在关于玄武门之变的记载中，《旧唐书·列传第十五》提到：“六月四日，无忌与尉迟敬德、侯君集、张公谨、刘师立、公孙武达、独孤彦云、杜君绰、郑仁泰、李孟尝等九人，入玄武门讨建成、元吉，平之。”而《新唐书·列传第三十》所载的功臣名单基本与《旧唐书·列传第十五》一致。然而，《旧唐书·本纪第二》则记载不同：“皇太子建成、齐王元吉谋害太宗。六月四日，太宗率长孙无忌、尉迟敬德、房玄龄、杜如晦、宇文士及、高士廉、侯君集、程知节、秦叔宝、段志玄、屈突通、张士贵等于玄武门诛之。”这就形成了两份互相矛盾的功臣名单。

熟悉唐史的读者一眼便能察觉其中疑点。例如，房玄龄、杜如晦皆是文臣，并无武力，他们若真去玄武门，只会成为累赘；屈突通时年七十，且担任工部尚书，早已年迈，怎会亲临战阵？而立下显赫战功的张公谨，为何在《太宗本纪》的功臣名单上反而消失？此外，高士廉虽是李世民的舅丈人，但并不以武功见长，按理应当留在秦王府保护宗室家眷。至于程咬金，当时爵位未及秦琼，按身份顺序不应排在秦琼之前，这些疑点都让人对功臣名单的真实性产生怀疑。

从史料对比来看，两张名单必有一真一伪。我们若从三个方面来分析，便能逐渐接近真相。首先，如果秦琼与程咬金真的参与了这场政变，以他们的勇猛与战功，李世民一方又何至于陷入险境，几乎丧命？史载张公谨在危急时独力关门抵敌，才扭转战局。若有秦琼程咬金这样的顶尖猛将，何至如此艰难？战后张公谨因此封为郡公，并获赐千户食邑，而秦琼与程咬金的食邑反而被削减，由此可见，他们在事变中的表现并不如传说那样突出，甚至可能根本没有参与。

第二，秦琼和程咬金并非李世民的私兵，而是李渊派遣到秦王府的朝廷大将。他们的爵位和俸禄皆由朝廷授予，相当于“借调”到秦王府任职。这类身份的功臣更倾向于维持中立，不会轻易卷入兄弟相残的皇位斗争。相比之下，尉迟敬德与张公谨并无爵位，他们的前途与李世民息息相关，参与玄武门之变对于他们而言是孤注一掷的机会。赢了便能飞黄腾达，输了也可借口受胁从而获得赦免。因此，他们才是政变的核心执行者，而非秦琼、程咬金这类已位极人臣的宿将。

第三，秦琼与程咬金虽在李世民军中效力，但他们与李世民的关系并不像后世演义小说所描述的那样亲密。秦琼长期被李世民派往最危险的战场，虽屡立战功，却也因此积劳成疾，常感不满。而程咬金本身出身民间，虽受封国公，但与李世民的政治联盟并不稳固。更何况，秦琼心怀志节，早有“策勋十二转”，已经达到了武勋的最高荣耀，他既没有必要，也不愿意去卷入血腥的宫廷政变。若真让他去亲手斩杀李渊的儿孙，这与他的忠义人格完全不符。

综合来看，那份将秦琼、程咬金列为玄武门功臣的名单，显然更可能是后世为了抬高他们的声望，或是李世民为掩饰政变的残酷而刻意修饰的结果。真实情况应当是：秦琼、程咬金在政变中保持克制，或许承担了守护秦王府、稳定局势的任务，但并未直接参与玄武门的厮杀。由此看来，史书记载的差异，不仅折射出史官取材的局限性，也反映出李世民刻意美化政变的政治考量。

换言之，关于秦琼与程咬金的参与，更多是后世文学作品的想象，而非历史的真实。