东西二晋的二个晋太祖，其实是历史巧妙编排下的产物。一个出现在公元266年，由司马炎创立的西晋，他追尊父亲司马昭为晋太祖，但在太庙中仍是虚位；另一个则出现在东晋，即晋安帝司马德宗义熙九年（公元413年），当时的实际掌权者刘裕联手大司马琅琊王司马德文，将宣帝司马懿确立为太祖。

东晋为什么会做出如此安排？只要翻看晋朝君王世系图，就能找到答案。东西晋的起点实际上是司马懿，如果仅以司马懿的儿子为太祖，那么其余兄弟便只能被视作庶支，东晋的君主们自然无法坐上皇位，这是他们无法接受的历史现实，因此不得不重新定义太祖。至于为何要拖到末代皇帝时才实行，更深层的原因则在于二晋混乱不清的太庙制度。

追溯两汉时期的太庙制度，可见其起点极为原始。西汉开国皇帝刘邦出身草莽，其麾下多为亡命之徒，礼法素养有限，宗庙制度的建立几乎完全依赖少数文化水平较高的文官推动。《礼记》中明确记载：天子七庙，三昭三穆，与大祖之庙而七。诸侯五庙，二昭二穆，与大祖之庙而五。大夫三庙，一昭一穆，与大祖之庙而三。士一庙。庶人祭于寝。最初所谓天子七庙，确实指七座皇帝庙，每位皇帝死后便单独建庙，甚至生前便建于城内，可视为另一种形式的墓地。

至汉文帝时期，长安城内已建三座庙：太上皇庙、高祖庙与惠帝庙。城池本就不大，加上庙宇占地广阔，汉文帝便改了旧制，不再在都城内设宗庙，而将庙迁至各自陵旁，从此形成陵寝与庙相距虽近却界限清晰的陵庙模式。

到了东汉，问题又出现了。东汉都城迁至洛阳，而西汉都城在长安，西汉皇帝的庙宇都依附陵寝。东汉皇帝为了彰显自身正统性，必须定期回长安祭祀西汉十一位皇帝的皇陵。光武帝尚能辛苦应对，但汉明帝显然不愿重复这种繁琐行程，于是他将长安高祖刘邦的高庙迁至洛阳，并将其他西汉皇帝神位置于高庙内分室陈列，既节省时间，又能一次祭祀多位祖先。为了彰显东汉与西汉的衔接，刘秀被安置在高庙旁，建光武帝庙为世祖庙，自此东汉皇帝死后无需再新建庙宇，统一进入世祖庙祭祀。这便是后世沿袭的同堂异室制度。

晋朝的太庙制度则在魏嘉平二年（250年）初现端倪。司马氏在洛阳建立了自身宗庙，即卿大夫的三庙。魏元帝景元四年（263年），司马昭进爵晋公，次年又进爵为王，司马氏宗庙庙数随之增至五庙，初步形成系统。然而，太祖之位仍是空白。司马炎代魏建立晋朝后，意欲追尊父司马昭为太祖，这便触及太庙制度的禁忌：太祖是太庙神位的起点，之前不应有他人神位。若要立司马昭为太祖，前五人便必须迁出。

太庙神位的迁出迁入有严格制度，必须按序进行：若要迁出豫章府君司马量，便必须先安置其他神位，而下一个可安置者正是司马炎自己。司马炎深知生前难以完成尊父为太祖的壮举，于是采取二手策略：一是暂不确定太祖，二是叮嘱子孙到司马昭时正式确立太祖。司马炎称帝后，设立七庙，《晋书》记载：追祭征西将军、豫章府君、颖川府君，京兆府君，与宣皇帝、景皇帝、文皇帝为三昭三穆。是时宣皇未升，太祖虚位，所以祠六世，与景帝为七庙，其礼据王肃说也。

景帝司马师能进入太庙，既因其为宣帝嫡子，更因其在晋国建立过程中的关键作用。当时文帝武帝之子司马攸被过继给司马师，使得皇位继承曾多次出现争端，可见景帝虽已去世，但其权势影响仍在。

西晋终究灭亡。公元317年，愍帝被掳，司马睿依靠世家大族支持，在江左建康即晋王位，年号建武。晋元帝即位后设立太庙。因其曾在惠帝、怀帝、愍帝三朝任职，多为西晋旧臣，元帝死后仍被安置于愍帝之下，虽辈分高于愍帝，却因臣子关系而不得超越。及元帝崩，豫章府君再迁，其神位仍居愍帝之下，由此形成复杂的坎宣者十。 原本，按父死子继、兄终弟继，辈分应逐渐递减，则太庙神位无需祔庙。如晋穆帝时期，太庙神位排列尚算规整，因前任皇帝或平辈或长辈，无需祔庙。然而晋简文帝情况不同，其为晋元帝少子，辈分低的皇帝便开始祔庙，包括其兄晋明帝在内，需迁入颖川、京兆二位祖先。东晋皇帝世系错综复杂，每次皇帝登基，太庙神位都必须重新调整，相当麻烦。 根源在于太祖之位长期空虚，无坐标原点，而天子七庙需保持满员，祖先们自然被迫频繁调动。于是，晋安帝司马德宗义熙九年（公元413年），琅琊王司马德文提出：太祖空位已久，今宗庙神主应以宣帝司马懿为首，其文德武功、开宗奠基功不可磨灭，应升为太祖，万世不毁。同时，将司马懿之前四位祖先迁出西祧，另建别室，永藏不祀。朝廷采纳，晋朝太庙神位顺序最终得以确定。 历经二百余年的纷争，司马懿终于稳坐晋太祖之位，这场历史的宗庙博弈，也因此画下句点。