李陵投降事件发生后，几乎所有朝廷大臣都认为李陵的行为非常可耻，唯一为他辩护的就是太史令司马迁。司马迁认为，李陵带领着五千步兵，成功抗击了匈奴的八万大军，击杀了上万敌人，直到最后矢尽援绝才被俘。他认为，李陵有可能在未来归汉。但此时汉武帝气愤至极，根本不想听这些辩解，便命令禁卫将司马迁押解下去，交由御史大夫杜周处理。杜周当时已经掌控了廷尉府，司马迁根本没机会为自己辩解，最终被以“诬告”罪名判处宫刑。实际上，遭遇宫刑的汉朝人并不只有司马迁一人。

公元前96年，匈奴单于且鞮侯去世，由其子狐鹿姑继位，成为新的匈奴单于。狐鹿姑即位后，汉匈两国的正面战争减少，西域成了新的战场。为了打击匈奴的右臂，汉朝与乌孙结盟，并开始在西域活动。匈奴看见汉朝日渐渗透西域，也决心重新控制这片地区。

五年前，汉武帝已经在西域设立了使者校尉，开始派遣使者带领数百骑兵和数千民夫，前往轮台和渠犁屯田，以保证西域汉使的供给。这一地区与乌孙有着较深的联系，汉朝的介入引起了乌孙人强烈的不满。

汉朝指派的屯田校尉赖丹，原是扜弥国的太子。李广利在征服大宛途中，得知赖丹被龟兹王作为质子软禁。李广利派兵要求龟兹王释放赖丹，并将其带回长安。赖丹被任命为屯田校尉，这种以“夷制夷”的方式，让扜弥国的太子成为了西域地区的一个重要职官。

狐鹿姑单于继位后，匈奴加强了对西域的控制，任命了两位王子为左右日逐王，其中右日逐王负责西域的军事事务，并设有“僮仆都尉”与汉朝的使者校尉相抗衡。这些匈奴将领常常带领军队进入西域，给乌孙及其他西域诸国带来了较大压力。

在这一过程中，匈奴还在乌孙边界安插了三个部落，这些部落虽然人口不多，但它们的战略位置却十分重要，充当了匈奴扩张的前哨站，起到了监视和传递信息的作用。

除了与乌孙的关系外，匈奴对西域其他吐火罗系国家则采取了更加温和的手段，尤其是楼兰国。楼兰国在汉匈之间始终保持着一种微妙的平衡，尽管楼兰王的次子曾被送到汉朝为质，但匈奴却并未对楼兰展现敌意。

然而，汉武帝得知楼兰王派遣次子为质后，愤怒至极，命令任文军正立即前往楼兰问责。楼兰王态度诚恳，甚至表示愿意为汉朝提供庇护，但这一行为最终并未得到妥善解决。

公元前96年，狐鹿姑单于开始在西域进行一系列布局，汉朝则在国内发生了权力斗争。李广利因掌控大部分兵力，成为卫霍集团的眼中钉，最终，卫霍集团通过御史大夫杜周对李广利的亲信赵弟进行了打击。赵弟因“审讯狱案不实”被削爵免职。

李广利的势力遭到重创，而卫霍集团并未高兴多久，门阀集团便转而针对公孙敖。公孙敖将李陵误认作李绪，结果触怒了武帝，导致李陵全家被杀。武帝事后深感懊悔，最终释放了司马迁，并升任其为尚书令。

然而，西域的局势也并未因此平息。楼兰王子因被施以宫刑而被羞辱，楼兰的声誉受到了重大打击。三年后，楼兰国王去世，楼兰王子的身体状况堪忧，汉廷派人重新立王子继位。然而，身在匈奴的楼兰王子安归借助匈奴的力量，带领匈奴骑兵返回楼兰，杀死了继位的王子，自立为王。

楼兰人不仅与匈奴有密切联系，而且龟兹国也与楼兰有着深厚的关系。龟兹是塔里木盆地最强大的国家之一，拥有丰富的资源和强大的兵力。龟兹王早已对赖丹不满，趁着匈奴的势力渗入西域的时机，联合楼兰攻杀了赖丹，导致汉朝在西域的影响力急剧下降。

此时，汉朝内部的政治斗争已经进入白热化阶段，西域的局势被忽视，直到二十年后，汉朝才重新出兵，攻破龟兹，为赖丹复仇。