袁崇焕力崭毛文龙不是疑他投敌，也非怪他狂妄自大，却是因为这个
毛文龙在多年征战中，屡建奇功，无论从哪个角度讲，都称得上明朝末年的一位英雄人物，就连明朝廷都称赞他“浑身是胆，满腹皆兵”，“好大将才也”。
短短几年，他也由都司迅速升为总兵、左都督，平辽将军等，原因也正在于此。
在当时，就是善于征战的努尔哈赤对毛文龙也是几分忌惮，也曾以各种手段诱他投降。
比如，明天启四年七月初二，他便以“议和”为名，对他实施劝降。降将李永芳还写劝降信，以“中分土地”为诱饵，鼓动毛文龙叛变投敌。毛文龙不为所动，将来使与信件一并上交朝廷。
当然，后来皇太极继位之后，毛文龙也曾以明朝封疆大吏身份，多次与皇太极联系“和平”谈判，希望维持边疆安定。但从根本上讲，毛文龙并无背叛明朝廷的迹象。袁崇焕宣布他的十二条当斩之罪中，也自是没有通敌判国这一条。
所以，作为明朝的最高层，无论是天启还是崇祯皇帝，对毛文龙的态度一贯都是倚重和优厚宽容的。这也在一定程度上让毛文龙产生了种种错觉。
所以，在对待辽东军事和自身所在东江军事看法上，他一直认为东江与袁崇焕所在宁远军事地位同等重要。目的也是希望得到与宁远同等的军职和军饷。比如，他就曾向朝廷要求岁饷为二百万两银子（这个数应该比给宁远的还要多些）。
毛文龙的这一做法，也势必会引起朝廷上下的一致反感，也从此给群臣上下留下了居功自傲，飞扬跋扈的深刻印象。但是，为了辽东安全，上下朝臣还是皇帝一样，也一致地对毛文龙迁就容让。
那么，即便如此，与毛文龙并无私人恩怨的袁崇焕又为何非杀他不可呢？
这或许正是袁崇焕的苦衷所在，也正是他的悲剧所在。
首先，袁崇焕已在御前会议上夸下海口，要五年收复辽东。皇帝也还赐予他尚方宝剑，让他便宜行事。
也是为到期实现诺言，他必须做到大独权独揽，决不容忍再出现先前那种“经抚不和”，互相掣肘的局面。也正因为此，他要撤销辽东巡抚和登莱巡抚两个建制。
但一向我行我素、不听节制的毛文龙，已是尾大不掉，不但拥有一支毛家军，深受皇帝崇信，朝中也还有一大批支持者在。只要毛文龙不肯离开皮岛，要将其调离皮岛怕是比登天还难。
但袁崇焕要想统领登莱，形成辽东、东江一盘棋，为接下来进攻后金国做准备，他除了先斩后奏，其实别无他法。
其次，因军响问题而发生的宁远、锦州兵变，也给了袁崇焕很大启示，再加上毛文龙开口闭口谈军饷。比如，他还随口对袁崇焕道：“某（毛文龙自己）海外八年，稍有微功，因被谗言，粮饷缺乏，少器械、马匹，不能遂心。若钱粮充足，相助成功，亦非难事。”
毛文龙这种开口闭口就以粮饷短缺相要挟的话，早已令袁崇焕恼怒异常。因为根据他暗线调查，毛文龙通过开展贸易等，最不缺少的就是粮饷。
所以，也是担心一旦调动毛文龙出兵，毛文龙会以军饷缺乏相要挟，以致功亏一篑。同样是在调离他无望的情况下，也只有先斩后奏了。