元世祖忽必烈在位期间，曾经两次尝试征讨日本，但都以失败告终。元朝甚至还筹划了第三次东征日本的行动，但最终并未实现。虽然忽必烈做出了巨大的努力，誓言要恢复元朝的尊严，但由于国内的种种变故，这一计划最后也未能付诸实践。

在对宋朝的战争尚未结束之前，忽必烈就已经决定出征日本。在征服朝鲜之后，他立即在半岛设立了征东行中书省，也称日本行省。至元十一年，元朝开始了第一次征日战争，派遣了2.7万的军队进攻日本的九州。然而，因海上突如其来的风暴，元军损失惨重。战争结束后，元朝派遣使者前往倭国，但使者一登陆便被斩杀，这一事件无疑给忽必烈带来了巨大的耻辱。

对于蒙古帝国的皇帝而言，这样的挑衅从未发生过，因此，至元十八年，在经过七年的准备后，第二次征日战争爆发。元朝从朝鲜和江南调集了14万军队共同进攻日本，但依然未能突破倭国的防线，再次遭遇台风的袭击，结果战败。作为横扫四方的蒙古帝国，元朝不甘心失败，而大元皇帝也不愿自己的威信被日本践踏。于是，在第二次东征的失利后，元朝决心对日本进行致命一击。

从国力上来看，元朝已经控制了东亚大部分地区，拥有的资源远远超过日本。如果长期对抗下去，哪怕只是消耗战，日本也不可能是元朝的对手。然而，元朝内部并非铁板一块。随着疆域的不断扩展，皇族之间的矛盾，蒙古与新征服地区的矛盾，暗中消耗着国家的力量。

成吉思汗建国时，将领土分封给兄弟和儿子们，形成了西道诸王和东道诸王两个派系。西道诸王封在汗庭以西，后来演变为金帐汗国、察合台汗国、窝阔台汗国和伊尔汗国，而东道诸王则封在汗庭以东，即今东北和大兴安岭一带，其中以成吉思汗的幼弟铁木哥一脉最为强大。在忽必烈与阿里不哥争夺汗位时，铁木哥家族大力支持了忽必烈。然而，随着忽必烈成为大元皇帝后，他不得不对铁木哥一脉进行削藩。

此时，西道诸王已经形成了强大的势力，元朝朝廷无法控制四大汗国的局面。如果再放任东道诸王的扩张，元朝的统治将面临严重的危机。忽必烈意识到这一点，因此极力限制铁木哥家族的壮大，导致了元朝与东道诸王之间的矛盾愈加激化。最终，在至元二十四年，铁木哥家族的领袖乃颜公开起兵反叛。这一事件发生在第二次东征日本战败后的第六年，也正是元朝准备进行第三次东征的关键时期。

尽管元朝和日本都是蒙古骑兵，且同样骁勇善战，元朝在平定这场叛乱的过程中，耗费了近二十年的时间才得以结束。原本准备用于征战日本的军队，不得不转而用于平叛。正是这场变故，彻底打乱了第三次东征日本的计划。而忽必烈在至元二十七年去世，继位的元朝皇帝再也没有提起过征服日本的计划。

对日本来说，这无疑是一个幸运的转折。但或许是因为蒙古人给他们留下了深刻的阴影，战后，日本的镰仓幕府保持了数十年的紧张状态，国内始终未能恢复平静。长期的内部矛盾最终导致镰仓幕府在1333年垮台，而这时距离第二次元日战争才不过五十年的时间。 与此同时，战争期间，承诺给予武士的奖赏和待遇未能及时兑现，导致大批破产的武士转而投身海盗，开始对东亚大陆和朝鲜半岛展开报复性袭扰，这也就是后来所谓的倭寇现象的起源。