驻藏大臣和回疆事务参赞大臣，都是清朝政府在地方设置的重要军事和行政职位，虽然它们在职能上有很多相似之处，但也存在不少显著的差异。

相同点：

1. 军政双重职能：两者都拥有调动军队的权力，且都涉及宗教事务管理。

2. 驻地和任期：两者都有固定的驻扎地点，并且任期是一定的。

3. 监督和稽查权力：他们有权稽查地方官吏，组织年度的班列和朝觐等活动，也有独立向中央上奏专折的权利。

不同点：

1. 办事权限：回疆事务参赞大臣最初侧重处理军务，后来随着乌什变乱的发生，才真正具备了处理所有事务的权力。尽管如此，他仍受伊犁将军的制约。回疆事务参赞大臣有时需要与伊犁将军商议重大事务，且两者的协调并不总是顺利。相比之下，驻藏大臣最初虽然也有管理权，但直到1793年才真正拥有全面掌控西藏政治、经济、军事及宗教事务的权力。

2. 决策机制：回疆地区有一个三级决策体系——伯克管理日常事务，办事大臣进行监督，回疆事务参赞大臣与伊犁将军最终做出决定。而西藏则实行噶伦与驻藏大臣和宗教主的二级决策机制，决策权力相对集中的结构更为简单。

3. 统辖范围：回疆事务参赞大臣主要负责天山南路，包括喀什噶尔、英吉沙尔等八座城池的事务。而驻藏大臣则主要负责前后藏的军政事务，特别是在准噶尔蒙古被消灭后，西藏的军事重心也逐渐南移。

关于伯克与噶伦的差异：

1. 职权差异：伯克在回疆地区通常是地方长官兼地主，拥有较大的实际管理权。噶伦则是西藏地区的宗教与行政双重角色，负责日常行政事务，但在涉及宗教或寺院问题时会受到限制。噶伦和伯克都有爵位和世袭领地，但职权的具体行使上有所不同。

2. 任免与薪俸：伯克的任命通常需要由参赞大臣审核，而噶伦则由宗教主与驻藏大臣共同审议并奏请皇帝批准。伯克除了俸禄外，还能享有一定的养廉地和养廉银，而噶伦则没有固定的薪俸，通常依赖商贸收入。噶伦的官田虽然是世袭的，但新任官员的家族也会得到分配。

3. 职务回避与族群政策：伯克在处理事务时需要回避自己的领地，且清朝对伯克的民族隔离政策较为严格。而噶伦则在任职时，若非通过不正当手段，不会受到背景限制，理应是所有阶层都可担任，但实际中多由贵族家族掌握。噶伦职位分配基于宗教和社会阶层的“三俗一僧”原则，喇嘛噶伦通常是首席。

伯克制度的形成：

伯克制起源于蒙古和突厥文化，经过清代的改造，逐渐成为新疆地方管理体系。清朝时期，伯克制度经历了从世袭制到朝廷任命制的转变，涉及回避制度、屯田制等调整，使得这个体制适应了清朝的军事和政治需求。

总结：

虽然驻藏大臣和回疆事务参赞大臣在清朝都担负着重要的军事和行政职能，但他们的管理模式、权力结构以及实施的政策有所不同。回疆的军事管理更侧重与地方长官的配合，而西藏则具有更复杂的宗教政治背景，驻藏大臣的职能也因此有所不同。伯克和噶伦两种地方管理模式的差异，也反映了两地在清朝治疆、治藏过程中的不同策略。