历朝历代，地方官系统中既有正印官也有佐贰官，尽管他们的品级有别，但基本上都是起到了互相制约的作用。如宋代的知州和通判，不但是上下级关系，而且通判掌握了一定的权力，甚至可以与知州相抗衡。到了明代亦如此，佐贰官仍然具有很大的权限。不过，这种局面到了清代被完全颠覆了。

主官和佐贰官用通俗的话说就是一把手和二把手的区别，就好比现今的县委书记和县长的区分。知县就是一把手，县丞就是二把手。清代在佐贰官的设置上和历朝历代皆有不同，以县一级来看，全国共有1314个县，但设县丞的仅有411个。

在清代的县衙门里，佐贰官的地位和明代有着天壤之别，实际上处于很低微的地位，官方文献公开称他们为“闲曹”，也就是多余的官。按照《大清会典》的规定，县衙里的佐杂人员，可以分为三类：一是佐贰，主要有县丞（正八品）、主簿（正九品）；二是属员，有掌管狱政的典吏（未入流）、专驻某重要地点的巡检（从九品）；三是杂职官，包括管理邮传夫马的驿丞、征收商税的税课大使、看守粮仓的仓大使、看管水闸的闸官等。

根据乾隆时期官修的《清朝通典》统计，除典吏、巡检及教职人员（教谕、训导）基本上为每个县常设外，全国县丞仅有411个，主簿仅有96个。

从理论上讲，县丞是一县的二把手，被称为“二尹”或“左堂”（因其在官衙的左厅主持政务），主簿被称为“三尹”。当正印官及知县出缺或因公外出时，县丞、主簿可以署理其事，代行其政。

然而事实上并非如此，清代的县丞、主簿即便是在知县出缺或外出办差时，也不能署理知县的事务。他们即不能上堂审案也不能发号施令。比如知县出缺，县丞、主簿无权履行知县的职责，必须由上级领导派人来署理知县事，一直到新任知县上任为止。

从清代县政的实际运行来看，县丞和主簿更像是某种专责的官员，即当某个县事务繁重时，为了减轻知县压力而设置县丞、主簿。这种具有某种专门职能的县丞、主簿都建有自己的衙署，实际上独立运行。而县丞、主簿加起来，也不足全国县数的三分之一，这说明在清代县制中，知县的权力属于专属，因此有人称其为“一人政府”。

由于佐杂人员的设置严重缺额，也影响到州县具体职责的履行。乾隆二十九年，刑部因各省秋审（在京城于秋季举行的复审各省死刑案件）届期，规定各州县酌量人犯数目，押犯赴审。但这项规定遭到了各省督抚的质疑。

如浙江巡抚熊学鹏就指出，因各省州县佐杂人员多寡不一，如果一概照此办法做，佐杂少的州县会因人员不足而耽误事情。刑部最终采纳了这一建议，规定一县之内，如果设立典吏、县丞、主簿、巡检的，按期将犯人押解进京，而没有佐贰人员的州县，可以给予延期。

最能说明清代佐杂官地位卑微的，是他们常常因收入太少，解任后连家乡都回不了。在康熙帝统治的晚年，经常发生各州县佐杂人员，革职、解任或身故后，因无钱回籍而羁留他乡，甚至会有全家死亡的事。为此皇帝下令各省督抚，设法帮助这些佐杂人员解职后能够回到原籍。但类似的事情经常发生，因而直到乾隆时期才做出规定，佐杂人员穷苦不能回籍的，由该省督抚在公项银中赏给还乡路费。

佐杂官员在县政中的这种卑微地位，是理解清代基层行政组织实际运行的关键所在。由于佐杂官员的职责很多时候是不确定的，除了他们的职衔前加上某种特定的差事外，大多处于闲置状态，因此才有所谓的“冗官”之称。法律上也不允许他们处理案件、征收赋税，他们的权力甚至还不如衙门的书吏。

这些被纳入国家行政系统的佐杂官员不能发挥作用，或者在法律上不赋予他们一定的职责，而将千头万绪、冗杂繁多的政务全部交给知县一人，而后者又分身乏术，只好建立自己的私人班底，并让他们介入县衙的行政事务。这种制度上的不合理所带来的弊端，无疑成为了清王朝加速灭亡的催化剂了。