公元1368年，明朝建立者朱元璋指派徐达、常遇春等将领率兵北上，成功攻占元朝的首都大都（今北京），元顺帝逃至漠北草原。忽必烈所建立的大一统帝国依赖游牧经济，但蒙古草原的脆弱经济体系无法支撑这一庞大政权的长期稳定，导致蒙古迅速恢复为成吉思汗统一之前的诸部割据局面。从那时起，明朝与蒙古之间的冲突持续了两百多年，成为明朝最大的外部威胁，直到明朝末期，女真的崛起才超越蒙古成为新的威胁。

明朝初期，朱元璋与其子朱棣曾多次发动对蒙古的军事打击。1388年3月，明将蓝玉率领15万大军北伐，4月在捕鱼儿海（今贝尔湖）一带的战役中大获全胜，俘虏了蒙古嫔妃公主123人，蒙古官员3000余人，民众7万7千余人，还缴获了大量牲畜和战利品。朱棣执政时，明朝对蒙古的军事行动形成了“出漠北五次，犁虏庭三次”的局面，成功维护了对蒙古诸部的军事优势。

然而，随着明朝国力的逐渐衰退，蒙古的势力也逐步恢复。1449年，蒙古瓦剌部俘虏了明英宗朱祁镇，并一度围困北京。1550年，蒙古的俺答汗再次包围北京城。明朝与蒙古持续的对立局面为东北的女真部落提供了崛起的机会。正是这段明朝与蒙古的持续对抗，使得双方无法集中精力关注女真部落，导致了努尔哈赤利用这一机会逐步统一了女真各部。

此时，蒙古察哈尔部的林丹汗曾向努尔哈赤发出挑衅称：“四十万蒙古国之主巴图鲁成吉思汗致书水滨三万女真之主”。林丹汗显然忘记了自己并未真正统一所有蒙古部落。随着努尔哈赤的后金大军向察哈尔部进攻，东蒙古的多个部落纷纷倒向后金，脱离了察哈尔部的控制。明末清初，蒙古草原大致分为漠南蒙古、漠北喀尔喀蒙古和漠西卫拉特蒙古三个部分。

今天，生活在内蒙古自治区的蒙古族，主要源自昔日漠南蒙古的部落，而生活在新疆天山以北的蒙古族则源自漠西卫拉特蒙古。蒙古国的主体民族则源自漠北喀尔喀蒙古。努尔哈赤建立后金政权后，通过与蒙古的科尔沁部等部落结盟并通过联姻稳固了自己的地位。1593年，蒙古科尔沁部明安和喀尔喀部劳萨向努尔哈赤派遣使节通好，此后蒙古诸贝勒与后金的联系未曾中断。

到了1619年，明朝在萨尔浒战役中大败后金，明朝和蒙古看到后金的崛起势力，察哈尔部的林丹汗随即邀请喀尔喀五部联合抵抗后金，但这支由蒙古和明朝组成的联军，在后金的强大攻势下迅速崩溃，连蒙古主将齐赛诺延也被俘。1624年，科尔沁部成为最先归附后金的蒙古部落。次年，林丹汗发动战争讨伐科尔沁部，但在后金的援军帮助下，科尔沁部成功抵抗，林丹汗不得不撤退。1626年，后金征服了巴林部和扎鲁特部，并开始采取军事打击和政治安抚相结合的策略，通过联姻与科尔沁等蒙古部落达成和解。

努尔哈赤和皇太极父子通过一系列改革，使得后金逐步从原始部族联盟转变为较为成熟的国家体系。这一新兴政权不仅具备游牧民族的强悍，而且有着更为高效的中央协调能力，与蒙古的单纯游牧文明相比，后金的综合实力更为强大。后金成功统一了女真各部，并设立蒙古八旗和汉军八旗，这使得清军中有大量蒙古人和汉人。

然而，蒙古的各部一直处于分裂状态，明朝和清朝中活跃着大量蒙古人。蒙古面临南方明朝的压力，但在组织协调能力上不如清朝，且清朝掌握了更为先进的火器技术。尽管蒙古骑兵勇猛，面对这种敌人也难以抵挡。努尔哈赤在创立后金时，面对的主要威胁来自明朝，而察哈尔部的林丹汗和亲明的李氏朝鲜王朝则从侧翼威胁着后金。

明朝、蒙古与后金三方的博弈可以视作一出“新三国演义”。明朝疆域辽阔，人口众多；蒙古地域广袤，骑兵强悍；而后金则看似最为弱小。尽管如此，后金通过巧妙利用蒙古内部的分裂局面，不仅成功与科尔沁等部达成盟约，还在夹缝中逐渐崛起，最终成为主宰者。

1635年，皇太极发动讨伐察哈尔部的战争，彻底统一了漠南蒙古诸部，并获得了元朝的传国玉玺。此举标志着皇太极正式改族名为满洲，并将后金改国号为清，成为第一个以汉法构建国家的满洲皇帝。传国玉玺象征着成吉思汗黄金家族的权力转移，蒙古人认为皇太极是成吉思汗的继承者，而清朝的皇帝也始终保有蒙古汗号。

清朝的国家形式不同于蒙古的部族联盟制度。蒙古的“国家”并非是高度集权的政权，而是由部落联盟构成的松散政体。成吉思汗统一蒙古各部后，蒙古帝国呈现出较为分裂的状态。相比之下，满洲的满人不仅拥有游牧经济，还有农业和渔猎等经济形式，且能够通过更为协调的治理体系，逐渐建立起强大的政权。

清朝在建立初期，除了与蒙古联姻外，还通过政治分封和军事打击实现对蒙古的控制。通过分封制度，蒙古各部长期处于分裂状态，这使得其难以形成统一力量挑战清朝统治。与此同时，清朝还通过对蒙古人民的宗教和文化控制，进一步巩固了对蒙古的统治。

清朝对蒙古的统治不仅通过联姻、经济利益、政治分封等方式进行，还通过推动喇嘛教来加强对蒙古人精神上的控制。随着蒙古人口的减少和汉人移民的涌入，蒙古各部的力量逐渐被削弱，从而形成了更为牢固的对清朝的依赖关系。

通过这些综合手段，清朝成功地利用蒙古部落间的矛盾，推行分化统治，将蒙古纳入到八旗体系中，从而实现了对蒙古的长久控制。