清朝时期，蒙古地区大体可以分为三个主要部分：漠南蒙古、漠北蒙古以及漠西蒙古。漠南蒙古大致对应今天的内蒙古大部分地区，这里地势较为平缓，草场丰茂，水源充足，物产丰富，是蒙古各地中人口最为密集的区域。清朝在扩张过程中，最早纳入版图的正是这一地区。漠北蒙古则大致与今日的外蒙古相重合，这里由于地处更高纬度，北接寒冷的西伯利亚，气候环境相对恶劣，当时主要由喀尔喀三部控制。而漠西蒙古则是卫拉特四部的聚居地，在当时的草原格局中同样占有重要地位。

在清军尚未入关之时，作为东北地区崛起的后金政权，便已与蒙古势力展开激烈角逐。努尔哈赤去世后，其继任者皇太极继续推行扩张战略，最终彻底击败了蒙古末代大汗林丹汗，从而控制了整个漠南蒙古。此举不但消除了来自西部的最大威胁，还使得清朝军事实力和战略纵深大幅提升。1644年清军能够倾巢而出，进入中原，最终建立统一的王朝，与漠南蒙古的征服密切相关。一方面，大量蒙古骑兵成为清军的重要助力；另一方面，失去了草原威胁，清廷才敢放心调动主力南下。

漠北蒙古即喀尔喀三部的势力范围，虽然在皇太极时期他们曾象征性地进贡“九白之贡”，形式上臣服于清朝，但实际上仍然各自为政，并未真正纳入清廷统治。直到康熙年间，西域的卫拉特在噶尔丹的率领下崛起，建立了强盛的准噶尔汗国。噶尔丹怀有统一蒙古的野心，率军进攻漠北，以强大的武力击溃喀尔喀三部，使其陷入危局。在存亡关头，喀尔喀贵族们不得不向清朝求援。康熙皇帝借此良机，采取军事威慑与利益笼络并行的手段，逐步压制了喀尔喀势力。1691年，多伦诺尔会盟正式确立喀尔喀三部臣服，外蒙古自此并入清朝版图。

然而，即便外蒙古名义上臣服，仍长期保持一定的离心倾向。很多人会疑问：既然存在隐患，为何清朝不将外蒙古彻底拆分？其实，清廷的治理方式别具深意。其在蒙古地区实行“众建以分其势”的政策，也就是在漠北各部之间多设扎萨克，使其互不统属，从根本上杜绝了再度形成统一大势力的可能。这种分而治之的策略在清代整体是成功的，喀尔喀虽有过小规模兵变，但始终未能对中原构成根本威胁。

不过，这种管理方式也留下了隐患。清廷严格保持汉蒙分治，导致蒙古地区在数百年间未能与中原社会深度融合。语言、文字、生活习俗的差异被长期保留下来。在强盛之时，这些隔阂并不会显露明显问题，但一旦王朝衰弱，便很容易滋生离心倾向。清末局势更为复杂：一方面，王朝内部积弊累积；另一方面，外部列强尤其是沙俄不断染指蒙古地区。实际上，自康熙时期起，沙俄便逐渐渗透外蒙古。清中期喀尔喀的多次动乱背后，几乎都可见沙俄的影子。到了清末，沙俄更是公开伸手，干预草原事务。

清王朝覆灭后，中央政权对蒙古的掌控日益削弱。在俄国及其继任者苏联的支持下，外蒙古逐渐走上事实上的分离道路。二战结束之际，在苏联的主导下，外蒙古彻底脱离中国版图。由此可见，外蒙古的分裂并非单纯因为清廷是否拆分其部族，而是与中央政权的盛衰紧密相关。一旦中央失去对边疆的有效控制，加之外部势力推波助澜，分裂几乎不可避免。

综上，清朝时期蒙古地区的纳入与治理，是王朝兴盛的重要支撑；但由于“分而治之”的政策在维稳的同时也加深了隔阂，加之外部列强的干涉，终在清末民初埋下了外蒙古最终分离的伏笔。