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明朝的督抚制度起源颇早。根据《明史》的记载，最初的“巡抚”概念起源于明太子朱标在陕西一带的巡视。永乐十九年（公元1421年），朝廷任命了二十六位尚书，开始执行全国范围的巡视任务，旨在安抚百姓与军队。随着时间推移，巡抚的职权逐渐增多，由最初的“巡行天下，安抚军民”发展到后来的军事管理，甚至涵盖了整个区域的治理。从一开始的巡抚职位有时被称为“镇守”，到后来这一职务的具体职能逐渐明确，最终形成了以“总督”为代表的地方管理体系。总督一职负责的是军事与行政事务的综合管理，尤其是在那些重要的军事地区，逐步掌握了对区域的全面控制。

洪武时期，明朝废除了原有的中书省体制，并设立了三大主要的行政机构：承宣布政使司、提刑按察使司与都指挥使司。然而，由于这三大机构彼此独立，并且各自直接向中央政府报告，造成了地方事务处理的滞后。因此，为了解决这一问题，从宣德元年（公元1426年）起，朝廷开始派遣官员担任巡抚，加强地方治理。这一制度逐渐完善，特别是在明中期，巡抚成为地方的固定官员，职能也得到了更为明确的扩展。

其中，有三项重大变革至关重要。第一，明代设立了每年一次，中央官员返回京城汇报的制度，直到成化二十二年（公元1486年），这一制度才被废除，这标志着巡抚职能的演变为专职的地方官员。第二，巡抚与布政使司的合署办公被废止，巡抚开始在地方设立独立的官署——巡抚衙门。第三，巡抚的任命开始逐步制度化，嘉靖十四年（公元1535年），发布了命令，规定巡抚的任命由九卿会议推选决定。

明朝政府逐渐明确了巡抚的权力与职责。宣德八年发布的命令中规定，巡抚必须关注百姓的民生，合理安排税收和粮食，并确保百姓不受困苦。嘉靖十一年（公元1532年）则进一步扩展了巡抚的责任，明确指出地方的兵马、粮草与城池等事务，均由巡抚负责管理。

总督一职最早设立于正统六年（公元1441年），源于云南的叛乱。当时，兵部尚书王骥被任命为总督，专责指挥军事行动。此职务最初是临时性的，直到景泰二年（公元1451年）才开始具备固定的行政职能，并逐渐负责更大范围的区域治理。总督的职责是统一领导军事与行政事务，尤其在边疆地区，总督的职权更偏重于军事指挥，而在内地，则需要同时兼顾财政和民政事务。

进入明朝中期后，总督职务逐渐常态化，并且分为两类：一类是针对边疆军事需要而设立的总督，另一类是负责治理多个省份的总督。随着总督职权的逐步扩展，巡抚与总督之间的职能划分愈发明确。嘉靖三十三年（公元1554年）时，发布了明文规定，总督主要负责军政事务，而巡抚则集中于民政治理。

督抚职权的不断扩展和调整，反映出明朝政府正朝着更加集中和制度化的方向发展。然而，明朝的督抚制度在区域设置与人员任命上仍保留了一定的灵活性，通常会根据实际情况，尤其是应对紧急事件时，临时设立督抚职务。到了明朝后期，尤其是在面对南方的倭患和北方的农民起义时，督抚的设置愈加频繁。

清朝继承并在此基础上发展了明朝的督抚制度。尽管清初的总督与巡抚仍旧“因事设裁”，但随着时间推移，这些职务逐渐形成了较为固定的设置模式。康熙、雍正、乾隆等时期的改革，使得总督与巡抚职能的划分逐渐更加清晰，特别是在康熙年间进行了大规模的调整，目的是更好地整合行政管理，加强中央对地方的控制。

清朝的督抚职权和地位也得到了显著提升，成为中央行使地方权力的重要纽带。尤其是在康熙、雍正时期，督抚的角色逐渐不再是单纯的“差遣”性质，而是成为了地方政府的核心人物，负责处理包括军政和民政在内的各项事务。

至光绪年间，督抚制度逐步稳定，形成了固定的省级设置。光绪三十三年（公元1907年），东三省总督的设立，标志着督抚制度在晚清时期的成熟，而其职权和地位也进入了新的发展阶段。

在督抚职能日益固化的过程中，其在地方的权力逐步增强，成为中央与地方之间的重要桥梁。清朝政府在多个时期不断调整督抚与其他官职的职能分配，确保督抚在管理地方事务中的领导地位。