1978年，宋任穷的调任令他感到意外，他从七机部被调至中组部担任部长，而他对此心中没有做好足够的准备，内心还略显犹豫。上级的建议简短而直接：“别再犹豫了，快去上任吧。”他意识到接下来的工作将极具挑战性。

尽管宋任穷并非全然陌生于中组部的工作，他回顾自己的履历，心中隐约感受到一些经验的积累。早在1946年，他便被任命为晋冀鲁豫中央局组织部部长，负责干部的组织与管理，长达两年之久，直到1948年才调往豫苏皖中央分局，承担起地方工作的重任。1954年，他从西南局调回北京，先后担任中央副秘书长、中组部副部长以及总干部部副部长，这一系列职务使他与老首长邓小平密切合作；不过，由于罗荣桓的要求，他最终被调往部队负责干部工作，因此在中组部的角色实际上仅仅是挂职。

后来，宋任穷还被任命为第二机械工业部部长和东北局书记等重要职务，但他的工作暂时中断，长达十年之久。这段时间的停滞并未削弱他的能力，反而为他积累了更加丰富的实践经验。

对于为何选择他担任中组部部长，众多因素一齐考虑。宋任穷在战争年代的地方工作中锻炼出了极强的组织和协调能力，并且在干部的任免过程中展现出了卓越的才干。当时的中组部主要负责针对历史遗留问题的平反，而他在担任七机部部长时，曾大力整顿该部门。七机部是负责我国航天工业的核心单位，面临1980年洲际导弹试射到太平洋的重要任务，时间紧迫。国防科委主任张爱萍于1975年曾对七机部进行大刀阔斧的整顿，恢复了其正常的运转，但随之而来的造反派势力却通过各种手段使得张爱萍一度遭到边缘化。

1977年，张爱萍重新上任时，选择了宋任穷作为七机部的关键搭档，考虑到宋已中断工作十年。上任后的宋任穷迅速投身工作，开始了解七机部的运行情况，当时其科研生产的状态时好时坏，曾三度陷入瘫痪。经过长达7个月的努力，宋任穷进行了一系列细致的调查，最终对在京单位600多名清查对象都作出了基本结论，科研生产秩序也初步得以恢复。同时，七机部所遭受的440起冤假错案通过复查和纠正，基本得到了解决。

随着七机部问题的解决，宋任穷于1978年12月参加了中国共产党第十一届三中全会，随即被任命为中组部部长。对于这个新任职务，他感受到其重要性，但同时也自觉能力尚显不足，有些优柔寡断，然而，许多人认为他的这种谦虚实属多余。

在接下来的四年多时间里，宋任穷全情投入到这个职务之中，主要致力于平反冤假错案。他的努力使中组部直接办理和复查了130多名副省长、副部长级别干部的重要案件。经过不懈的奋斗，到1982年底，他几乎完成了平反冤假错案的重任，总共复查平反了多达230万人的案件。

到了1985年，已经步入七十高龄的宋任穷感到体力渐显不足，因此主动提出申请退居二线，愿意将这个重要的岗位让给更年轻、有活力的干部继续发挥。