新疆地区在倭里罕和卓之乱平定后的若干年里，虽然发生过一些零星的冲突和摩擦，但整体局势保持了暂时的稳定。然而，随着陕甘回民反清运动的爆发，这片土地上的动乱又悄然孕育，而阿古柏的介入，使得新疆几乎一度被推向外部势力的影响之下。作为清帝国西北边陲的一部分，新疆历来没有得到足够的重视，清政府的策略一直是以防守为主，经济发展较为滞后。如此背景下，财政依赖中央政府拨款，尤其是防卫费用常常因西去的交通中断而陷入困境。 鸦片战争后，新疆的民间暴乱不断，局势已经十分紧张。此时，英俄两国对新疆的觊觎更是加剧，他们不断挑拨离间，制造矛盾，导致了一个微小的火花也可能引发更大的暴风骤雨。直到同治三年（1864年），新疆各地爆发了规模较大的回民反清起义，众多政权纷纷崛起，许多政权还同时结合了宗教和政治的色彩。诸如库车的热西丁和卓政权、乌鲁木齐的妥明政权、和阗的哈比布拉政权、伊犁和喀什噶尔等地的政权，均在这一时期相继出现。 1864年，库车的河工在修建水利工程时，与监工发生冲突，结果监工被杀，直接引发了动乱。很快，一些回族人带领群众起义，宣扬反清的口号，随着时间的推移，回民的反清运动蔓延开来。起初，回民领导人曾计划迎立库车的王爱玛特为首领，然而他被拒绝后，随即被杀，接着热西丁和卓被推举为新的领导，并自称汗和卓。热西丁，维吾尔族，出生于库车，是一位资深的伊斯兰教阿訇，拥有显赫的家族背景。担任首领后，他开始积极扩张领土，向周围地区发起攻击。很快，阿克苏被回军攻克，热西丁把都城设在了这里，自封为突厥斯坦王。

他组成了两支军队，分别是东征军和西征军。东征军在伊斯哈克的带领下，成功攻占了玉古尔（今轮台）、库尔勒、吐鲁番等地，并顺势进攻木垒县和哈密。然而，这些地方的清军顽强抵抗，长时间未能突破。西征军由贺提甫指挥，进攻哈拉玉尔衮（今温宿县东），但首战失利，被迫撤退。就在此时，热西丁的兄弟加玛里丁带领部队前来支援，西征军最终扭转了战局，逐渐推进至喀什噶尔周边的叶尔羌（今莎车）和阿图什。经过一系列的战斗，热西丁的疆域扩展到了极盛的程度。 然而，随着同治四年（1865年）的到来，阿古柏进入南疆，成为了热西丁政权的最大威胁。热西丁派兵阻击，但他此时仍在扩张领土，未能集中力量对抗阿古柏。同时，部分将领也因内讧而叛变，导致热西丁在多次战斗中屡战屡败。终于，在同治六年（1867年），阿古柏攻占了阿克苏，热西丁不敌，被捕杀，政权随之覆灭。 乌鲁木齐的清真王同治三年（1864年），在乌鲁木齐的清军被调往库车镇压回民起义的同时，回族的哈里发妥明暗中联络其弟子索焕章，准备发起反清起义。索焕章原本是妥明的弟子，时任清军乌鲁木齐绿营署理中军提标参将。妥明（1788年－1873年），甘肃河州人，曾受东乡族的影响，也曾在新疆与信徒建立起了强大的门派。随着清军调往库车，妥明与索焕章在同年七月，于迪化城南关的清真寺举起反清大旗，迅速攻占了迪化城。彼时，乌鲁木齐的两大城市之一迪化城（汉城）和巩宁城（满城）之间的战斗爆发，最终巩宁城在9月沦陷，城墙被摧毁。占领乌鲁木齐后，妥明自立为清真王，并任命索焕章为元帅，还改年号为清真2893年，在迪化城南修建了王城以示政权的正式建立。

妥明的野心并不止步于乌鲁木齐，他的理想是统治整个西北，因此他在甘肃任命了马文禄、马化龙等人为元帅，并遥封陕西的白彦虎为元帅，尽管白彦虎当时正处于事业巅峰，并未接受任命。经过数年的扩展，妥明的势力迅速壮大，东至哈密，西至乌苏，南界吐鲁番，北争塔尔巴哈台（今塔城）。这段时间，清军被困在巴里坤和塔尔巴哈台之间，无法互相支援。 同治九年（1870年），阿古柏的东侵威胁到了妥明政权的稳定。妥明于是派兵攻打阿古柏占领的库车，并成功取得大胜。然而，阿古柏反扑，先是在吐鲁番击败妥明军，随后在迪化城南郊再次获胜。阿古柏的大军很快压境而至，妥明在兵临城下时选择放弃抵抗，与阿古柏签订了城下之盟，取消了清真王的称号，承认其节制。待阿古柏主力撤离后，妥明背弃协议，摆脱了阿古柏的控制。 同治十年（1871年），阿古柏再次引军进攻，最终攻破了王城，妥明败走玛纳斯。在玛纳斯期间，妥明联络了当地的汉族民团首领徐学功，二人联合进攻迪化，但依旧被阿古柏击败。最终，妥明于同治十二年（1873年）在玛纳斯去世，一说他是在阿古柏围攻玛纳斯时自杀。妥明死后，他的政权迅速瓦解，分崩离析。

（未完待续）