忽必烈与阿里不哥之间的矛盾愈演愈烈，谁都不肯让步。在互派急使沟通数次无果后，这对亲兄弟始终难逃兵戎相见的命运。

【第一场战役：巴昔乞之战】

1260年秋，阿里不哥最沉不住气了，他率先派术木忽儿（旭烈兀之子）、合刺察儿（斡儿答之子、术赤之孙）领兵南下攻打忽必烈，并让阿蓝答儿领兵与浑都海的军队汇合，从西面进攻中地区。

与此同时，为了提振军队士气，阿里不哥的手下们四处散播假消息：金帐汗国以及旭烈兀等其他宗王的大军就要来了，他们会支持阿里不哥并对忽必烈开战。

忽必烈听说阿里不哥发兵了，立即派也先哥（哈撒儿之子）、纳邻合丹（合赤温之孙）为先锋，领兵前去迎战。双方在巴昔乞相遇，最终忽必烈方旗开得胜、首战大捷。术木忽儿与哈剌察儿被打得十分狼狈，仅带着少数士兵逃离战场。位于后方阿里不哥大军中的将士们闻讯后，瞬间士气大落、溃不成军。

阿里不哥为了报复忽必烈，将囚禁在哈拉和林的忽必烈派去争夺察合台汗国汗位的阿必失合（不里之子、木阿秃干之孙、察合台曾孙）、纳邻合丹（有两个纳邻合丹，这位是察合台的曾孙）兄弟俩，以及忽必烈派去察合台汗国的使臣，还有之前支持忽必烈的宗王们派来的一百多位使臣全部处斩。之后，阿里不哥领兵退至其父拖雷的封地乞儿吉思驻扎。作为回应，忽必烈也将之前囚禁的阿里不哥派去燕京征兵的脱里赤处死。

【第二场战役：西凉之战】

几乎与第一场战役同时，阿蓝答儿已经领兵抵达甘州与浑都海汇合，他们一起向东进发，意图再次控制关中地区，进而将驻守在四川地区的忽必烈的支持者们孤立。忽必烈派也可合丹（窝阔台之子）、汪良臣、八春等从关中、四川出兵与阿蓝答儿、浑都海在西凉地区交战。

1260年秋，西北戈壁风沙大作，吹得士兵、战马都睁不开眼。汪良臣领兵下马步战，先突破敌军左翼防线，之后从敌军后方绕到其右翼将其击败。八春领兵直接攻打敌军中军主力，也可合丹则领兵封堵敌军退路。最终，阿蓝答儿、浑都海在混战中被杀，哈剌不花领着一小部分残兵败将逃往乞儿吉思地区阿里不哥处。

【忽必烈抵达哈拉和林，阿里不哥缺粮求和】

旭烈兀领兵进入哈拉和林时，看见了阿里不哥没来得及带走的四个帐殿，便派人把它们送还阿里不哥。随后，忽必烈大军驻扎在翁金河畔过冬。

当时阿里不哥大军的粮草都是从汉地运来的，接连两次交锋战败后，阿里不哥的粮草运输通道被忽必烈彻底切断。不久后，阿里不哥军中物价飞涨、粮草告急，阿里不哥无奈之下只得派使者向忽必烈示好求和。

“我现在十分后悔自己的所作所为，愿意奉哥哥为主，只等我把军队安顿好，待我的马儿们肥些时再去觐见您。到时我会约阿鲁忽、旭烈兀、别儿哥（金帐汗国大汗，术赤之子）等宗王一同前来，到时我们再一起决议汗位继承之事。”

实际上这是阿里不哥的缓兵之计，他正暗自计划从察合台汗国调集补给，重振旗鼓后与忽必烈再战。此时阿里不哥派去察合台汗国的阿鲁忽（拜答儿之子、察合台之孙）已成为察合台汗国的新可汗。阿里不哥交代阿鲁忽两件事：一是为阿里不哥的军队提供武器装备、粮草补给；二是守住交通要道，阻止别儿哥与旭烈兀出兵帮助忽必烈。

【忽必烈撤军休战】

“我相信弟弟所言，希望弟弟能在三王到来前，先回来跟我见面聊聊。”

忽必烈虽然可能并不相信阿里不哥的话，但是他还是愿意给弟弟一个机会。如果阿里不哥自食其言，那么忽必烈将来怎么做都无可厚非了。于是忽必烈没有再出兵追赶阿里不哥，而是让也先哥留守哈拉和林，等待阿里不哥回来，自己则返回开平等待消息。

一枚阐史官说：

阿里不哥是拖雷嫡子兄弟四人中最小的一个，几乎没打过什么仗，也没有经营、治理过什么地方。所以他接连战败，又失去粮草补给通道，也是意料之中的事。

而且兄弟相残这种事，明摆着是谁先动手谁就理亏。蒙哥去世后，阿里不哥处处都争先手，先征兵囤积钱粮，先派兵抵达开平附近威胁，先出兵开战，唯独没有先称汗。可能阿里不哥也觉得自己实力不济，过早称汗可能失败得更快。

反观忽必烈，十年前就开始经营漠南地区，并且他一直在前线指挥作战、经营地方，又曾经领兵远征大理，不到一年时间便使延续了三百多年的大理国俯首称臣。

两相比较，他俩的实力相差得太悬殊了。而且，忽必烈除了有蒙古贵族相助外，还有一众汉臣帮着出谋划策。

例如在分析浑都海军队的动向时，汉臣商挺就直接上奏忽必烈：“浑都海大军的趋势有三种可能：一，领兵乘虚攻打京兆，是上策；按兵不动，积蓄钱粮，观望事态发展，再选择支持谁，是中策；领兵北上归附阿里不哥，是下策。”

而且，商挺当时还判断浑都海一定会选下策，并建议忽必烈，应该立即安抚川、陕的驻军，孤立浑都海，逼他北归。忽必烈采纳了他的建议，结果一切果然和商挺分析的一样。

有这样的谋士在忽必烈身边，何愁阿里不哥不败？