天京事变使太平天国领导集团内部的矛盾和残暴暴露在世人面前，那些天国的子民们对洪秀全“上帝之子”的身份开始怀疑，“天国”的神话逐渐破灭。

随着安庆失守的消息传来，洪秀全已陷入了一种半疯狂状态。当李秀成劝他“让城别走”时，洪秀全大怒道：

“朕承上帝圣旨、天兄耶稣圣旨下凡，做天下万国独一真主，何惧之有？朕铁桶江山，尔不扶，有人扶！”

天京此时仅有一万多太平军，洪秀全明显是产生了幻觉：“朕的天兵多过于水，何惧曾妖者乎？”在最后关头，洪秀全精神彻底崩溃，天天呼唤神灵，乞求上天保佑。此时的天京被前所未有的恐慌情绪笼罩，“人妖鬼妖互相为患，殊令眠不贴席也。门以内则见妖见鬼，时时哄闹；门以外则拘奸缚盗，救火驱鬼，时时鼎沸。”

洪秀全是幸运的，在城破之前的两个月死了。临终前留下了最后一道诏书：

“大众安心，朕即上天堂，向天父天兄领到天兵，保固天京。”

1864年7月19日，天京失陷。湘军“见人即杀，见屋即烧”。湘军将整个天京城翻了个底朝天，从天王府的大殿内挖出了洪秀全的尸体。8月1日，曾国藩下达命令：“戮尸，举烈火而焚之！”就这样，洪秀全的尸体被砍为肉酱，又被烧成灰烬。

曾国藩和洪秀全是一对老冤家，他们有着不共戴天的仇恨。

拿下安庆之后，曾国藩兵分四路，第一路由曾国荃部直插南京城下，第二路由多隆阿先攻下庐州，再向南京方向合围；第三路由鲍超先攻下宁国，再进兵金陵；最后一路是安徽巡抚李续宜进军南京。

可是由于种种意外，曾国荃部到达雨花台时，其他三部均未就位，曾国荃成了一支孤军。李秀成率军十余万，号称六十万，迅速对曾国荃的孤军发起了猛攻。曾国荃只得写信向哥哥求救：“百叩求兄做主，迅赐厚援以救危局，切勿视为无可如何而不之救也。”

持续四十六天的雨花台大战，是曾国藩生命中最焦灼的四十六天。曾国藩在日记当中说：“接沅甫弟信，知伪忠王大股援贼扑金陵营垒。……深以为忧，寸心如焚。”

就在这个时候，江西巡抚沈葆桢又截留了湘军四万两军饷，曾国藩的日记中说：

“又因沈中丞奏截留江西漕折，银两每月少此四万，士卒更苦，焦虑无已。”

南京城外的战斗一天比一天激烈，曾国荃部“伤亡五千，将士皮肉几尽，军兴以来未有如此苦战也”。曾国荃攻坚战、偷城战、地道战全试了个遍，就是拿不下南京。这使得曾家兄弟的压力达到了顶点。

同治三年（1864）六月十六日，曾国荃终于利用地道，炸开了南京的大门。曾国藩得到消息后，“思前想后，喜惧悲欢，万端交集，竟夕不复成寐”。

没想到立下大功的曾氏兄弟，却被朝廷申饬了一通。同治发来上谕：

“该逆死党尚有万余，曾国荃于攻克外城时，即应一鼓作气，将伪城尽力攻拔，生擒首逆。……倘曾国荃骤胜而骄，令垂成之功或有中变，致稽时日，必惟曾国荃是问。”

七月十一日，朝廷又给曾国藩发下一道廷寄，追问天京财富下落。

曾家兄弟的湘军固然战斗力强，但抢起钱来也不含糊。据《能静居日记》记载：

“（城破时）兵士有一人得金七百两者。城中凡可取之物扫地以尽，不可取者皆毁之。坏垣斸地，至剖棺以求财物。”

据曾国藩的亲信赵烈文在日记中记载，城破之后，湘军抓来大量百姓指路、挖地窖，寻找财物。那些老弱妇孺多被杀死，哀号之声响彻全城。可见湘军中对太平天国的仇恨有多深。

曾国藩此时的处境也很微妙。一方面，他攻克天京，立下大功；另一方面，朝廷又猜忌他，他的士兵也不太守纪律。曾国藩熟读诗书，对历史上那些“兔死狗烹、鸟尽弓藏”之事熟悉得不能再熟悉，所以他必然要做出一个姿态，来表示他和太平天国的不共戴天，来表示他对清王朝的忠诚。

史书上关于洪秀全尸体处理的记载，只有“戮尸，举烈火而焚之”，并没有说还将烧过的骨灰放在大炮中轰上天，这也许是民间以讹传讹的传说吧。

曾国藩是靠剿灭太平军起家的，但是在与太平军战斗的十来年里，他吃了不少败仗，多次险些丧命，所以他对太平军的头子洪秀全的仇恨是必然的，这也是他少有的露出凶残人性一面的原因。

作为一个儒家的大圣，曾国藩心目中对“忠君爱国”这种思想根深蒂固。在他势力最大的时候，曾有人劝他自立，被曾国藩严辞拒绝。在他看来，造反就是十恶不赦的事，是违背他心中信念的事，洪秀全冒天下之大不韪，怎么样处置都不过分。

客观上来说，太平天国运动也不像有些人想的那样，是“反帝反封建”的先驱，这个问题早已有人论证过。洪秀全并不是什么好鸟，他的下场也是他咎由自取的。

1864年的曾国藩，置身在人生的关键节点，他的一言一行，很可能决定他和他的湘军的命运。所以聪明的曾国藩需要一场表演，让皇帝放心，给天下读书人出气，并警示那些仍然在抵抗的顽固分子。同时刨开天王府，挖出洪秀全的尸体，也是用行动和事实向皇帝解释，天京没有秘藏的财富，曾家兄弟也不曾发战争财，堵住那些别有用心之人的嘴巴。