从内地直省与督提体制对西藏政务的影响来看，《章嘉国师乳必多吉传》中记载，朱尔墨特那木扎勒叛乱之后，乾隆帝勃然大怒，曾计划彻底推行总督提督驻防和内地直省管理体制，但最终被章嘉国师乳必多吉劝阻，从而避免了汉制全面施行的局面。

在平定朱尔墨特那木扎勒事件后，乾隆帝深感驻藏大臣监督西藏事务的权力有限，一度想要以内地直省的督提驻防和道府县管理体制来强化中央对西藏的控制。然而，章嘉国师的劝谏令他重新恢复以宗教僧主为核心的甘丹颇章政权掌控西藏全局的体制，使中央与地方的权力平衡得以保留。

值得注意的是，书中作者图官·却吉尼玛对推行汉制持怀疑乃至敌视态度，他认为汉官掌权与军队运营不仅阻碍民众信仰和佛事活动，也严重影响西藏宗教的发展。虽然这一观点在某种程度上夸大了皇权与政教合一体制的历史作用，但从另一个角度看，也折射出西藏政教合一体制改造的难度之大。

此外，尽管清朝派遣了常驻钦差及少量军队，西藏并未实行统一赋税制度，因此无需向中央缴税，寺庙内部更积累了丰厚财富。这种局面引发了沙玛尔巴等僧人对财富与权力的觊觎，同时也助长了他们谋求自主治理西藏事务的野心。随后，清朝引入的官僚等级制度，则在一定程度上调整并改造了原有僧俗贵族体系。美国学者皮德罗·卡拉斯科认为，1792年廓尔喀战役之后，清朝官僚贵族化的品官等级制对西藏近代组织产生了重要影响。

短期官职、官品晋升制度以及官员集体负责制等，均为中国式改良的成果。然而，清廷对西藏贵族特别是宗教僧主和班禅额尔德尼家族的封赏并非无限拔高，而是有限度的平衡。王和一等公爵（镇国公）的头衔被禁止再授，通行的最高官衔为二等公爵（辅国公），其次是台吉（分为四等）。在清九品制中，只有三品到七品被正常使用，宗教僧主与班禅额尔德尼则处于官品之外但高于普通官员。只有噶伦和获得公、台吉、扎萨克头衔者可授三品，多数高官为四品，这种安排旨在平衡驻藏大臣与藏地僧俗官员之间的权力关系。

尽管藏文史料一再强调皇帝赐予宗教僧主独一无二的地位，并将顺治帝册封五世宗教僧主的行为渲染为施主与福田的贡施关系，但其宗教宣扬色彩明显强于国家事务意义。实际上，在乾隆帝谕令八世宗教僧主期间，僧主常作为驻藏大臣的合作对象，或以佛法研修者身份出现；至嘉庆帝时期，僧主的角色逐渐由合作伙伴转为驻藏大臣的管理对象，如尔乃全黄教之大喇嘛，此后感激朕恩，一应事件，皆尊奉钦差大臣等教导办理，显示出皇帝对宗教僧主的态度已明显转向管理与约束。

在俸禄方面，驻藏大臣雍正年间设置初期兼差，每月折色银一百六十两，后改为出缺职单俸。1760年起，增加六千两养廉银，虽后有减少，但十三条章程制定后收归叛产用于公事，总额仍不低。《光绪朝大清会典》载：驻札西藏大臣，两千六十两，遇闰加增五百两。驻札西宁大臣，养廉并办公银两二千两。同期，驻防将军养廉银为盛京两千两，其他地方将军一千五百，两地都统五百到一千不等。各省绿营提督岁支养廉银两千，总兵一千五百，可见驻藏大臣养廉银之优厚，并参酌汉军都统、副都统的制度而定制。商上管理方面，《（嘉庆）卫藏通志》卷九镇抚记载，乾隆帝曾指示驻藏大臣不可过严管束宗教僧主与噶布伦等，并以内务府经管阿哥家务大臣为例。

经管阿哥事务的家务大臣，多由总管内务府大臣担任，如乾隆五十二年管理阿哥事务的德保、金简、伊龄阿皆为总管内务府大臣。康熙时期亦有内大臣管理者。衙门构成方面，驻藏大臣及琳和福康安等人在廓尔喀战役后上奏，提议在衙门译字房增设廓尔喀番字通事及廓尔喀译字两员，由驻藏大臣及四川总督护送廓尔喀贡使，番兵番目等级及优异者依内地绿营兵制擢用，番目待遇照川省马兵月饷米折银发放。 此外，还提议增设缮写清字满兵四员（由成都驻防满兵派遣），前藏添设专管粮务监造银钱一员（由同知、知州、知县派来），后藏添设支放口粮的粮官一员（四川总督挑选，并添设县丞一名）。廓尔喀战役后，西藏粮务造册由西藏和四川督抚共同负责，由此可见，驻藏大臣体制兼参照内地直省督抚制、地方驻防都统制及内务府管理体制。 和珅与涉藏事务关系密切。和珅，字致斋，原名善保，室名嘉乐堂、十笏园、绿野亭，生于乾隆五年（1750），卒于嘉庆七年（1799），原为正红旗满洲人（后抬入正黄旗，革职后复回正红旗），钮钴禄氏。其祖源于英额地方（今辽宁清原县）钮钴禄氏噶哈察鸾家族，由噶哈察鸾的元孙尼雅哈纳五世孙善保（和珅）承袭。 和珅自幼入咸安宫学，精通满、蒙、汉、藏文，以文生员承袭三等轻车都尉世职（从三品），后相继任内务府大臣、军机大臣、户部、吏部尚书，并兼管刑部、兵部事务，还任议政大臣、御前大臣及大学士等要职。虽初入仕途官职不高，但凭借家世显赫及总管内务府大臣身份，和珅逐步推动家族崛起，在赐爵方面经历一等男爵—三等伯—公爵—伯爵的过程。