1959年,邱会作被任命为总后勤部部长。日后在工作中,他与总政部的联系与冲突都不少。对总政部的一些工作,他并不满意,意见很大,甚至先后与三位总政部副主任发生过正面争执。
两部之间交集最密切的,往往集中在干部任免上。这一点,也让总后对总政部常有微词,觉得总政部在人选上的取舍没有把后勤工作的实际需要放在第一位。 战争年代的后勤工作,在战线背后运转,与一线指挥员相比,往往被人忽视。有人说过这样一句话:能打会冲的去做指挥,能说会道的做政委,真正干到能把后勤做好的人却不多。这话虽有偏颇,但也反映了那个时期的现实。年纪大、身体差、无法奔赴前线的人,往往被安排在后方,而后勤工作需要发动群众、筹集粮弹,确保作战部队的供给。许多指战员都渴望上前线,很多人也因此产生了“什么也干不了就去后勤”的错误观念。 无论是在红军时期、抗日战争时期,还是解放战争时期,后勤的发展确有进步,但思想认识并没有提升到一个很高的高度,这大概也是历史环境的局限性所致。 抗美援朝之后,上级对后勤工作的重视程度明显提高,认识也有了新的高度:现代化战争讲的是后勤,做后勤的干部当然值得高兴。但实际上,很多人并没有从根本上改变观念,仍然不愿意到后勤岗位工作,即使被安排到总后勤部门,大多也还是老干部。 老干部成为总后勤发展中的一个重要制约因素。一旦战争命令下达,若执行力不足,就会影响整个战局。于是,内部不断调整干部结构,逐步让年纪偏大、身体不好的干部退居重要岗位,把权力交给能担事、能办事的人。与此同时,内部也在不断调换干部,总政部也持续向总后勤派遣人员。1959年12月,总政部副主任萧华对邱会作提出,计划把济南军区的彭嘉庆调任为总后勤副政委。邱会作并不情愿,担心对方并非后勤专业出身,甚至当众与萧华顶撞,场面有些尴尬。经过罗瑞卿出面协调,彭嘉庆最终还是到了总后勤担任副政委。 一次在军委办公会议讨论干部任免名单时,总后拟提陈念棣,从总后勤部科学技术部副部长任职,兼任后勤科学研究所所长和政委。总政部副主任甘泗淇看到名单时说:“陈念棣搞业务?他是个很好的干部。”这句话听起来并没有隐藏深意,邱会作却觉得刺耳,心里很不舒服,直接说:「甘主任,若是这样说话,干后勤的就都是坏干部。」他还说,这才让我知道,总政把一些没人要的干部塞进总后,这才是总政的“政策”。甘泗淇立刻承认自己说话不妥,也不是你理解的那个意思,劝他不要误会。 在工作推进上,邱会作还决定把后勤几所学校合并,组建后勤工程学院,并将此事上报军委办公会议讨论。总政部副主任徐立清对学院的成立提出异议,问道:后勤也有工程问题吗?他以为工程施工属于工程兵的范畴,后勤只不过是调拨物资的单位,怎么还涉及“大工程”?对徐立清的不解,邱会作正准备反驳时,被张爱萍打断,给出解释,说明成立后勤工程学院的必然性。徐立清经过了解后,表示自己确实失言了。但如果没有张爱萍的插话,邱会作也不一定会停止。 之所以看到邱会作与总政的领导们常常发生争执,或许不仅是因为工作中的不公与不被支持,还和他的性格有关。他对一些政策和人事安排的看法直白、坚持,遇到不理解的领导就容易发生冲撞。总之,这些争论体现了他在任职期间对后勤工作的高度关注与强烈的改进愿望。