1636年，因为清军入塞作战，兵部尚书张凤翼畏罪自杀，崇祯帝于是任命杨嗣昌为兵部尚书。杨嗣昌为兵部右侍郎兼陕西三边总督杨鹤之子，早在天启年间就活跃于政坛，但因魏忠贤的排挤而被罢官。崇祯元年，魏忠贤倒台，杨嗣昌被重新启用。1632年，他被任命为都察院右佥都御史、巡抚山（海关）、永（平府）等处地方提督军务，他在任期间表现出了出色的军事能力，得到了崇祯帝的认可，被提拔为兵部右侍郎兼宣、大、山西三镇总督，赴任后六次上疏陈述边事，提出了许多了许多可行的建议。

杨嗣昌出任兵部尚书后，崇祯皇帝亲自接见。在过程中，杨嗣昌侃侃而谈，崇祯皇帝听得如痴如醉，不禁感叹“用卿恨晚！”。

杨嗣昌针对明朝的内忧外患，提出了“三策”：第一，必先安内而后攘外；第二，必先足食而后足兵；第三，必先保民而后荡寇。杨嗣昌认为相比于后金的侵犯，内忧更应该被重视。如果任由内乱蔓延，那就会“腹心流毒，脏腑溃痈，精血日就枯干”。为了集中财力镇压义军，他建议崇祯皇帝增兵12万，增加饷银280万两。

为了彻底镇压农民军，杨嗣昌提出了布置“四正六隅”的“十面之网”。杨嗣昌将陕西、河南、湖广、江北作为四个主战场，以进攻为主，防御为辅；延绥、山西、山东、应天、江西、四川为六个侧翼战场，主要负责防御，也就是守边堵路、截断流窜。总督洪承畴和总理熊文灿调动机动部队对农民军进行猛攻。计划要在3个月内就将农民军彻底镇压。

崇祯皇帝接受了这个建议，明朝的全力出击开始了。1638年，李自成攻四川后返回陕西，遭到而来洪承畴的围攻，损失惨重。张献忠也在南阳、麻城被左良玉击溃，负伤退谷城。随后，熊文灿遂改围剿为招抚，刘国能、张天琳、张献忠、罗汝才，先后降明或就抚，李自成仅剩18 骑逃入商洛山，近乎覆灭。

杨嗣昌的战略是“攘外必先安内”，所以他主张要在平定农民起义之前必须和清朝议和，以免遭遇两线作战。崇祯帝虽然不敢公然同意议和，但也让心腹太监——高潜，以及辽东巡抚方一藻暗中尝试议和。1638年，他们悄悄派遣了七人组成的使团出使沈阳，以算命瞎子周元忠为首。皇太极显然知道明朝没有诚意来谈判，但也给足了面子。他派遣内弘文院大学士希福、礼部启心郎额尔格图等人为其举办了欢迎仪式、宴会。皇太极还表示，如果议和是诚心的，那清军可以撤兵东归。但如果拒绝议和，那夏秋必定还要发动进攻。

辽东巡抚方一藻将情报报告给了朝廷，并建议按照“俺答封贡”的前例进行议和。不过，朝臣依然拒绝议和。例如黄道周公开在御前会议上斥责杨嗣昌等人的议和行为。崇祯皇帝说黄道周：“一生学问只办得一张佞口！”黄道周高声争辩：“我在皇上面前敢忠言直谏被称作是奸佞之人，难道在皇上面前阿谀奉承的人就是忠诚之士了吗？”直言：“圣上忠奸不分，那么邪恶和正义混淆，如何治理好国家？”最终黄道周被连贬六级，调任江西按察司照磨。

黄道周是典型的腐儒，心怀天下，满口仁义道德。他的思想没有错，也可以说是铮铮铁骨，是直言的典范。但他的严重脱离现实，对于治国是没有多少实际价值的。如果一个国家的政策只能按照儒家经典一条路走到底，没有任何弹性，那这个国家的任何政策一定都是僵化的，死板的。

每一个皇帝每天上朝都会面临许多腐儒的指责，所以有担当的皇帝都能够做到冷静，不受舆论压力的影响，能够力排众议。但崇祯皇帝的性格注定他没有这样的魄力。他贬黄道周并非黄道周反对议和，而是黄道周冲撞了自己。在舆论鼎沸的压力下，议和之事不了了之。

1638年八月，皇太极借口明朝拒绝议和，派多尔衮、豪格、阿巴泰、越讬、杜度等为将领，从河北青山关、墙子岭入关，发动了第四次迂回入塞之战，史称"戊寅之变"。

崇祯皇帝赶紧任命卢象升总督天下援军，负责勤王一事。这一年的四月，卢象升之父在探望卢象升后在返回途中去世，卢象升痛不欲生，连上七疏，请求丁忧守制。崇祯帝批准，以原任宣府巡抚陈新甲为新任宣大总督。七月，崇祯帝进其衔为兵部尚书。清军入塞后，崇祯皇帝下令卢象升率宣、大、山西三总兵杨国柱、王朴、虎大威入卫京师，并督天下援兵，第三次赐尚方剑。卢象升请求解任，崇祯帝不允，卢象升只能披麻戴孝上战场。

卢象升

十月，崇祯召开卢象升，卢象升公开反对杨嗣昌的议和，他说：“皇上命臣督师，臣意主战！”崇祯皇帝担心卢象升在对清军作战时遭遇不测，于是提醒卢象升不要身先士卒。随即，崇祯让卢象升、杨嗣昌、高起潜在安定门商议，卢象升大谈主战，满座沉默。最终，崇祯只能让卢象升出站，并再次提醒“无浪战”。崇祯帝的这些表现证明了，他依然想将主力部队用于镇压农民军，希望卢象升不要在对抗清军上太过于用力。卢象升作为兵部尚书，名义上可以调集天下兵马，但实际上崇祯并没有给他多少军队，卢象升唯一能够依靠的只有自己的天雄军。

十月二十五日，清军一部由顺义南下，兵锋直指北京城。卢象升日夜督战，击退了清军。随后，清军兵分三路南下，卢象升进据保定，命诸将分道出击。这时候，卢象升的军队已经出现了粮草匮乏的问题，但河北一带的地方官员都拒绝支援。卢象升向兵部告急，但得不到回复。监军太监方正化还弹劾卢象升“縻饷逗留”。崇祯帝听信太监之言，下令将卢象升革职听勘，准备由刘宇亮代之总督天下兵马。但杨嗣昌支持卢象升，提出让刘宇亮前往督察军情。崇祯皇帝这才收回成命，让卢象升继续抗清，戴罪立功，但夺卢象升的兵部尚书头衔。

卢象升想和清军决战，但兵力却不断分散了。他的一部分军队交给了陈新甲，去守昌平皇陵，还有大同总兵王朴又带领军队返回大同，卢象升实际控制的兵力从2万减少到了5000。卢象升进驻钜鹿贾庄，得到了当地生养生员姚东照助粮七百斛，士气稍微恢复。卢象升联络高起潜，希望合兵进攻清军，但高起潜没有回应，自己带领关宁军撤走了。第二天，卢象升自己带领5000军队和清军决战，但很快就被清军包围。经过惨烈的战斗，卢象升部全军覆没，卢象升本人中二十四箭而死。

清军杀到河北高阳时，赋闲在家的孙承宗带领全城百姓进行顽强的抵抗。经过三天的战斗，高阳城破，孙承宗不幸被俘。多尔衮敬重其名望，试图劝降，许以高官厚禄 。孙承宗严厉拒绝，说“我天朝大臣，城亡与亡，死耳” ，随后从容自缢殉国。此战中，孙氏一门百余口几乎尽殁，仅有六岁幼孙孙之澧及其母因躲藏于草丛中而侥幸逃生 。

孙承宗

随后，清军杀入山东，在山东四处劫掠，而刘宇亮和陈新甲带领的明军只敢尾随，不敢交战。山东境内的官员们，要么观望，要么逃走，无人敢接战。清军攻破济南后，在济南进行了屠杀，尸骨堆积达13万具。直到1639年的二月，明朝才调集军队准备合围清军，此时清军已经攻破了16座城池。清军在暴掠一番后，多尔衮下令军队北返。在返回途中，各路明朝兵马依然不敢拦截，清军得以安全回到沈阳。此次劫掠，清军在中原如入无人之地，连下70余城，击败明军57次，俘虏居民和牲畜46万，获得黄金1.2万两，白银220万两。清军的入塞导致河北和山东“一望荆榛，四郊瓦砾”“民亡之十九”，“村墟为墟、白骨蔽野”，百年难复”。

清军的入塞再一次打破了明朝合围农民军的计划。由于卢象升、洪承畴、孙传庭及西北精锐边军被火速调集到京畿勤王，导致陕西、河南剿寇兵力被抽空。李自成获得喘息的机会，得以收拢残部、休养整训；张献忠在湖北趁机复叛，跳出包围圈。当时，孙传庭主张留精锐守陕西剿寇，被杨嗣昌排挤，崇祯将其逮捕入狱，直到 1642 年才放出。

农民军死灰复燃，崇祯皇帝十分后悔，他扼腕叹气，说“大事几成，为几个黄口书生所误，以至于此”。崇祯掌握着一切军国大事的最终决策权，却将此事的错误推给别人，可见其没有担当。事后，崇祯处死了36名高官，导致朝野人心惶惶，大臣们“不求有功、但求无过”，君臣彻底互不信任。