公元1647年，明清易代的烽火从关外烧至岭南，模式渐渐由陆战变为水战。其中，珠江中下游的对抗最为激烈，几乎超过福建以外的其他各大水系。

虽然双方乘坐的战舰几乎完全相同，却在策略运用方面差异明显，乃至收获截然相反的交战效果。

1647年1月 清军几乎不费吹灰之力就占领广州

早在年初，数万清军由潮汕地区奔向广州，仅靠伪造的官方文书就实现无血开城。不仅擒杀绍武帝朱聿鐭等宗室成员，还将尚未准备就绪的大批武器辎重都归入囊中，顺便降服来不及跑路的明朝官军为自己所用。随即，用缴获、征集来的120艘船组成舰队，轻而易举的渡过琼州海峡。彼时，珠江口各据点尚未完全臣服，仍不妨碍海南岛就此被彻底征服。

许多在建明军船只

成为清军征服岭南的重要载具

此后，这些归化舰船继续发光发热，成为清军纵横岭南地区的物流保障。尤其是在首府广州到广西梧州之间，皆可通过西江流域实现自由通航。以至于来回机动速度极快，还让不少出生自北方的士兵逐步培养出水战感觉。随着该弱项被填补，坚持抵抗的明军几乎难以再寻觅到任何优势。

沦为海盗的明军残部

始终在珠江下游坚持

同时，原效忠绍武帝的残存势力依旧在珠江口或沿海外岛徘徊。这些海盗分别由首领马元生、石璧、徐贵相和林芳节制，总数保持在40000人左右。他们经常返回内河，靠掳获两岸的财物坚持抗清,对本地造成的灾害甚至超过征服者。由于清廷颁布的剃发易服令，不少城镇居民被迫顺从。岂料竟成海盗的杀人越货借口，只能准备两种服饰来回替换，生活自然苦不堪言。不久便对高举明朝旗帜的队伍心生恶感，屁股挪到清朝那边。

由于清军偷袭

半数南明海盗折损于正式开战前

起初,坐镇广州的总督佟养甲想靠大赦令来息事宁人。在被下游的海盗们拒绝后，不断加码招降条件，召唤对方首领前来谈判。经过几番偓佺，有两支船队愿意尝试，却在登岸后遭到无情偷袭。由于还有些细枝末节没有谈拢，清军索性将他们暴力抓捕，很快便公开处以极刑。接着纵火焚烧岸边船队，烧死大批来不及撤退的海盗成员。作为报复，后者频频袭击岸上村镇，烧毁数百栋房屋。直至用舰船塞满航道，几乎完全封锁住对广州的粮食输送。因大多使用本地风格的广船、东莞船，可以在逆风环境下划桨驱动，所以持续性远比普通盗匪要强出不少。

出于报复 南明海盗频繁袭击珠江两岸

事已至此，负责两广军务的李成栋只能亲自出马，率领一支有50艘战船的舰队出海。虽然同样采用本地桨帆船，却是由郑芝龙资助建造的专业战舰。故而能使用更好木料，拥有更坚固结构与更大吨位，在装配16门轻型火炮的同时运载更多士兵。诚然，李成栋麾下士兵多来自北方，可能连游泳技巧都没掌握。但多年的尸山血海历练，以及加盟新朝的士气激励，让他们远比对面阵营更有适应力和战斗意志。

清军战舰普遍比南明的更好一些

当年2月，清军舰队在对手完全不知道的情况下突然出现。李成栋的座舰一马当先,率身后部众碾压所遇见的任何敌船。由于数量太多，缺乏准备的海盗们反而行动不便,被火炮、火绳枪与复合弓轮番射杀。因为不能如愿出海,也就无法靠规模优势展开包围，在混乱中显得手足无措。更要命的是，清军提前派船只把守出海口，又借助水流放火焚烧。因此，南明海盗们大量跳水求生，任由舰船、辎重落入敌手。除100艘状态最好的船只外,余下的都被获胜者烧掉。

双方的第一次交锋

以清军完胜告终

稍后，清军又接连攻陷忠于南明的顺德、东莞两城，强迫澳门的葡萄牙人向自己效忠。奈何约20000人的主力前脚开拔，珠江下游的海盗便迅速死灰复燃。这次，他们重新在海外岛屿集结起万余人，三番两次回到广州等主城镇。甚至在7月与投诚官军建立联系，险些靠内外呼应杀回首府。最后虽功亏一篑，还是放火将港内的绝大部分舰船烧毁。只有几艘受炮台保护的船只得以幸免，也彻底暴露出自身缺乏合格攻坚能力的弱点。

南明海盗的反击

同样让广州港损失惨重

于是，本已进军广西的李成栋被再次召回广东，重新登船扮演巡防舰队。他刚获悉对手聚集在澳门前蓝塘和香山城之间，便下令一周内三次前去追索。南明方面并不急于迎战，只满足于采取游而不击套路，尝试将清军吸引到海上加以围歼。另一方面又加紧招募新援，从潮汕、漳泉和粤西三地搜罗同僚入伙。奈何对方始终满足于扫荡珠江航道，从不冒进至外洋水域。佟养甲则继续留守广州，在一场短暂陆战中挫败反清武装偷袭，顺便把更多富有划桨经验的本地人送往水师报道。

不断扩编的海盗船队

在指挥协调方面有严重缺陷

到7月下旬，积怨已久的双方终于爆发决战。彼时，海盗的舰船数量恢复至260艘，不再惧怕正面较量。只因为各分队来源复杂，所用船只风格多样，不免在纷乱繁杂的沙场上出现混乱。仅仅凭借数量优势，才得以在冲突刚爆发时稍稍占优。相比之下，李成栋的旱鸭子部队更看重阵式排列。哪怕几艘船遭遇数倍敌军的前后夹攻，始终不给对面任何可乘之机。这种高水平防御背后，则是南明方面的致命缺陷。由于害怕损失，他们总要与敌舰保持些许距离，只用弓弩、标枪和劣质火器实施杀伤。一旦清军集中火力回应，再迫近发动跳帮攻击，就立刻支撑不下去。

由于害怕损失

南明船只总是希望与对手保持距离

此外，南明船队仅仅是临时组合,由不同将官指挥不同分队。故而缺乏应有的协调行动;不免产生相互猜疑。若有支队指挥官缺乏勇气,其他船只必定会跟着逃跑，接着蔓延到其他支队头上。剩下少数群体顽强作战,却因为战术缺陷而毫无章法。无论多么英勇,都不得不向奋勇前进的清军屈服。最后的垂死挣扎，也不过是将类似剧情反复上演几遍。除较早逃出珠江口外，其余船只都难逃被焚毁或占领的厄运。

清军往往利用舰船和纪律获得优势

到了8月，屡次复苏的海盗势力趋于消停。哪怕不少幸存者转进粤西或福建，已不再有能力大规模威胁广州。

讽刺的是，堪称头号功臣的李成栋，始终在封赏方面始终不能比肩佟养甲。这既是因为自己入伙较晚，也是由于对方的汉八旗身份。从此埋下贪婪的种子，在来年倒戈回南明阵营......