清朝末年，随着南北疆地区纷纷爆发反抗清政府的起义，伊犁地区也不甘落后，掀起了一场波澜壮阔的反清斗争。虽然这场起义的领导权最终被封建贵族和宗教上层势力所掌控，并未能真实反映起义人民的核心诉求，但整个起义过程极大打击了清政府的统治基础，削弱了当地封建贵族如伯克、和卓等势力在人民中的影响力。这一历史事件，见证了封建统治的衰退，也埋下了后期动荡的种子。 起义的前奏实际上早在1864年库车起义之前便有所预兆。1864年3月，伊犁地区发生了规模较小的起义。那时，回民杨三星和马二在绥定（今霍城）组织起义，尽管此举未能广泛激起民众响应，起义参与者仅有二道河、三道河的二百多人，但清政府依然迅速镇压了这次反抗，杨三星和马二也遭到残酷处决。然而，这一事件虽然没有取得成功，却为伊犁更大规模的反抗铺垫了基础。 当时的伊犁，是清朝在新疆的统治核心。这里驻扎着大量兵力，清政府的财政困境虽有所削弱军队，但伊犁仍是南北疆驻军最为雄厚的地区之一。伊犁下辖九座城池，其中惠远城为中心，伊犁将军府就设在这里，满蒙军民大多集中在惠远和惠宁两城。伊犁的维吾尔人，俗称塔兰奇人，是该地区的主要民族之一，很多塔兰奇人是自准噶尔汗国时期迁移而来，亦有部分是清朝统一后被鼓励迁至此地的。 清政府为加强对塔兰奇人的管理，曾在当地设置了三品阿奇木伯克及多名四至六品的伯克，负责处理塔兰奇人的民政事务。这一组织体系虽表面平稳，但却为日后反抗埋下了深深的隐患。

在南北疆起义的风潮席卷而来之际，清政府在伊犁的各级统治阶层采取了严防死守的措施，但由于长时间的封建压迫，民众的生活已经困苦到了极点，起义的爆发似乎成为了不可避免的必然。1864年9月，清政府接到消息，得知宁远回民在礼拜寺聚集，策划起义。伊犁将军常清闻讯后，派人前去招抚，并释放了因去年回民叛乱被拘禁的三十余人。然而，这一举动并未起到缓解民愤的作用，反而进一步激化了人民的反抗情绪。 就在此时，回民头目和维吾尔人阿奇木的联系日益密切，商议着起义的具体安排。最终，经过多方协商，阿不都鲁苏勒被推举为军事首领。利用他对维吾尔屯田的管理权，他联合了伊犁的维吾尔千户长、百户长们，共同决定发动起义。1864年9月13日，起义正式爆发，首先攻占了宁远城，接着又攻克了塔勒奇、熙春城等地。 起义军的迅猛进展让清政府感到震惊。11月9日，惠远城的旗丁根老八也在城中起义，带领数千人参与反抗，起义的规模一度扩大至三万余人，宁远城成为了起义的中心，起义者频频围攻惠远城和惠宁城。面对这场突如其来的反叛，清政府急调了察哈尔、厄鲁特两营蒙古兵来解围，但由于士兵的不服从，军事支援并未取得实质性效果。 在这种局面下，12月，清政府决定撤换伊犁将军常清，任命明绪为新任伊犁将军。明绪上任后，为了安抚民心，释放了曾因贪污受罚的阿奇木伯克迈孜木札特，并任命其为镇压起义的指挥。迈孜木札特是世袭头等台吉，曾因摊派银两而被革职。此举，反映出清政府内部为维护统治所采取的权宜之计，却也为起义军的进一步壮大提供了机会。

迈孜木札特的回归迅速让他在起义军中占据了重要位置，他被选为伊犁苏丹，成为新的领袖。起初，他口口声声以官逼民反为旗帜，暗地里却与清政府保持着微妙的联系。然而，随着起义的推进，明绪指挥清军对起义进行反扑，起义军的态度愈加坚决，拒绝了清政府的招抚条件，包括赦免参与者、恢复税收等一系列要求。 1865年1月，清军尝试再次增援伊犁，但无功而返。紧接着，起义军攻占了惠宁城，而后又将目标锁定惠远城。经过数月的围攻，惠远城终于在1866年3月8日被起义军突破，清朝统治在伊犁彻底崩溃。伊犁四城相继陷落，民众死伤无数，昔日的统治者常清和明绪皆未能幸免。 然而，这场起义并未如人们预期般实现真正的社会变革。随着各方势力的纷争，伊犁的起义军逐渐沦为封建贵族和宗教上层之间权力斗争的工具。迈孜木札特虽然成为了苏丹，但其领导地位始终动摇不定，内部的纷争和权力斗争逐步升级。艾合买提汗和卓借用其和卓身份，不断壮大自己的势力，最终掌控了起义军的指挥权。然而，随后的冲突使得艾合买提汗被自己人所杀，老何卓又趁机上位，最终却也因暴虐统治被起义军所推翻。 最终，毛拉肖开提成为了新的领导者。然而，在毛拉肖开提的领导下，伊犁的政治格局并未得到真正的改善，反而陷入了更为严重的内部纷争。这场起义的最终胜利者，往往并不是最能代表人民利益的群体，而是那些利用起义获得个人利益的封建贵族和宗教上层。起义虽然打击了清政府，但其领导层的腐败和无能使得人民的真正诉求未能得到满足。最终，沙皇俄国的入侵，便是在这种内斗和失序中找到了可乘之机。

伊犁人民的起义虽然体现了反抗封建压迫的英勇，但由于领导权长期被封建贵族和宗教上层把持，起义并未改变人民的命运，反而成了这些权力集团争夺利益的工具。历史的悲剧，在这场起义中早已埋下了深深的伏笔。