虽然司马道子开始放任自流，表面上似乎毫无作为，但他的世子司马元显却对地方藩镇的蠢动深感愤懑。低头服软从来都不是让人愉快的事情，尤其是在国家和家族的命运面前更显刺眼。司马元显向父亲劝谏，直言王恭与殷仲堪二人必将成为日后的大患。上次不过是借王国宝的性命逃过一劫，这次能躲过去吗？因此必须暗中加强防备，未雨绸缪。司马道子天生优柔寡断，又刚失去得力助手，一听儿子言辞铿锵，似乎说得颇有道理，不由得点头称是：好吧，这个任务就交给你了。公元397年4月，地方藩镇刚撤兵不久，司马道子便任命司马元显为征虏将军，并配备朝廷禁卫军及徐州的文武官员相助。表面上，司马道子仍掌握东晋朝政，但经过上次的打击，他大部分心思已沉溺于酒色享乐，真正能左右大事的，反而是这位年轻的世子。

尽管司马道子显露出摆烂态度，但在增强自身防御力量上，他却行动迅速。毕竟，力量越强，奢华的生活便可维持得越久。他采纳了谯王司马尚之的建议——司马尚之乃晋元帝司马睿之叔父司马承的曾孙，也是道子最信任的宗室之一。此前抓捕王国宝和王绪的行动，正是由司马尚之与弟弟司马休之共同执行的。他们二人皆为司马宗室中数得着的人才。司马尚之向司马道子直言：如今各地藩镇强大，而朝廷虚弱，相王应当挑选最亲近之人，在外建立忠于自己的藩镇。道子深以为然，心中暗喜，觉得自己的谋划已是滴水不漏。

随后，司马道子实施了一项重大举措——任命王国宝的哥哥王愉为江州刺史，以防备荆州的殷仲堪。表面上无可厚非，王愉身份虽敏感，却仍是血脉相连。然而，司马道子自作聪明，顺便调整东晋行政区划，将豫州四郡划入江州，意图增强江州战力。可惜，他一党的人过于自以为是，认为庾楷上次站在道子一边就理应无条件奉献地盘，却忽视了集体利益并非个人牺牲的代名词。

结果便是豫州刺史庾楷大为震怒，亲自上书反驳。然而司马道子视庾楷为自家人，只当他是在发泄怒气，不加理会，坚决削减其地盘，以为只要心怀大局即可。殊不知，大局观可贵，但甘愿奉献者稀少，庾楷显然不在此列。再加上王国宝之死的警示，令道子党中人寒心，庾楷自然不愿继续效忠。于是，他改投青、兖二州刺史王恭麾下，寻求新的依托。公元398年7月，庾楷派子庾鸿前往王恭，言辞铿锵：司马尚之兄弟专权，祸及甚广，削藩之势未止于豫州，若不未雨绸缪，后果难测。王恭对庾楷之策深表赞同，随即联合殷仲堪、桓玄，公推王恭为盟主，共商进逼京城之事。

当时殷仲堪巧妙地将书信藏于斜绢箭干之中，借庾楷之手送往王恭，以避江津巡逻兵查验。因绢布倾斜，字迹难辨，王恭无法确定是否出自殷仲堪之手。去年殷仲堪失期，王恭轻而易举得手，今年再次行动，仿佛将清君侧视为家常便饭，殊不知夜路多鬼，此次起兵必将送他步入死亡深渊。而真正导致王恭灭亡的，是北府军实权掌握者、手下大将刘牢之。

听闻王恭再度谋划清君侧，刘牢之当即出言规劝：将军，您与会稽王同宗，本应一家人。会稽王虽掌政多年，未曾伤及您，前次还为您处置王国宝，可见敬意非浅。如今人事调动虽欠妥，却谈不上大错。至于庾楷之地，您又何损？刘牢之言之凿凿，切中要害。上次王恭清君侧之所以顺利，王国宝作孽过多，民心所向，而这次出兵理由牵强，远非名正言顺。中央朝廷虽非弱者，但王恭仍沉浸在往昔的胜利幻梦中，误以为清君侧易如反掌，不肯采纳刘牢之忠言，自视甚高，也看不起出身寒微、相貌平庸、文雅素养不足的刘牢之。王恭眼中，刘牢之既丑且不懂清谈艺术，似乎与自身美貌和地位格格不入，实在令人不悦。

与此同时，司马道子得知庾楷倒戈，惊慌失措，忙派人致信挽回，言辞哀婉，宛如被负心人抛弃的女子：你我曾恩同骨肉，共饮帐中之酒，立誓互不背叛，如今却另结新盟，难道忘了王恭当初的欺凌？纵然屈身从他，亦难保安身立命，更遑论荣华富贵。然而庾楷洞察父亲本质，断然拒绝。司马道子收到回信，方知局势已不可挽回，遂正式下令全国戒严。司马元显提醒父亲：这正是上次您姑息纵容的结果，若再顺他们心意，目标绝不会止于司马尚之兄弟，父亲的大祸就在眼前。被眼前局势吓得六神无主的司马道子，只好将军国大事全权交给世子，自身则沉入王府，借酒浇愁，做个彻底的缩头乌龟。