1948年8月，邱清泉在徐州接到一个消息：“飞将军”孙元良被任命为16兵团司令官，并兼任徐州“剿总”郑州前进指挥部副主任。这个消息让邱清泉不禁替杜聿明担心起来：“让孙飞将带兵？杜老总这回可得头疼了。”除了邱清泉，另一位对孙元良担任此职表示强烈不安的人是宋希濂。原本，宋希濂是准备接替杜聿明担任徐州“剿总”副总司令的，但一听到孙元良要来，他立刻变卦，坚决表示不愿与孙元良同处一个战场。无奈之下，蒋介石只能决定让杜聿明留下。

客观来说，孙元良并非是无法指挥作战的无能之辈，毕竟在黄埔一期中，他的晋升速度也是非常快的。他对于战场的危险有着极高的敏感性，这让他具备了成为名将的潜力。然而，孙元良的潜力并没有完全发挥出来。每当战场上出现危险时，他首先想到的不是如何应对危险，而是如何逃跑。若他能与部队一同撤退，或许还可以理解，但他更倾向于自己独自逃跑。

南京保卫战中，当唐生智召集师以上将领开会并宣布要突围时，其他负责任的将领们纷纷回到部队指挥突围，部分责任较轻的将领则通过电话命令部队突围，而像孙元良这样的人，他既没有回部队，也没有打电话，只是悄无声息地自己逃跑了。孙元良在挹江门被宋希濂拦住时，他甚至抛下了自己的卫兵，独自逃跑。

宋希濂不仅仅因为孙元良抛弃部队逃跑而对他不满，另外还有一个原因是孙元良的贪婪。在淞沪会战时，孙元良将全国慰问部队的慰问品以及战区附近纱场的棉纱偷偷卖掉，将得来的钱款私吞。这个情况是宋希濂的兄长，88师军需主任宋尚鲁告诉他的。

孙元良逃离南京后，不仅没有及时到汉口报到，还编造谎言声称自己带着南京突围出来的一些残部在栖霞山打游击。这引起了宋希濂等人的愤怒，他们向上级举报了孙元良。令人惊讶的是，孙元良居然以被诬告为由免去了处分，得到了蒋介石的宽恕，并由顾祝同、张文白等人保释，最终还被任命为第20军团副军团长。

孙元良之所以能逃过惩罚，有两大原因：一方面，黄埔一期生数量稀少，蒋介石心软；另一方面，孙元良通过陈诚的门路，向其表示效忠，以此为借口保住了自己的位置。通过这些努力，孙元良不仅免受处分，还得到升职。

然而，这个宽容的决定最终带来了恶果。在随后的战斗中，多个黄埔一期的将领如龙慕寒、黄杰等人也曾因擅自脱离战场受到惩罚。如果蒋介石在孙元良的问题上做出更为严格的处理，也许这些后来的问题就不会发生。

直到1944年7月，孙元良才重新获得带兵的机会。由于豫湘桂会战的失利，日军已经逼近贵州，重庆迫切需要增援，于是孙元良被任命为第29军军长，带领新组建的部队赴贵州作战。尽管新部队战斗经验不足，孙元良依然凭借着杨森的第27集团军等部队的支援成功守住了局势，并因此获得了“青白”勋章。抗战胜利后，孙元良因关系及亲戚孙震的帮助，先后担任重庆警备司令和整47军军长。

1948年，孙震辞去职务，孙元良接任了父亲遗留的军权，成为16兵团司令官。然而，他的表现依然没有任何变化。在担任司令官期间，他就显示出对军饷的处理极为不当，竟然通过私自变卖部队存粮来组建“快速纵队”，然而这些纵队的装备并未得到应有的补充。尽管装备中有美制轮式装甲车和榴弹炮，但依然无法填补实际的战斗需求。

在淮海战役中，孙元良不仅未能有效指挥，还因提前撤退导致兵力损失惨重。尤其是在与华野的接触中，孙元良更是选择了独自撤退，并炸毁了大量装备。结果，第2快速纵队的许多士兵被困在敌军的包围中，最终全军覆没。孙元良虽然被俘，但凭借其逃脱的老练技巧，最终又一次逃脱了惩罚。

此后，孙元良的军旅生涯依旧充满了逃避责任的事件，他在四川重整兵团时再次错失了不逃跑的机会，最终他选择逃到了台湾，这次的逃跑成为了他军旅生涯的最后一幕。纵观孙元良的军旅生涯，逃跑似乎成为了他的常态，他的每一次逃跑都未受到应有的严惩，也正是因为蒋介石及其领导下的军队对他过于宽容，才使得孙元良的逃跑行为成为了不负责任的标志。