北府兵打破了东晋朝局的微妙平衡 南朝历史上第一支真正强悍的军队，至少在战斗力上，非北府兵莫属。 公元376年，掌控东晋朝政的权臣谢安委任亲族谢玄统领长江以北的全部军务，并赋予他招募兵马、组建新军的全权。谢玄将目光锁定于北方流民家族，这些流民多沿长江两岸落居，在距离建康不远的京口、广陵和晋陵等地聚集。 谢玄的招兵计划显然成效显著。到了383年，当苻坚率大军南下时，北府兵已壮大至八万人之众，这支队伍在击败北方侵略者的淝水之战中发挥了决定性的作用。 北府兵在淝水之战中创造了以少胜多的传奇，也奠定了他们作为东晋核心军事力量的地位。进入5世纪，他们在内战以及平定孙恩、卢循起义中仍屡建奇功。刘宋开国皇帝刘裕，正是借助掌控北府兵的权力逐步踏上权力巅峰。然而，到450年刘宋北伐北魏时，这支锐不可当的军队已几乎从南朝军队中消失。 北府兵衰落的原因，多半是战事消耗惨重，难以再度重建。尤其值得注意的是，他们最初依赖北方流民招募，而此后北方再无大量流民涌入，兵源自然枯竭。关于北府兵的招募模式，也存在学术争议——究竟是自愿应募还是官方强制？若是自愿应募，则表明这种招兵方式在军事效能上超过传统兵户制度，也为南朝日后的新型军事体制提供了启示。 更复杂的是，这些兵士是否被世代从军，以及他们在加入北府兵前后的身份界定，同样存在历史争议。创建这样一支强军，速度之快、难度之高，令人费解。尤其在东晋初立建康之际，朝廷意图建立一支可靠军队，却面临重重障碍。 公元370年代末，苻坚的北方帝国威胁逼近，聚居京口附近的北方流民首领选择与东晋合作。这种合作空前深厚。与此同时，东晋已建立起侨置县、郡、州的行政体系，以安置北方人才。流民首领被任命为县令、郡守，并因民政管理机构兼作军府——所谓北府，正式纳入军事体制。

这些流民首领各自拥有世袭家兵部曲。换言之，到公元370年代，和谢氏关系密切的北方流民首领，已能通过招募中层将吏迅速组建精锐军队，而这些中层将吏往往自带部下。中叶汉水流域也出现类似情况，但受益者更多是地方军事强人，如桓温及其继承人，而非建康中央。 385年谢安去世，晋孝武帝司马曜之弟、晋安帝司马德宗的叔父司马道子掌握实权。他与儿子司马元显试图控制各州刺史，强化中央权威。然而，随着建康政坛风云变幻，北府兵已不再是中央可靠的依靠，而逐渐成为潜在威胁。 按照东晋惯例，刺史兼任都督，掌握数州军政大权。这一制度在面对北方威胁时极具实用性，但同样让朝廷对刺史形成依赖。谢安、谢玄时期，这种安排尚属可控；到4世纪末，中央与军中已断裂。 长江中游掌握在桓玄手中，其父桓温曾是北方流民首领，掌握荆州刺史之位，成功收复四川并两次北伐。桓温的兵源来自汉水流域广大的北方流民侨居地，这里也是南朝少数适宜养马之地。他将军事实力传给儿子桓玄。 长江下游军事力量则掌握在王恭手中。王恭是晋孝武皇后的兄长，身兼兖、青二州刺史，驻节京口，对北府兵有直接指挥权。王恭与司马道子关系紧张，397年以军威迫使司马道子处死党羽。司马道子反击，王恭于398年七月进兵建康，最终因刘牢之叛变而失败，兵败身死。 399年，司马元显为减少对北府兵依赖，命令征募私人奴婢及农耕宾客组建军队。这一政策激怒了奴婢宾客，也触动南方豪族利益，引发杭州湾南岸的孙恩起义。孙恩出身北方世家，信仰天师道，迅速聚集十余万信众，占据杭州湾和太湖八郡。北府兵将领刘牢之被派镇压，双方展开拉锯战。402年春，孙恩战败并自杀。 这场战事显示了北府兵在水上作战中的重要性。刘裕在镇压孙恩起义中初露锋芒，他是刘牢之的副将。孙恩残部南下广州后被招抚，授予刺史。 同年，司马元显与刘牢之准备出兵征讨桓玄。桓玄趁东晋因孙恩起义忙碌，控制长江中上游地区。二月，他沿长江直取寻阳，刘牢之叛投桓玄，北府兵助其轻取建康。桓玄入京后诛杀司马元显，削夺刘牢之兵权，迫其自杀。

403年底，桓玄自立为楚帝，北府兵旧部拒绝效忠。404年，刘裕从前北府兵副将手中起兵京口，进军建康。刘裕得到北府兵大力支持，桓玄退回江陵，重新举兵沿长江而下。双方在湖北鄂城峥嵘洲展开决战，刘裕主将刘毅利用水上优势纵火焚毁桓玄战船，桓玄溃败并被同党杀害。晋安帝复位，但实权已落入刘裕手中。 刘裕稳固权力后，北伐北方，但在此之前不得不两次征战南方。410年，前义军首领卢循趁北伐之机进攻建康，刘裕从北方急速回师，大败卢循至今越北部，卢循最终阵亡。412年，刘裕进攻江陵，平定刘毅自专之势力。420年，晋安帝去世，刘裕最终称帝，开创刘宋。 刘宋建立后，为防重蹈东晋末年分裂覆辙，刘裕将亲族任刺史都督，如派子女驻守荆州、江州等长江上游要地。初期运作良好，宋文帝三十年在位，南朝迎来罕见和平。 453年，宋文帝被太子刘劭弑杀，引发内乱。刘骏击败篡位者登基，又因调动叔父刺史而引发新一轮内斗，最终胜者控制范围有限。宋明帝继位，内乱不断，最终手中仅能稳握一郡。继任者仍频繁内斗，典签制度虽为监控诸王之策，却难以有效施行。 477—478年，萧道成激战长江中游，消灭荆州刺史沈攸之，479年称帝，建立南齐。南齐寿命短暂，江山稳固性并不高。萧道成及继任者仍沿用刘宋制度，但实效有限。498年，萧宝卷继位，政局混乱，雍州刺史萧衍举兵，部下纷纷归附，500年底入建康，502年建梁朝，开创五十五年盛世。 梁武帝萧衍在位期间，三次舍身为奴赎身，虽个性独特，却创造南朝最长久的和平时期。548年，侯景作乱，攻陷建康，自立为帝，但因地方豪族反抗而失败。侯景死后，陈霸先统一南方，建立陈朝，疆域大幅缩小，直至589年被隋朝消灭。 纵观南朝军事历史，可见兴亡皆系用兵征战。南朝内乱多发生于建康及长江下游掌权者与中游重镇刺史之间的争夺。长江成为交通和战略要道，决定性战役多在水上进行。 此外，出身低微的武将逐步攀至建康权力顶峰。宋、齐、陈开国皇帝大多出身庶族武人，一旦掌权，往往重用同类掌握朝廷要职。这一变化与东晋显赫士族垄断官职形成鲜明对比。

东晋高门士族虽掌握军权，却少有尚武之风。桓温虽号令部下、英姿勃发，却从未亲临阵前。士族精英视其为新贵武人，而非典型榜样。桓温虽善用儒家仁政、博闻强记、清谈风范赢得尊重，但其本质仍是以武立威，而非士族理想中的全才。