清入关后统一中原后，在行政体制上基本沿袭了明代，实行行省制。同时，清政府为了更好地管理边疆少数民族，在云贵等地推行土司制，在蒙古地区实行盟旗、扎萨克制，自乾隆二十三年（1758）年统一新疆后，在新疆地区又形成了一套特有的行政管理体制——军府制度。

一、军府制度的建立

为了维护国家的安定统一，在扫清内部矛盾后，自康熙中叶开始大力经营西北。康熙二十九年（1690），清廷拉开了同准噶尔部统一战争的序幕。此后，历经三朝，耗时六十余年，终于在乾隆二十三年（1758）取得了决定性胜利。次年，清军乘胜进军南疆，平定了大小和卓之乱，安定西陲的大业宣告完成。

新疆的重新统一，对清代西北边疆乃至中国疆域的历史进程产生了深远的影响，这是清代统一多民族国家发展史上的重要成就之一，不但结束了新疆地区自元末以来绵延数百年的割据状态，也使得新疆这一广袤地区成为中央政府的管辖之下。

统一新疆后，乾隆皇帝对善后经营表现出了极大的关注。他一再要求有关官员要站在“西北塞防乃国家根本”的高度，立足久远，妥善策划，即所谓“伊犁既归版章，久安善后之图要焉，已定者讵岂宜复失。”

乾隆帝经过慎重的考虑，经过反复的商讨，最终确定了治理新疆的大政方针：政治上设官分职；军事上驻扎大军；经济上屯垦开发、以边养边。而上述方针在政治上、军事上的具体实施，即建立军府制度。

乾隆二十七年（1762）十月，清政府正式宣布在新疆设立总统伊犁等处将军，简称“伊犁将军”，为新疆最高军事、行政长官，驻节伊犁惠远城，代表清政府总揽南北疆各项军政事务。

作为军政合一的全疆行政管理体制，军府制度的职能包括军务与民政两大方面。从施政内容来看，涉及政治、军事、经济、财政、人事、司法、外交各个方面；从施政方式来看，军事事务多有各级军政大臣直接掌管，民政事务则在军政大臣主持或监督下，交由各地民政官员具体办理。

军府制度从主要职能上具体可分为七个方面：

1、统率驻军、保持武备；

2、考察官吏，定其升迁；

3、屯田置牧、组织生产；

4、核征赋税、奏调经费；

5、管理台卡、巡边守土；

6、办理王公入觐事务及藩属事务；

7、处理对外事务。

二、军府制度的组织管理系统

乾隆二十七年十月，明瑞被授予首任伊犁将军。伊犁将军之下，设参赞大臣、领队大臣、都统等职，分驻天山南北各地，管理本地军政事务。根据形势和治理需要，各级军政长官的分设在不同时期又有不同的变化。到了乾隆末年，新疆军政大臣建制基本定型。新疆各级军政大臣的建置大体上遵循以下原则：

其一、官员北重南轻，军政重心在北疆；

其二、将全疆分为三大地理单元，北路伊塔地区归伊犁将军直辖，南路八城和东路乌鲁木齐地区分别由喀什噶尔参赞大臣和乌鲁木齐都统分别综理，听伊犁将军节制；

其三、视地方之冲要繁难程度，分别派驻不同级别的军政官员，战略要区委以都统、参赞大臣，其余各城，大者派驻办事大臣，以协办大臣辅佐，小者派驻领队大臣。

清廷对新疆的地方、民族特点，实行因俗施治，因地制宜，分别建立起三种不同的民政管理系统，即：

1、州县制度，主要施行于北疆各地及东疆内地移居人口较多地区；

2、伯克制度，“伯克”本意为首领。伯克制为新疆固有的政治制度，清政府统一天山南北后，对南疆各城和北疆伊犁维吾尔聚居区因俗而治，在沿用其制的同时加以改造，使伯克制度成为清廷在当时的一种地方官制；

3、扎萨克制，施行于新疆的卫拉特蒙古诸部落，是清廷在漠南、漠北蒙古各部广泛实行的一种行政管理体制。蒙古部众编旗设佐，每旗设扎萨克一人总管，一旗或数旗合为一盟，设立盟长。扎萨克可以世袭，对所辖本部事务有充分的自主权，但必须经清廷任命，并服从理藩院的各项政令。

在军事驻防方面，清廷从镇边守土的目的出发，从全国各地抽调满洲、蒙古八旗及绿营进疆驻守。驻军配置于天山南北，由各处军政大臣统率而总辖于伊犁将军，形成广大有序的全疆军事驻防系统。

三、军府制度的功绩与局限

清廷采用军府制度管理新疆，这在历史上也并非是首创。汉代的西域都护府，唐代的安西、北庭都护府都属于这一类型。清廷在新疆建立的军府制度，结合当时的实际条件，吸取并发展前代的有效经验，取得了很大的成功。

首先，清代新疆军府制度在组织结构上以伊犁将军和各级军政大臣直接统辖全疆民政、军事管理系统，一改以往地方行政建制中的相互掣肘，在更高程度上达到了政令的统一，有利于中央政府对这一地区的统筹管理。

其次，在管理职能上，军府制度比前代都护府承担了更为广泛全面的行政职责，大大提高了地方民政事务在职能中所占的比重，将经营治理的注意力从军事方面更多地转向政治治理和经济开发。

再次，设置大员与派驻大军相结合，提高了地方捍卫国家领土、防范外敌侵扰、稳定巩固统一局面的能力。这对于地处边疆、多民族聚居又值统一之初、百废待兴的新疆，是至关重要的。

但是，这种军政合一的管理方式毕竟不是完全意义上的地方行政管理制度，与行省州县体制相比，尚处在较低的层次，其历史局限性也较为突出。

其一，管理体制层次重叠和事权多样化。清廷一方面规定，伊犁将军为全疆最高军政长官，总揽各项事务，同时又命陕甘总督节制乌鲁木齐以东地区，分其权责，相互牵制。

军府体制内部隶属关系也十分复杂，喀什噶尔参赞大臣于乌鲁木齐都统都受伊犁将军节制，分理南路、东路，主政行事有很大的独立性；各城大臣统理地方而不直接理民，民政事务交州县、伯克、扎萨克三种民政系统分别办理，但奏请上报之权握于大臣之手；将军、都统与参赞大臣、办事大臣品秩不相上下。凡此种种，造成管理上头绪纷繁，职权分工不清，遇事推诿，彼此掣肘。

其二、官员结构偏重武职，职掌重心偏于军事，治民之官少。将军、都统、参赞大臣、办事大臣等重要官员都是以武职管辖地方、过问民事。这些大员大多来自军旅，很难适应地方施政和开发建设的需要。嘉、道以后，承平日久，选官多用宗室、侍卫及满员，素质日趋低下，地方政事日益败坏。

其三、地方民政因俗施治，导致各地治理程度参差不齐。南疆各地沿用伯克制，虽然废除了世袭规定，但因驻扎大臣不直接理民，王公伯克实际上拥有很大的统治权力，他们借官府之势，巧取豪夺，破坏了南疆的社会生产力，激化了清政府与维吾尔人之间的矛盾。道光、咸丰以降，伯克制度已成为南疆社会发展的主要障碍。

清廷治理新疆前期推行的军府制度，保证了乾隆中叶以后新疆地区长达百年的安定。但随着清王朝国力的下降、外患内乱迭起，军府制度自身弱点明显。在经过半个多世纪的讨论与政治、军事实践，终于在光绪十年（1884）废除军府制度，走出了建立行省的决定性一步。