很多人常常被野史传奇和小说的描写所迷惑，误以为秦叔宝是唐太宗李世民的心腹重臣，甚至把他和尉迟敬德并列成了家喻户晓的门神。然而，事实远比这些传说复杂得多。秦叔宝与李世民之间的关系，并不像传说中那般亲密，甚至可以说，从某种角度上，他根本不能算是李世民的人。

秦叔宝原本是隋朝的基层军官，曾在隋将来护儿、张须陀等部下效力。隋末天下大乱之时，秦叔宝投奔了瓦岗军首领李密。然而，瓦岗军最终败落，秦叔宝不得已转投王世充麾下。王世充对这些从瓦岗军过来的将领并不信任，甚至有些把他们当作前线的炮灰。最终，秦叔宝在战场上与程知节等人倒戈，率部归附了李渊。需要注意的是，秦叔宝最初投靠的，是李渊，而非李世民！这一选择，也为他后来的人生轨迹埋下了重要伏笔。

投靠李渊之后，秦叔宝被安排在李世民麾下，随李世民征战沙场。然而，他与李世民之间的关系并不如外界想象的亲密。秦叔宝心中真正认定的老板，是李渊。之所以服从李世民，只因李世民是自己老板的儿子。李渊对此更是心知肚明，他经常越过李世民直接笼络秦叔宝。史书记载，秦叔宝在美良川击败尚未降唐的尉迟敬德之后，李渊亲自赏赐他丰厚的物品，并深情地说：你不顾妻儿远道投奔我，如今又立下大功，我的肉都可以割给你吃，更何况是赏赐仆婢和财帛呢。如此夸张的表述，让秦叔宝怎能不心甘情愿地效忠于李渊？

不久之后，李渊任命秦叔宝为秦王府右三统军。在灭掉宋金刚后，李渊再次重赏秦叔宝，赠予黄金百斤、杂彩六千段，并封为上柱国。大破窦建德后，又封为翼国公，并赐黄金百斤、帛七千段。这些奖赏，全都越过了李世民，直接由李渊下令。换作任何人，如果处在秦叔宝的位置，面对老板李渊的厚待与李世民前途未卜的局面，又怎可能轻易放弃李渊？

换句话说，秦叔宝虽然名义上在李世民麾下，但实际上真正的老板一直是李渊。从某种意义上，他甚至可以被视作李渊安置在李世民帐下的掺沙子，既牵制又监视这个心高气傲的儿子。李渊虽然给予李世民部分兵权，但从未完全放心他。像李孝恭、李靖、秦叔宝这样的人，更多的是与李世民合作，而真正的指令源头，始终是李渊。

时间推进到武德九年，秦王李世民决定冒险发动玄武门之变。按理说，秦叔宝作为李世民的下属，应当义无反顾地参与。然而，他却迟疑了。作为李世民的部将，他必须听令；作为李渊的人，他又不愿意卷入两兄弟的争斗，更不想危及老板。尽管李世民曾提前向他示意，但秦叔宝最终采取了消极怠工的态度，虽参与行动，却不如尉迟敬德那般拼命。这也使得他在贞观年间沦为功绩平平的三流人物。

玄武门之变之后，李世民按功劳封赏，秦叔宝被授予左武卫大将军，食实封七百户；而尉迟敬德则获封食实户一千三百户，几乎是秦叔宝的两倍。尉迟敬德甚至还获得李元吉齐王府及其家产。可见，李世民对秦叔宝的态度，不过是象征性地走过场，因为秦叔宝当年在玄武门之变中态度暧昧，功劳自然难以完全兑现。

再后来，贞观十七年，李世民设凌烟阁功臣像，将开国功臣按功劳大小供奉。曾战功赫赫的秦叔宝，竟被排在最后一位。此时，他已去世五年，但李世民对其玄武门中的暧昧心态，仍未完全释怀。从贞观十三年李世民为秦叔宝更换爵号，将翼国公改为胡国公，也可窥见端倪——在隋唐时期，胡字含义明确，不言自明。

秦叔宝虽为武人，却并不愚蠢。他心知新老板李世民不待见自己，于是索性自退休。贞观年间，他以旧伤复发为由，长期在家养病，在政治事务中保持低调，只在必要时露面。正因如此，他最终得以善终，于贞观十二年寿终正寝。死后，李世民追赠其徐州都督，并陪葬昭陵，可算是对秦叔宝的一种盖棺定论：既承认其功劳，也未忘记玄武门之变中的那份暧昧与保留。