在东晋末年，刘裕的领导下，晋军再次发动了伐蜀之战。这次与以往不同，刘裕深知不能像上次桓温那样依赖运气，要想迅速削弱蜀地的叛乱力量，必须依靠精妙的谋略。于是，他指示朱龄石通过白帝城，并分兵三路。第一路由年老体弱的士兵驾驶大型战船，假装成主力，从内水（即今涪江）出发，向黄虎（即四川射洪县）进攻；第二路为疑兵，假装主力，派兵从中水（即今沱江）进攻广汉（即四川省射洪县南）；第三路则是主力部队，他们乘坐轻便的小船，从外水（即今岷江）直扑成都。

朱龄石按照刘裕的命令，成功调兵遣将，巧妙地吸引了蜀军主力，迫使他们集中在成都东北的涪城（今四川省绵阳市涪城区）。此时，朱龄石趁机带领主力部队从成都南方发起突袭，迅速攻破了坚固的平模城（今四川眉山市彭山区），并紧接着在牛脾（今四川简阳市）击溃了围绕成都的蜀军守军。晋军士气如虹，迅速推进，很快便兵临成都城下。

蜀军由于心士不齐，局势急转直下，蜀主谯纵无力回天，不得不抛弃成都，四散逃命。逃亡一段时间后，谯纵最终选择自尽。朱龄石进入成都后，迅速清算了谯纵的家族，将其全族诛杀，宣告了蜀地的平定，东晋将其重新纳入统治之下。

随着谯纵的叛乱被平定，刘裕彻底消除了东晋南方的割据势力，确保了东晋的统一。事实上，东晋自建立以来，虽然名义上为汉族正统，南方士民对其有所认同，但实际的控制力十分薄弱，江东一带尚能勉强管理，其他地区尤其是荆州和广州，基本上是“国中之国”，地方豪族自成体系，百姓向地方豪族缴纳赋税，却很少向朝廷交纳。蜀地益州与梁州，长期受到胡人和叛军的控制，距离东晋的政权更是日益疏远。

刘裕的军事行动表面上是平定东晋的内乱，实际上却是东晋王朝的“再统一”。他深远地进军荆州、广州与益州，摧毁了叛军势力，打击了当地的豪族，迫使这些曾经肆意妄为的地方豪门无法再对抗朝廷。这一系列胜利使得东晋的国力在名义上变得强大，刘裕也通过这一系列的军事行动，完成了对南方领土的全面掌控。

然而，令人唏嘘的是，东晋的权力虽然进一步集中，国家的命运却早已脱离了司马氏的掌控，转而落入了异姓刘裕的手中。刘裕不仅掌握了东晋军政大权，他的威望与权势远超历任权臣王导、桓温与谢安，几乎比任何一位之前的主政大臣更为强势。他距称帝的距离，已经只有一步之遥。

当然，刘裕并非不曾拥有称帝的野心。随着权力与声望的不断积累，刘裕身边的追随者对他的期盼也在不断增加，渐渐逼迫他走向最后的那一步。然而，完成这个“伟大”计划之前，他必须铲除最后的一个障碍——晋室的皇族。此时，晋朝宗室中最有能力和威望的便是司马休之。司马休之曾在桓玄谋逆时帮助哥哥司马尚之抵抗桓玄，但最后不幸被迫流亡。他与桓玄势不两立，屡次在北方寻求帮助，却未能成功。刘裕推翻桓玄后，司马休之才从北方归来。

司马休之因曾与桓玄对立，深得皇族支持，拥有不小的威望。刘裕起初对他礼遇有加，将其任命为荆益梁宁秦雍六州的军政要职，利用他的声望征讨桓氏余党。然而，司马休之渐渐察觉刘裕的图谋，决定与刘裕对抗。虽然刘裕一度安抚他，但随着事态的变化，司马休之在荆州的治理受到了百姓的拥戴，这令刘裕开始感到不安，决定采取行动。于是，他找到了一个借口：司马休之的儿子司马文思因打伤了官吏，被视为刘裕的威胁。

刘裕立刻展开行动，将司马文思与其手下的游侠一网打尽，借机要求司马休之严惩自家儿子。司马休之作为父亲，心软不忍，最终仅请求减轻惩罚。但刘裕并不妥协，反而以此为契机，正式下诏讨伐司马休之。

刘裕决定亲自带兵征讨，在荆州发起了大规模的军事行动，双方在战斗中互有胜负，局势一度胶着。最终，刘裕通过巧妙的战术，在血战后攻占了江陵。司马休之逃至襄阳，但因当地守军拒绝接纳，他们只能继续北逃至后秦。

尽管刘裕全力追击，然而司马休之在荆州的庇护下顺利逃脱。刘裕的追兵陷入了困境，而司马休之的反抗，也让部分晋室宗室产生了抗拒刘裕的念头。最终，刘裕的手段更加狠辣，继续铲除这些不服从的晋室亲族，进一步巩固了自己的权力。