满清能够入关得了天下，纯粹是因为李自成和崇祯之间的鹬蚌相争，让清朝这个渔翁得利，捡了一个大便宜。而且，满清的这位大恩人李自成，还帮忙解决了一个大问题，就是太庙中明朝皇帝的牌位问题。

清军统帅多尔衮，在李自成陕西称帝，进攻明朝前，曾写信向李自成求和，希望能够“协谋同立，并取中原”，以实现灭明之后，“富贵共之”的目标。不过，多尔衮的请求并没有得到李自成的回应。

李自成反而在破北京之前，给崇祯上书，希望崇祯立他为王，赏银百万，那么，他就愿意率领大军去灭了盘踞辽东的清国。

最终，崇祯并没有答应李自成的请求。

随即李自成率军攻入北京城。崇祯皇帝煤山自缢，明朝定格在了1644年。多尔衮则趁机收降了吴三桂，击败了李自成，率清军入关，成功占领了北京紫禁城。

满清的八旗军，此时虽然战斗力非常强悍，但是，当他们面对广阔博大的汉人腹地之时，多尔衮心里还是发虚。于是，他又玩起了联合南明，攻打李自成的把戏。

多尔衮为了达到收买明朝勋贵，安抚汉人，同时结好南明的目的，贼喊捉贼，打出了“为尔等复君父仇”的大旗。甚至，他还写信给当时的南明督师、兵部尚书史可法，表达了联合南明，一起消灭李自成的决心。单纯的史可法，竟然还信了，唉。

既然是要替崇祯报仇，多尔衮自然是要有所表示了。他下令，为已经驾崩的崇祯举哀三日，并对外宣称将以最高规格安葬崇祯。然后，还祭祀了明朝的帝陵。

接着，清廷又以非常隆重的仪式，将明太祖朱元璋的神主，安放到了历代帝王庙祭祀，并以明朝开国功臣徐达、刘基从祀。

通常，太庙用来奉祀当朝先皇的神主牌位，而历代帝王庙，则是祭祀之前历朝贤明帝王的庙宇。

最初，朱元璋在明朝都城南京建造了太庙和历代帝王庙。朱棣迁都北京后，修建了北京太庙。嘉靖时期，嘉靖帝又按照南京历代帝王庙的样式，在北京兴建了历代帝王庙。嘉靖的这一举措倒是很有先见之明，在满清入关后，终于让明朝的历代帝王神主有了安放的地方。

既然明太祖朱元璋的神主牌位被放到了历代帝王庙，那北京太庙中其他明朝皇帝的牌位呢？

答案很明确，被焚毁了。只不过，这事不是多尔衮干得，而是李自成干得。

据《明史》记载，李自成进入北京城之后，“焚太庙神主，迁太祖主于帝王庙。”

李自成绝对是满清的神助攻呀，把麻烦事全都提前帮多尔衮处理好了。所以，多尔衮进了紫禁城之后，实际上只需要举行个仪式，昭告天下，他们还是很尊重明朝先祖就行了。

明朝共有十六帝，最初入历代帝王庙的只有明太祖朱元璋，其后，又陆续进了十二帝。

康熙十七年，康熙下旨，将明孝宗增祀历代帝王庙。

康熙六十一年，康熙又突然对历代帝王庙进行大扩容，将明成祖、仁宗、宣宗、英宗、景帝、宪宗、孝宗、武宗、世宗、穆宗、愍帝（即崇祯）全部入祀历代帝王庙。此时，加上明太祖，明朝共有十二帝入祀。

而明神宗万历帝、明光宗泰昌帝、明熹宗天启帝，被康熙认为是真正亡了明朝的昏庸之君，神主就没有增祀。康熙的这一主张，也得到了后世乾隆的赞同。

到了乾隆元年，乾隆又下旨将建文帝神主入祀，位次明太祖。

至此，明朝十六位皇帝中，除了万历、泰昌和天启，其他十三位帝王的神主全都进了历代帝王庙祭祀，一直维持到现在。