一提到民国军阀，很多人第一反应是“北洋”，然而凡事都有例外，比如在网上臭名昭著，称霸甘青宁三省近百年的马家军就出自湘军，而且还是左宗棠一手扶起来的。

17世纪，伊斯兰教的苏菲教派传入中国，与西北封建势力相结合，形成了回民特有的“门宦”制度。在门宦制度之下，每个门宦的教主对信众都有着生杀予夺的权力，俨然一方土皇帝，所以自乾隆末年起，西北的叛乱屡禁不止。

到了清朝末年，太平天国之乱使得清政府对西北的控制松弛，在同治元年，陕西的宗教领袖率先发动叛乱，随后甘肃的宗教领袖也闻风而动。清廷急令在南方与太平军鏖战的八旗悍将多隆阿领兵北上。

叛军多为裹挟的农民，战斗力根本无法与太平军相提并论，在多隆阿的打击之下迅速溃败，纷纷逃往邻省的甘肃。多隆阿掀起了清政府平定陕甘叛乱的第一波高潮，也为日后左宗棠经营西北打下了坚实的基础，然而却在追敌中不幸身中流矢，不治身亡。

接替多隆阿的是他的副手穆图善，与多隆阿的强力镇压不同，穆图善力主招抚，导致叛乱死灰复燃，这就是左大帅率领老湘军进陕甘平乱的历史背景。与多隆阿的斩草除根、穆图善的消极妥协不同，左宗棠采取了剿抚并重的策略。

扫清陕西的余孽后，左宗棠需要面对的甘肃叛军主要有四股：“甘肃（民国以前甘肃包含宁夏、青海）自宁夏发难，踵而兴者，马化龙反灵州，马桂源反西宁，马文禄反肃州，马占鳌反河州。”

这四人中以马化龙和马桂源实力最为强大。马化龙人不仅“富甲一郡，捐有武职”，而且还是新教教主。利用教主身份，马化龙广泛地发动信徒，使得他的老巢金积堡十余年来一直是甘肃叛乱的中心。

西宁的马桂源是老教教主，华门寺门宦创始人马来迟的四世孙，宗教威望极高，但年纪轻，缺乏政治和军事经验，且无坚定的反清意志。马文禄和马占鳌实力则逊色很多，最重要的是没有世袭的宗教职位。

清政府始终奉行着乾隆制定的“以穆治穆”的策略，不过左宗棠敏锐地意识到西北民族问题失败的根源就是只单纯地笼络了宗教领袖，却没有摧毁背后的门宦制度。教主对百姓的控制超过官府，社会矛盾一旦激化，必然产生叛乱。

针对这种情况，左宗棠首先调集重兵，对马化龙施以重手。清军攻陷金积堡后，左宗棠凌迟处死马化龙父子，斩首其父兄子侄八十余口，全家妇孺发配充军，一万名信徒全部被迁徙至“苦甲天下”的固原等地安插。

看到马化龙一门的惨剧，甘肃叛军首领们各个心急如焚，河州的马占鳌最先动了投降的念头。在太子寺一战中，马占鳌和其副手马海宴出奇制胜，击毙清军主帅傅先宗、徐文秀，斩首将佐140余人，制造了左宗棠生平最大败绩。

清军全线溃败，然而马占鳌并没有乘胜追击，而是派儿子马安良到清军大营负荆请罪。马占鳌此举正中左宗棠下怀，河州叛军随即进入湘军系统，被编为“马旗三队”。

成为清军的中旗督带后，马占鳌立刻投入到平乱之中，并在西宁城破后，成功诱捕了以马桂源为首的十三名老教首领。为了掩盖当初叛乱串联的秘密，马占鳌将他们毒哑熏瞎，挑断手筋脚筋，送往兰州请功。

左宗棠扶植马占鳌为代理人，原本世袭的教权被强行地插入了一股依附与官府的政治军事力量。马占鳌及其子马安良依靠清政府的力量，对宗教势力进行了长达20余年的打压，最终让军权、政权后来居上，架乎教权之上。

在这个过程中，随着清王朝的衰败，西北马家军逐步崛起，最终在民国时期成为割据一方的大军阀。不过他们也清醒地知道自己的统治合法性来自中央政府的任命，一旦背叛中央或是接受日军的策反，教权势力会立刻反扑，所以说抗战时西北没有像东北、内蒙一样出现分裂势力，在一定程度上也要感谢左大帅的深谋远虑。