1982年,十二大之后,余秋里回到了军队,担任了总政治部主任,负责全军的政治工作,并且兼任军委秘书长。这是他在转地方工作二十多年后重返军队的一个重要职务。从某种角度来看,这一职位其实是他自己争取过来的。原本上级计划让他担任政法委书记,负责公检法等工作。那么,为什么最终会转任军队工作呢?
余秋里是红二方面军的将领,早年曾在任弼时身边工作,受到了很大的影响。在红6军团和红2军团会师时,由于2军团缺少政工干部,他便被调去协助工作。此后,余秋里一直在贺龙将军的直接领导下工作,展现出了非常突出的能力。尤其在解放战争时期,他总结并推广了“诉苦三查运动”,这一方法被称为“新式整军运动”,并得到了中央的认可,后来在全军推广开来,取得了显著成果。
新中国成立后,余秋里被贺龙调往西南军区,负责了大规模起义国军的改造工作,还处理了西南地区的后勤征粮工作,取得了圆满的成果。之后,他被调任总财务部副部长和部长。随着总财务部和总后勤部的合并,他被调任总后勤部政委。不久后,他又被任命为石油部长。石油作为一五计划中的关键能源,压力非常大,而他最终在松辽地区发现了大油田,展开了石油大会战,取得了巨大的成功,满足了经济建设的需要。1964年,他还在大会堂做了重要报告,获得了极高的荣誉。
随着大运动时期的到来,余秋里开始负责经济工作,协助总理工作,并在七十年代当选为副总理。可以说,无论是在地方工作还是在军队中,余秋里都表现得非常出色。
1982年,由于身体原因,韦国清离开了总政部,而上级则考虑找一位“局外人”来担任总政部主任,以便进行一些大刀阔斧的改革。他们看中了湖北第一书记兼军区政委陈丕显,虽然陈长期在地方工作,但在战争年代也曾担任过军职,拥有丰富的政治工作经验。经过上级的讨论,决定让陈丕显担任书记处书记兼总政部主任,并与他进行了谈话,表达了安排的意图。许多将领得知后,已经开始称呼他为“陈主任”。
然而,在大会期间发生了一件意外的事情。余秋里被提名为书记处书记兼政法委书记,负责公检法工作。余秋里认为自己长期从事军队工作和经济工作,对政法工作并不熟悉,因此希望能回到军队工作,并提出希望与陈丕显调换职务。对此,上级进行了慎重考虑,认为余秋里在军队工作的经验更加丰富,并且他已经离开军队二十多年。于是,上级派人与陈丕显沟通,陈丕显非常豁达地表示服从安排。
最终,余秋里回到了军队,开始与杨得志、洪学智、张爱萍等人一起协助杨秘书长工作。直到1987年,余秋里才退居二线。