当然，关于秦琼没参加“玄武门之变”因而被李世民冷落、只能低调度日，最终虽被列入“凌烟阁功臣榜”却名列末位的说法，流传甚广，却没有史料支持。事实上，多处正史明确记载秦琼是“玄武门之变”的参与者之一。

比如《旧唐书·太宗本纪（上）》明确记载：“六月四日，太宗率长孙无忌、尉迟敬德、房玄龄、杜如晦、宇文士及、高士廉、侯君集、程知节、秦叔宝、段志玄、屈突通、张士贵等于玄武门诛之。”同书《秦琼传》也说：“六月四日，从诛建成、元吉。事宁，拜左武卫大将军，食实封七百户。”由此可见，秦琼的确参与了这一关键战役。

不少人误以为“玄武门之变”中只有九、十位功臣，其实不止如此，我从《旧唐书》和《新唐书》中整理出至少二十七位核心参与者，涵盖房玄龄、杜如晦、长孙顺德、长孙无忌、程知节、尉迟恭、秦琼、侯君集、段志玄等重要将领。实际上，玄武门之变是秦王集团的一场生死搏杀，参与者都赌上了性命，怎可能仅限于个位数？即便这二十七人，也只是核心成员，真正参与者更多。

秦琼的身份注定他不可能置身事外。其人生早期极为坎坷，常被视为“灾星”，跟随谁谁倒霉。无论是张须陀、裴仁基、李密还是王世充，均遭他“克”倒。直到跟随李世民，这种“霉运”才戛然而止。秦琼因“美良川之战”崭露头角，被封为秦王府右三统军、加柱国，并与程知节、尉迟敬德、翟长孙并称“玄甲军”四大统帅。

武德四年，他随李世民继续剿灭王世充、窦建德，因战功再获封翼国公。李世民无疑是秦琼人生的贵人，自此秦琼命运大转，成为李世民亲信，紧紧绑定在这条不归路上。

值得一提的是，参与玄武门之变的人多为秦王府部队成员，而非朝廷十二位武官。秦琼正是秦王府统军。李建成、李元吉曾试图分化瓦解秦王集团，派遣尉迟敬德、段志玄“试点”，失败后便动用极端手段清除这些反对者，其中秦琼与尉迟敬德一样，被列为头号死敌。李元吉甚至计划将他们调入军营，制造借口一网打尽，秦琼自然没有理由缺席这场生死之战。

有人质疑秦琼在玄武门之变中没有具体作为，问他到底做了什么。遗憾的是，史书未详载他具体行动，但这并不奇怪。玄武门之变本身敏感且复杂，后人只能从零星记录拼凑事件真相，很多细节被刻意隐去。这很正常。

我曾研究此事，发现几点有趣细节：其一，玄武门之变前，李渊已被软禁，控制皇帝比杀李建成、李元吉更重要。当天李渊“泛舟”不过是掩饰，真实俘虏行动发生在午夜甘露殿，且爆发短暂激战。其二，玄武门之变有备胎计划，若李建成、李元吉未走玄武门，伏兵必在永春门待命。其三，若事件失败，李世民与秦王府兵马将撤退至洛阳，张亮和温大雅早布局洛阳做后盾。其四，玄武门之变涉及七大战场，其中五个开战，两个未动。

诸多隐秘让某些参与者贡献未能载入史册，比如秦琼，他可能完成了不可言说的秘密任务。杜君绰、郑仁泰墓志铭中暗示战斗箭矢射入皇帝寝宫，这显然是俘虏李渊的战斗场面，这些史书不便记载，但墓志铭透露玄机。秦琼极可能与他们同功，却无文字记录。

玄武门之变的三大关键战场为甘露殿、玄武门、永春门。甘露殿俘虏李渊，玄武门斩杀李建成，永春门为后备。当天程咬金、秦琼、张士贵三人未现身甘露殿与玄武门，疑似在永春门领导伏兵。因李建成、李元吉没走永春门，他们无名无姓成了“隐形功臣”。

实际上，包括秦琼在内，绝大多数将领都缺乏详细史料，我们不能以此否认他们参与玄武门之变。凭借秦琼事后低调、位列凌烟阁末位，就断定他未参与且遭李世民冷落，完全站不住脚。秦琼后期隐退主要有三大原因。

第一，他身体欠佳。玄武门之变后，秦琼被封左武卫大将军，食邑七百户，与程咬金、尉迟恭等齐名。若非参与，怎会如此平起平坐？但因屡战屡伤，身体日渐衰弱，他自言“流血几斛”，不能胜任繁重职务，遂逐渐隐退，选择安度晚年。

第二，不仅秦琼隐退，尉迟恭等功臣也逐渐退隐。并非李世民忘恩负义，而是功臣们屡犯法规，成了政治隐患。尉迟恭公然在宴会上拳打李世宗堂弟，激怒皇帝。李世民感悟治国应严明赏罚，功臣权力不能无限扩张，于是逐步剥夺他们实权，让其退居二线。

第三，玄武门功臣虽勇猛，缺乏卓越的统帅才能。尉迟恭、程咬金、秦琼等虽勇猛，但仅是猛将，难胜任大局统帅。唐高宗时程咬金曾担任讨伐西突厥总管，因失误大败而被罢免。相比之下，李靖、李勣、苏定方等才是真正的帅才。李世民坐稳龙椅，需的是李靖式统帅，秦琼们已不适应新时代战场，逐渐被淘汰。

至于凌烟阁功臣榜单末位问题，人们误以为榜单按功绩排序，实则根据官职品级排列，先设立时品级高者列前。像杜如晦、魏征因追赠品级高而居前，李靖虽为榜首之一，因去世时官品低，排在第八。秦琼早退隐，死得早，最终获三品追赠，仅得榜尾位置，与他参与玄武门无关。