新中国成立后，党中央根据工作需要将领导层分为一线和二线。毛主席选择逐步退居到二线，而刘少奇则负责一线的具体事务。在此期间，二人之间难免会产生一些观点上的差异，然而这些意见的对立只是正常的工作讨论，并非权力斗争，也并未影响到他们之间的深厚感情。

直到20世纪60年代初，在分析和总结三年自然灾害的成因，寻找解决困境的方法时，毛主席和刘少奇之间开始出现更为显著的思想分歧。1962年初召开的中央扩大工作会议上，刘少奇首次提出“三分天灾，七分人祸”的说法，这让毛主席感到相当不悦。尽管扩大会议后，刘少奇依然在中央工作第一线主导事宜，但在接下来的困难解决措施中，他与毛主席再次出现了分歧，这便是历史上著名的“包产到户”问题。

在1962年，一名同志在完成调查任务后返回北京时，向刘少奇提出了推行包产到户的建议。刘少奇对这一提议表示支持，但毛主席不仅未予以认同，反而对刘少奇在处理该问题上的态度表示不满，责问他为何未能坚定立场。此时，毛主席和刘少奇之间的裂痕愈发明显，而林彪、康生等人乘机在学生中间煽动情绪，贴出大字报，令中央高层为之一振。

随之，刘少奇、周恩来、邓小平都支持新成立的北京市委对毛主席的严肃批评，因此中央文革小组向毛主席递交了告状信。在1966年6月1日，毛主席下达批示，同意将北京学生的“大字报”传播到全世界，林彪与江青一伙迅速制造声势，激起了“文化大革命”的巨浪。为了维护社会的稳定局面，刘少奇在请示毛主席后，主持召开了政治局常委扩大会议，共同商讨应对措施，并决定派工作组以控制局势。然而，围绕工作组的问题，刘少奇与毛主席再度发生了剧烈的矛盾与冲突。

在1966年8月4日的党的八届十一中全会上，毛主席愤怒地指责刘少奇害怕群众，眼见气氛愈发紧张，刘少奇毫不示弱地反驳道：“革命几十年，死都不怕，还怕群众？！”对此，毛主席进一步指责称派工作组是对群众运动的压制，而少奇同志则坚定地辩称：“怎么能叫专政呢？派工作组是中央决定的。”最终，刘少奇果断地表达了自己的观点：“无非是下台，不怕下台！”这是刘少奇生平中第一次，也是唯一一次与毛主席产生如此直接的对抗。

对此，毛主席显然没有预料到刘少奇会如此坚定，于是次日，他便撰写了《炮打司令部——我的一张大字报》，那时写下这篇大字报只是为了发泄他心内的不满。在1966年10月的中央工作会议上，毛主席提到：“不能完全怪刘少奇同志、邓小平同志。他们两位做出的错误也有其原因。”此时刘少奇表示希望能到群众中去锻炼，而毛主席则劝他：“你年纪大了，最好不要下去了。”

根据刘少奇的女儿和毛主席的卫士的回忆，在1967年1月13日晚，毛主席在人民大会堂单独召见刘少奇，这是两人之间的最后一次会面，毛主席没有对此进行批评。然而，刘少奇提出了两个重要的观点：一是恳求结束文化大革命，释放广大干部；二是请求辞去所有职务，回到老家务农。对于刘少奇的这些意见，毛主席没有表现出愤怒或否定，反而沉默着抽烟。过了一会儿，他关心地说道要刘少奇保重身体，并推荐他读几本书以充实自己。

回到家的刘少奇对妻子王光美说：“主席对我只是有限度的，但群众已经动员起来，连主席自己都无法掌控这一局面。”他随后开始潜心读书，但不久后，便遭受到林彪、江青反革命集团的政治陷害和人身摧残，最终于1969年11月12日不幸去世。