自明朝建立以来，蒙古各部落经历了漫长而复杂的分裂过程，内部的纷争与斗争耗尽了他们大量的力量。尽管在达延汗的统治下，蒙古一度实现了复兴，但长久以来形成的权力结构使得他死后，各个部落再次割席断交，肆意分裂。同时，处于崛起阶段的后金通过与东部蒙古各部落的联姻逐步建立起牢固的联盟，最终他们成功地击败了库图克图汗，导致蒙古的汗位自此消亡，曾经辉煌的蒙古帝国也悄然消失在历史的长河之中。

接下来，让我们更深入地回顾这一历史变迁，从明朝的建立到后金崛起的这段时间，见证蒙古各部的兴衰历程。明朝成立之初，瓦剌与鞑靼之间的恩怨纠葛就已暗流涌动。至正二十八年（1368年），在抵御明军北伐的努力已经明显乏力之际，元顺帝孛儿只斤·妥懽帖睦尔率领残余力量撤退至上都，宣告了元朝作为中原王朝的时代正式结束。

由于元朝的主动撤退，这一退出使得他们在某种程度上仍保有较强的实力，并保持着与周边国家如高丽和畏兀儿的联系。因此在明初，朱元璋多次发起北伐，致力于消灭北方的元朝残余。通过一系列军事行动，明军最终彻底打击了北元势力，将其驱离中原，迁往漠北地区。

进入天元十年（1388年），蓝玉率领的十五万大军发起了对脱古思帖木儿的进攻，在捕鱼儿海一战中大获全胜，致使脱古思帖木儿带着太子与数名大臣重走逃亡之路。此役不仅让黄金家族失去了在蒙古人心中的至高无上地位，更使得许多蒙古部落相继宣布独立，与黄金家族割席断交。

之后，蒙古部落的主要分裂为瓦剌和鞑靼两派。虽然鞑靼名义上仍奉黄金家族的后裔为汗，但实际上实权已掌握在太师阿鲁台手中。而瓦剌则曾是黄金家族的亲属，主宰着蒙古草原的西部，通过与东部鞑靼的冲突，进一步形成了两者的对立局面。

到了明永乐年间，朱棣自永乐八年（1410年）起五度亲征北伐，其中四次的目标锁定在鞑靼，而仅有一次针对逐渐崛起的瓦剌。尽管这一系列北伐严重削弱了蒙古东部的鞑靼势力，却也使明朝自身付出了高昂的代价。这一时期，明朝不得不暂时收回武力，重整军备，而瓦剌在孛儿只斤·脱脱不花的引领下，逐渐崛起。

瓦剌的统治虽然在鞑靼衰退的背景下迎来短暂的繁荣，但因为其缺乏显赫的历史背景，无法像黄金家族那样拥有号召力。他们只得依靠武力进行征服，试图实现各部的统一。随后，瓦剌向黄金家族后裔的察合台汗国发起进攻，打败卫思汗，从而娶得卫思汗的妹妹哈尼木公主，借此进一步巩固其血统地位，获得了更高的统治合法性。

此后，瓦剌势力不断袭扰明朝的边界，并在明正统十四年（1449年）的土木堡之战中取得辉煌胜利，俘获明朝皇帝朱祁镇。然而，由于缺乏攻城能力，瓦剌大军未能攻陷大同和宣化，直到三个月后，瓦剌再度出击北京，准备不周的明军却给予他们致命打击，使其不得不沿居庸关撤退。次年（1450年），明英宗终于得以重返明朝的统治。

在明景泰四年（1453年），也先杀掉了孛儿只斤·脱脱不花，自称“大元天圣大可汗”，并与明朝议和，以臣子身份自处。但这引发了黄金家族的不满，导致各个部落纷纷脱离其统治，这使得原本臣服的黄金家族势力重新自立。明景泰六年（1455年），也先被暗杀，继任者阿马桑赤台吉继续进行对东察合台汗国的战争，并在伊犁河附近取得胜利。然而，瓦剌内部却因皇后哈尼木之子发动叛乱而陷入危机，实力遭受重创。

达延汗的统治时期是瓦剌盛衰转折的重要阶段。伴随瓦剌的衰退，黄金家族后裔则在内乱中寻求重组与和解。成化三年（1467年），成吉思汗第27代继承人孛儿只斤·满都鲁在讨伐侄孙博勒呼济农孛儿只斤·巴彦蒙克的战争中去世，残存的黄金家族后裔凤求凰般艰难地求得存续，最大的血脉仅剩下孛儿只斤·巴图孟克。

在满都鲁的遗孀满都海赛音可敦的助力下，巴图孟克于明成化六年（1470年）继承蒙古大汗，并尊号达延汗，重新整合蒙古大部分部落。他率军将瓦剌驱逐出蒙古中东部，重建了黄金家族的统治。达延汗在位的37年间，成功镇压了右翼土默特人及兀良哈人的叛乱，展开了一系列对明朝北部边境的有效攻击，阻止了瓦剌的复苏。

然而，达延汗的去世也宣告了蒙古的中兴结束。虽然其后继者仍能名正言顺地继承汗位，但因历史上形成的“联邦制”统治模式，蒙古各部早已处在半独立的状态。随之而来的，后金的崛起对蒙古的分裂再添重击。

由于明朝在辽东的战略失误，自明隆庆四年（1570年）起，女真势力在努尔哈赤的领导下逐渐壮大，他不断兼并女真各部，通过军事和政治手段实现了统一，并最终在明万历四十四年（1616）建立了后金政权。努尔哈赤不仅对抗明朝在辽东的统治，还通过联姻策略与蒙古的科尔沁部和扎鲁特部结成了战略联盟。

明天启七年（1627年），当蒙古库图克图汗察觉到后金对蒙古的扩张野心后，他开始积极集结力量，先后夺回右翼鄂尔多斯、喀喇沁、土默特等部，并与喀尔喀的却图汗结成同盟，令蒙古的声势大震。然而，明崇祯元年（1628年），随着蒙古的进一步东扩，库图克图汗面临来自各部的联合军队的威胁。

通过土默特的召城之战，库图克图汗四万精锐被消灭，实力大为削弱。此战过后，土默特、喀喇沁和兀良哈等部为了避免库图克图汗的报复，自发归顺后金，使得库图克图汗在孤立无援中，面对后金和蒙古各部的频繁攻击，他被迫撤退至归化城自守。

在明崇祯五年（1632年），爱新觉罗·皇太极统合各蒙古部，再率众西征，面对此前未曾见过的庞大敌军，库图克图汗不得不带着仅剩的人口急于渡黄河逃生。然而此时的局势已是岌岌可危，众多部众纷纷逃散，最终库图克图汗逃至青海，因病去世。

明崇祯八年（1635年），多尔衮和岳托等将士率军渡河，招降库图克图汗的残余势力，而孛儿只斤·额尔孔果洛额哲则将国宝玉玺上缴。至此，漠南蒙古完全被后金纳入其政权之下，蒙古的汗位也自此断绝，曾经辉煌的蒙古帝国完全消失在历史中。

综上所述，经历了如此深刻的分裂与变革，蒙古各部在后金崛起之际彻底瓦解，无法有效应对后金的进攻。而后金在一统漠南蒙古后，实力急剧增强，成为对明朝的重要威胁。