随着统一女真事业的发展,统治权力逐渐扩大和集中,努尔哈赤统治集团内部发生了权力冲突和意见分歧,产生了一股分裂的势力。努尔哈赤的弟弟舒尔哈齐,看到其兄努尔哈赤的权势不断扩张,心中十分不满,进行反对统一的分裂活动。
万历三十五年(1607年)三月,努尔哈赤命舒尔哈齐率军取乌拉部所属东海瓦尔喀部斐优城,他阳奉阴违,在乌碣岩战斗中,不积极指挥,“人止山下”,“未能多所斩获”。战斗结束,他回到赫图阿拉,努尔哈赤斥责他“临阵退缩,时有怨言,自此“不遣舒尔哈齐将兵”,削其兵权。不久,努尔哈赤要他派部众服役筑城,他却叫“部下不赴工”,而自己要另建一城。 万历三十七年(1609年)一月,舒尔哈齐与长子阿尔通阿、二子阿敏三子札萨克图密谋,企图投靠明朝和叶赫,于是移居黑扯木自立。二月努尔哈赤得知后大怒,严加指责,劝其归来,可是他不听劝告。三月努尔哈赤断然没收了舒尔哈齐的全部财产,杀了他的两个儿子阿尔通阿、札萨克图,又把他的部将武尔坤吊在树上烧死。舒尔哈齐感到自身难保,便向努尔哈赤自责说:¨兄汗优养恩深,还妄想去别的地方住我确实是错了。”努尔哈赤念其手足之情,将没收的所有财产全部归还,可是舒尔哈齐并不感恩,相反耿耿于怀。 因此,努尔哈赤将他幽禁,万历三十九年(1611年)八月十九日他在禁所忧恨而死。 此外,努尔哈赤的长子褚英,是权力欲极强的人,时刻都想寻机夺取父权。万历四十年(1612年)六月,努尔哈赤想让褚英作为自己的继承人,便委政于他。可是褚英得寸进尺,企图集权于一身,他背着父亲努尔哈赤挑唆“五大臣互不和睦”,而且胁迫四个弟弟对天发誓:“不违抗长兄的话,什么话也不告诉汗。” 还扬言父亲死后,要把父亲分给弟弟们的财产重新分配。“再有和我关系不好的弟弟,和我不好的大臣们,在我称汘后就杀掉”。因此,四弟、五大臣联合向努尔哈赤报告了上述情况,努尔哈赤严厉地训斥禇英,不要他执掌大政,两次往征乌拉部不让他去。然而禇英并没有接受教训,改正错误,他却联合部将企图杀害努尔哈赤,进行武力夺权,一是写诅咒父亲、诸弟、五大臣的咒语对天地焚烧,咒他们早死;二是决定如果出征乌拉的父亲和诸贝勒大臣打败归来,拒绝他们入城,将其置于死地。 努尔哈赤获胜归来后,得知禇英的恶毒阴谋,非常气愤,便将褚英逮捕审问,他供认不讳。于是努尔哈赤把褚英监禁起来,可是褚英认为以上行径不是自己的过错,毫无悔改的意愿。努尔哈赤经过三年的深思熟虑,最后认为“长子的存在,会败坏国家”,于万历四十三年(1615年)将他处死。到了万历四十四年(1616年)正月,努尔哈赤在以上政权建设的基础上,并清除了內部的分裂势力,认为“帝业已成”,遂称汗登位,建立“大金”(史称后金),改元天命,建都赫图阿拉城,从此成为与明王朝中央政府相对抗的地方割据政权。