

公元1642年，皇太极发起了对大明最后一次大规模进攻，试图夺取明军在山海关以外所有的据点，主攻方向放在辽西走廊上的咽喉锦州，战略预想是利用围困锦州聚歼救援锦州的明军主力。

出于锦州战略位置的重要性，崇祯以洪承畴为救援锦州的总指挥，统率13万明军，并节制辽东地区所有的明军，结果在松山、锦州一线被皇太极截断粮道，最终全军覆没，洪承畴也被迫投降。

洪承畴的投降引起了明军内部的震动，与祖大寿不同，祖大寿是纯粹的军人，战败投降并不可耻，况且祖大寿本身就是辽东军阀，与大明没有多少感情，祖大寿的投降还算情有可原。而洪承畴则不同，洪承畴以进士出身，崇祯皇帝一路重用提拔，最终位至大学生（宰相级别）、兵部尚书，可谓是荣宠备至，崇祯对他更是有知遇之恩，没有人会相信洪承畴会投降，当时崇祯甚至都已经在北京为洪承畴开了追悼会，强烈表彰了洪承畴英勇就义的光荣事迹。

洪承畴投降事件在大明引起了很大的影响，此后明军将领和明朝官员以洪承畴为榜样开始了大规模投降运动。您洪大学士都降了，咱们这些阿猫阿狗还抵抗啥，这便是当时明军和明朝官员的普遍共识。

洪承畴投降皇太极后，为皇太极出谋划策，特别是满清入关后，洪承畴与满清摄政王多尔衮配合制定了先取李自成次取南明弘光政权再取张献忠的战略，在短短2年内消灭3大政治集团，建立满清在中原新的统治秩序。